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- PDB-7qhd: Human Butyrylcholinesterase in complex with (S)-1-(4-((2-(1H-indo... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7qhd
タイトルHuman Butyrylcholinesterase in complex with (S)-1-(4-((2-(1H-indol-3-yl)ethyl)carbamoyl)benzyl)-N-(3-((1,2,3,4-tetrahydroacridin-9-yl)amino)propyl)piperidine-3-carboxamