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- PDB-7qho: Cytochrome bcc-aa3 supercomplex (respiratory supercomplex III2/IV... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7qho
タイトルCytochrome bcc-aa3 supercomplex (respiratory supercomplex III2/IV2) from Corynebacterium glutamicum (as isolated)
要素
  • (Cytochrome bc1 complex cytochrome ...) x 2
  • (Cytochrome c oxidase subunit ...) x 3
  • (Hypothetical membrane ...) x 2
  • (Uncharacterized ...) x 2
  • Actinobacterial supercomplex, subunit C (AscC)
  • Cytochrome bc1 complex Rieske iron-sulfur subunit
  • Cytochrome c oxidase polypeptide 4
  • Thiamine biosynthesis protein X
キーワードOXIDOREDUCTASE / supercomplex / respiratory chain / cytochrome bcc-aa3 supercomplex / proton translocation / bioenergetics / membrane protein / electron transport
機能・相同性
機能・相同性情報


thiamine biosynthetic process / aerobic electron transport chain / oxidative phosphorylation / cytochrome-c oxidase / quinol-cytochrome-c reductase / ubiquinol-cytochrome-c reductase activity / cytochrome-c oxidase activity / electron transport coupled proton transport / : / respiratory electron transport chain ...thiamine biosynthetic process / aerobic electron transport chain / oxidative phosphorylation / cytochrome-c oxidase / quinol-cytochrome-c reductase / ubiquinol-cytochrome-c reductase activity / cytochrome-c oxidase activity / electron transport coupled proton transport / : / respiratory electron transport chain / electron transport chain / 2 iron, 2 sulfur cluster binding / oxidoreductase activity / iron ion binding / copper ion binding / heme binding / membrane / metal ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Protein of unknown function DUF2631 / Protein of unknown function (DUF2631) / Neocarzinostatin-like / Cytochrome bc1 complex, cytochrome c subunit / Cytochrome c oxidase subunit IV, actinobacteria / QcrA subunit, N-terminal / Cytochrome c oxidase subunit IV / QcrA subunit N-terminal region / Cytochrome b(N-terminal)/b6/petB / Cytochrome c oxidase, subunit I bacterial type ...Protein of unknown function DUF2631 / Protein of unknown function (DUF2631) / Neocarzinostatin-like / Cytochrome bc1 complex, cytochrome c subunit / Cytochrome c oxidase subunit IV, actinobacteria / QcrA subunit, N-terminal / Cytochrome c oxidase subunit IV / QcrA subunit N-terminal region / Cytochrome b(N-terminal)/b6/petB / Cytochrome c oxidase, subunit I bacterial type / : / Cytochrome C oxidase, cbb3-type, subunit III / Cytochrome C oxidase subunit II, transmembrane domain / Cytochrome oxidase subunit II transmembrane region profile. / Cytochrome c oxidase subunit III / Cytochrome c oxidase subunit III-like / Cytochrome c oxidase, subunit III, 4-helical bundle / Cytochrome c oxidase subunit III / Heme-copper oxidase subunit III family profile. / Cytochrome c oxidase subunit III-like superfamily / Cytochrome c/quinol oxidase subunit II / Copper centre Cu(A) / CO II and nitrous oxide reductase dinuclear copper centers signature. / Cytochrome C oxidase subunit II, transmembrane domain superfamily / Cytochrome c oxidase, subunit I, copper-binding site / Heme-copper oxidase catalytic subunit, copper B binding region signature. / Cytochrome c oxidase-like, subunit I domain / Cytochrome oxidase subunit I profile. / Cytochrome c oxidase subunit I / Cytochrome c oxidase-like, subunit I superfamily / Cytochrome C and Quinol oxidase polypeptide I / Cytochrome C oxidase subunit II, periplasmic domain / Cytochrome c oxidase subunit II-like C-terminal / Cytochrome oxidase subunit II copper A binding domain profile. / Cytochrome b/b6, N-terminal / Cytochrome b/b6-like domain superfamily / Cytochrome b/b6 N-terminal region profile. / Di-haem cytochrome, transmembrane / Rieske iron-sulphur protein / Cytochrome c / Rieske [2Fe-2S] domain / Rieske [2Fe-2S] iron-sulphur domain / Rieske [2Fe-2S] iron-sulfur domain profile. / Rieske [2Fe-2S] iron-sulphur domain superfamily / Cytochrome c family profile. / Cytochrome c-like domain / Cytochrome c-like domain superfamily / Cupredoxin / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
1,2-Distearoyl-sn-glycerophosphoethanolamine / 1,2-DIACYL-GLYCEROL-3-SN-PHOSPHATE / Chem-9YF / CARDIOLIPIN / COPPER (II) ION / DINUCLEAR COPPER ION / DIACYL GLYCEROL / FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER / HEME-AS / HEME C ...1,2-Distearoyl-sn-glycerophosphoethanolamine / 1,2-DIACYL-GLYCEROL-3-SN-PHOSPHATE / Chem-9YF / CARDIOLIPIN / COPPER (II) ION / DINUCLEAR COPPER ION / DIACYL GLYCEROL / FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER / HEME-AS / HEME C / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / Chem-IX7 / Chem-IZL / LYCOPENE / : / MENAQUINONE-9 / PALMITIC ACID / Thiamine biosynthesis protein X / Cytochrome c oxidase subunit 1 / Cytochrome bc1 complex Rieske iron-sulfur subunit / Cytochrome bc1 complex cytochrome b subunit / Uncharacterized protein Cgl2664/cg2949 / Cytochrome c oxidase subunit 2 / Cytochrome c oxidase polypeptide 4 / Cytochrome bc1 complex cytochrome c subunit / Uncharacterized membrane protein Cgl2017/cg2211 / Uncharacterized protein / Hypothetical membrane protein / Hypothetical membrane protein / Cytochrome c oxidase subunit 3
類似検索 - 構成要素
生物種Corynebacterium glutamicum ATCC 13032 (バクテリア)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.1 Å
データ登録者Kao, W.-C. / Hunte, C.
資金援助 ドイツ, フランス, 5件
組織認可番号国
German Research Foundation (DFG)BIOSS EXC-294 ドイツ
German Research Foundation (DFG)CIBSS EXC-2189 Project ID 390939984 ドイツ
German Research Foundation (DFG)Project-ID 403222702 / SFB 1381 ドイツ
French Infrastructure for Integrated Structural Biology (FRISBI)ANR-10-INBS-05-01 フランス
German Research Foundation (DFG)SCHI 871/11-1 ドイツ
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2022
タイトル: Structural basis for safe and efficient energy conversion in a respiratory supercomplex.
著者: Wei-Chun Kao / Claire Ortmann de Percin Northumberland / Tat Cheung Cheng / Julio Ortiz / Alexandre Durand / Ottilie von Loeffelholz / Oliver Schilling / Martin L Biniossek / Bruno P Klaholz / Carola Hunte /
要旨: Proton-translocating respiratory complexes assemble into supercomplexes that are proposed to increase the efficiency of energy conversion and limit the production of harmful reactive oxygen species ...Proton-translocating respiratory complexes assemble into supercomplexes that are proposed to increase the efficiency of energy conversion and limit the production of harmful reactive oxygen species during aerobic cellular respiration. Cytochrome bc complexes and cytochrome aa oxidases are major drivers of the proton motive force that fuels ATP generation via respiration, but how wasteful electron- and proton transfer is controlled to enhance safety and efficiency in the context of supercomplexes is not known. Here, we address this question with the 2.8 Å resolution cryo-EM structure of the cytochrome bcc-aa (III-IV) supercomplex from the actinobacterium Corynebacterium glutamicum. Menaquinone, substrate mimics, lycopene, an unexpected Q site, dioxygen, proton transfer routes, and conformational states of key protonable residues are resolved. Our results show how safe and efficient energy conversion is achieved in a respiratory supercomplex through controlled electron and proton transfer. The structure may guide the rational design of drugs against actinobacteria that cause diphtheria and tuberculosis.
履歴
登録2021年12月13日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年5月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年10月23日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / em_admin / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_validate_chiral
Item: _em_admin.last_update / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cytochrome bc1 complex Rieske iron-sulfur subunit
B: Cytochrome bc1 complex cytochrome b subunit
C: Cytochrome bc1 complex cytochrome c subunit
D: Cytochrome c oxidase subunit 1
E: Cytochrome c oxidase subunit 2
F: Cytochrome c oxidase subunit 3
G: Cytochrome c oxidase polypeptide 4
H: Uncharacterized protein Cgl2664/cg2949
I: Uncharacterized membrane protein Cgl2017/cg2211
J: Hypothetical membrane protein
K: Actinobacterial supercomplex, subunit C (AscC)
L: Hypothetical membrane protein
M: Thiamine biosynthesis protein X
N: Cytochrome bc1 complex Rieske iron-sulfur subunit
O: Cytochrome bc1 complex cytochrome b subunit
P: Cytochrome bc1 complex cytochrome c subunit
Q: Cytochrome c oxidase subunit 1
R: Cytochrome c oxidase subunit 2
S: Cytochrome c oxidase subunit 3
T: Cytochrome c oxidase polypeptide 4
U: Uncharacterized protein Cgl2664/cg2949
V: Uncharacterized membrane protein Cgl2017/cg2211
W: Hypothetical membrane protein
X: Actinobacterial supercomplex, subunit C (AscC)
Y: Hypothetical membrane protein
Z: Thiamine biosynthesis protein X
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)767,912104
ポリマ－707,59826
非ポリマー60,31478
水18010
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

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タンパク質 , 4種, 8分子 ANGTKXMZ

#1: タンパク質 Cytochrome bc1 complex Rieske iron-sulfur subunit / Cytochrome bc1 reductase complex subunit QcrA / Menaquinol--cytochrome c reductase iron-sulfur ...Cytochrome bc1 reductase complex subunit QcrA / Menaquinol--cytochrome c reductase iron-sulfur subunit / Rieske iron-sulfur protein


分子量: 45232.207 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Corynebacterium glutamicum ATCC 13032 (バクテリア)
株: ATCC 13032 / DSM 20300 / BCRC 11384 / JCM 1318 / LMG 3730 / NCIMB 10025
遺伝子: qcrA, Cgl2190, cg2404
発現宿主: Corynebacterium glutamicum ATCC 13032 (バクテリア)
参照: UniProt: Q79VE8
#7: タンパク質 Cytochrome c oxidase polypeptide 4 / Cytochrome aa3 subunit 4 / Cytochrome c oxidase polypeptide IV


分子量: 15557.285 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Corynebacterium glutamicum ATCC 13032 (バクテリア)
株: ATCC 13032 / DSM 20300 / BCRC 11384 / JCM 1318 / LMG 3730 / NCIMB 10025
遺伝子: ctaF, Cgl2194, cg2408
発現宿主: Corynebacterium glutamicum ATCC 13032 (バクテリア)
参照: UniProt: Q8NNK3, cytochrome-c oxidase
#11: タンパク質 Actinobacterial supercomplex, subunit C (AscC)


分子量: 8373.271 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Corynebacterium glutamicum ATCC 13032 (バクテリア)
株: ATCC 13032 / DSM 20300 / BCRC 11384 / JCM 1318 / LMG 3730 / NCIMB 10025
遺伝子: Cgl0818
発現宿主: Corynebacterium glutamicum ATCC 13032 (バクテリア)
参照: UniProt: Q8NS61
#13: タンパク質 Thiamine biosynthesis protein X


分子量: 17152.379 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Corynebacterium glutamicum ATCC 13032 (バクテリア)
株: ATCC 13032 / DSM 20300 / BCRC 11384 / JCM 1318 / LMG 3730 / NCIMB 10025
遺伝子: thiX, Cgl2332, cg2561
発現宿主: Corynebacterium glutamicum ATCC 13032 (バクテリア)
参照: UniProt: P42461

-
Cytochrome bc1 complex cytochrome ... , 2種, 4分子 BOCP

#2: タンパク質 Cytochrome bc1 complex cytochrome b subunit / Cytochrome bc1 reductase complex subunit QcrB / Menaquinol--cytochrome c reductase cytochrome b subunit


分子量: 59863.699 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Corynebacterium glutamicum ATCC 13032 (バクテリア)
遺伝子: qcrB, Cgl2189, cg2403
発現宿主: Corynebacterium glutamicum ATCC 13032 (バクテリア)
参照: UniProt: Q79VE9, quinol-cytochrome-c reductase
#3: タンパク質 Cytochrome bc1 complex cytochrome c subunit / Cytochrome c1 / Cytochrome bc1 reductase complex subunit Qcrc / Menaquinol--cytochrome c reductase ...Cytochrome c1 / Cytochrome bc1 reductase complex subunit Qcrc / Menaquinol--cytochrome c reductase cytochrome c subunit


分子量: 29898.850 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Corynebacterium glutamicum ATCC 13032 (バクテリア)
株: ATCC 13032 / DSM 20300 / BCRC 11384 / JCM 1318 / LMG 3730 / NCIMB 10025
遺伝子: qcrC, Cgl2191, cg2405
発現宿主: Corynebacterium glutamicum ATCC 13032 (バクテリア)
参照: UniProt: Q8NNK5, quinol-cytochrome-c reductase

-
Cytochrome c oxidase subunit ... , 3種, 6分子 DQERFS

#4: タンパク質 Cytochrome c oxidase subunit 1 / Cytochrome aa3 subunit 1 / Cytochrome c oxidase polypeptide I


分子量: 66340.164 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Corynebacterium glutamicum ATCC 13032 (バクテリア)
株: ATCC 13032 / DSM 20300 / BCRC 11384 / JCM 1318 / LMG 3730 / NCIMB 10025
遺伝子: ctaD, Cgl2523, cg2780
発現宿主: Corynebacterium glutamicum ATCC 13032 (バクテリア)
参照: UniProt: Q79VD7, cytochrome-c oxidase
#5: タンパク質 Cytochrome c oxidase subunit 2 / Cytochrome aa3 subunit 2 / Cytochrome c oxidase polypeptide II / Oxidase aa(3) subunit 2


分子量: 36811.105 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Corynebacterium glutamicum ATCC 13032 (バクテリア)
株: ATCC 13032 / DSM 20300 / BCRC 11384 / JCM 1318 / LMG 3730 / NCIMB 10025
遺伝子: ctaC, Cgl2195, cg2409
発現宿主: Corynebacterium glutamicum ATCC 13032 (バクテリア)
参照: UniProt: Q8NNK2, cytochrome-c oxidase
#6: タンパク質 Cytochrome c oxidase subunit 3 / Cytochrome aa3 subunit 3 / Cytochrome c oxidase polypeptide III


分子量: 22457.217 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Corynebacterium glutamicum ATCC 13032 (バクテリア)
株: ATCC 13032 / DSM 20300 / BCRC 11384 / JCM 1318 / LMG 3730 / NCIMB 10025
遺伝子: ctaE, Cgl2192, cg2406
発現宿主: Corynebacterium glutamicum ATCC 13032 (バクテリア)
参照: UniProt: Q9AEL8, cytochrome-c oxidase

-
Uncharacterized ... , 2種, 4分子 HUIV

#8: タンパク質 Uncharacterized protein Cgl2664/cg2949 / P29


分子量: 16954.213 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Corynebacterium glutamicum ATCC 13032 (バクテリア)
株: ATCC 13032 / DSM 20300 / BCRC 11384 / JCM 1318 / LMG 3730 / NCIMB 10025
遺伝子: Cgl2664, cg2949
発現宿主: Corynebacterium glutamicum ATCC 13032 (バクテリア)
参照: UniProt: Q8NMB4
#9: タンパク質 Uncharacterized membrane protein Cgl2017/cg2211 / P20


分子量: 16385.588 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Corynebacterium glutamicum ATCC 13032 (バクテリア)
遺伝子: Cgl2017, cg2211
発現宿主: Corynebacterium glutamicum ATCC 13032 (バクテリア)
参照: UniProt: Q8NP09

-
Hypothetical membrane ... , 2種, 4分子 JWLY

#10: タンパク質 Hypothetical membrane protein


分子量: 12144.160 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Corynebacterium glutamicum ATCC 13032 (バクテリア)
株: ATCC 13032 / DSM 20300 / BCRC 11384 / JCM 1318 / LMG 3730 / NCIMB 10025
遺伝子: Cgl0373
発現宿主: Corynebacterium glutamicum ATCC 13032 (バクテリア)
参照: UniProt: Q8NTD4
#12: タンパク質 Hypothetical membrane protein


分子量: 6628.905 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Corynebacterium glutamicum ATCC 13032 (バクテリア)
株: ATCC 13032 / DSM 20300 / BCRC 11384 / JCM 1318 / LMG 3730 / NCIMB 10025
遺伝子: Cgl0673
発現宿主: Corynebacterium glutamicum ATCC 13032 (バクテリア)
参照: UniProt: Q8NSJ8

-
糖 , 1種, 2分子

#22: 糖 ChemComp-LMT / DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE / ドデシルβ-D-マルトシド


タイプ: D-saccharide / 分子量: 510.615 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C24H46O11 / コメント: 可溶化剤*YM

-
非ポリマー , 19種, 86分子

#14: 化合物 ChemComp-FES / FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER


分子量: 175.820 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe2S2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#15: 化合物 ChemComp-IZL / [(2~{R})-3-[[(1~{S},2~{R},3~{S},4~{S},5~{R},6~{R})-2-[(2~{R},3~{S},4~{S},5~{S},6~{R})-6-[[(2~{S},3~{S},4~{S},5~{S},6~{R})-6-[[(2~{S},3~{S},4~{S},5~{S},6~{R})-6-(hydroxymethyl)-3-[(2~{R},3~{S},4~{S},5~{S},6~{R})-6-(hydroxymethyl)-3,4,5-tris(oxidanyl)oxan-2-yl]oxy-4,5-bis(oxidanyl)oxan-2-yl]oxymethyl]-3,4,5-tris(oxidanyl)oxan-2-yl]oxymethyl]-3,4,5-tris(oxidanyl)oxan-2-yl]oxy-3,4,5-tris(oxidanyl)-6-[(2~{R},3~{S},4~{S},5~{S},6~{R})-3,4,5-tris(oxidanyl)-6-(undecanoyloxymethyl)oxan-2-yl]oxy-cyclohexyl]oxy-oxidanyl-phosphoryl]oxy-2-undecanoyloxy-propyl] (10~{R})-10-methyldodecanoate


分子量: 1677.798 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C74H133O39P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#16: 化合物
ChemComp-9YF / (2R)-2-(hexadecanoyloxy)-3-{[(S)-hydroxy{[(1R,2R,3R,4R,5R,6S)-2,3,4,5,6-pentahydroxycyclohexyl]oxy}phosphoryl]oxy}propyl (9S)-9-methyloctadecanoate


分子量: 853.112 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C44H85O13P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#17: 化合物
ChemComp-MQ9 / MENAQUINONE-9


分子量: 785.233 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C56H80O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#18: 化合物
ChemComp-3PE / 1,2-Distearoyl-sn-glycerophosphoethanolamine / 3-SN-PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE / 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOETHANOLAMINE / DSPE


分子量: 748.065 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: C41H82NO8P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: リン脂質*YM
#19: 化合物
ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#20: 化合物
ChemComp-CDL / CARDIOLIPIN / DIPHOSPHATIDYL GLYCEROL / BIS-(1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHO)-1',3'-SN-GLYCEROL


分子量: 1464.043 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 合成 / 式: C81H156O17P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: リン脂質*YM
#21: 化合物 ChemComp-LYC / LYCOPENE / リコペン


分子量: 536.873 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C40H56 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#23: 化合物
ChemComp-HEC / HEME C


分子量: 618.503 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H34FeN4O4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#24: 化合物 ChemComp-3PH / 1,2-DIACYL-GLYCEROL-3-SN-PHOSPHATE / PHOSPHATIDIC ACID / ジステアロイルホスファチジン酸


分子量: 704.998 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C39H77O8P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#25: 化合物
ChemComp-HAS / HEME-AS


分子量: 920.954 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C54H64FeN4O6 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#26: 化合物 ChemComp-CU / COPPER (II) ION


分子量: 63.546 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cu / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#27: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#28: 化合物 ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#29: 化合物
ChemComp-CUA / DINUCLEAR COPPER ION


分子量: 127.092 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cu2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#30: 化合物
ChemComp-DGA / DIACYL GLYCEROL / 1-O,2-O-ジステアロイル-L-グリセロ-ル


分子量: 625.018 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C39H76O5 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#31: 化合物
ChemComp-PLM / PALMITIC ACID / パルミチン酸


分子量: 256.424 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H32O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#32: 化合物 ChemComp-IX7 / [(2~{R})-3-[[(1~{S},2~{R},3~{R},4~{S},5~{S},6~{R})-2-[(2~{R},3~{S},4~{S},5~{S},6~{R})-6-(hexadecanoyloxymethyl)-3,4,5-tris(oxidanyl)oxan-2-yl]oxy-6-[(2~{R},3~{S},4~{S},5~{S},6~{R})-6-(hydroxymethyl)-3,4,5-tris(oxidanyl)oxan-2-yl]oxy-3,4,5-tris(oxidanyl)cyclohexyl]oxy-oxidanyl-phosphoryl]oxy-2-undecanoyloxy-propyl] (10~{S})-10-methylhenicosanoate


分子量: 1387.749 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C70H131O24P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#33: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: cytochrome bcc-aa3 supercomplex / タイプ: COMPLEX / 詳細: Cofactor-containing respiratory supercomplex / Entity ID: #1-#13 / 由来: RECOMBINANT
由来(天然)生物種: Corynebacterium glutamicum ATCC 13032 (バクテリア)
由来(組換発現)生物種: Corynebacterium glutamicum ATCC 13032 (バクテリア)
緩衝液pH: 7.5
試料濃度: 10 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R2/2
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 95 % / 凍結前の試料温度: 283 K

-
電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 105000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 3000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1300 nm / Cs: 0.01 mm
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
撮影電子線照射量: 49.95 e/Å2 / 検出モード: SUPER-RESOLUTION
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 3453

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
phenix.real_space_refine1.18.2_3874精密化
PHENIX1.18.2_3874精密化
EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
2SerialEM画像取得
4cisTEM1.0.0CTF補正
7PHENIX1.19.2モデルフィッティング
9PHENIX1.19.2モデル精密化
10cisTEM1.0.0初期オイラー角割当
11cisTEM1.0.0最終オイラー角割当
13cisTEM1.0.0３次元再構成
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 73863
対称性点対称性: C2 (2回回転対称)
3次元再構成解像度: 3.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 51060
詳細: Reported by cisTEM, part-FSC using the 0.143 cut-off.
対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: AB INITIO MODEL / 空間: REAL
精密化交差検証法: NONE
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
原子変位パラメータBiso mean: 49.5 Å2
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.006149820
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.905967774
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.04877300
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.00588540
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d13.710618344

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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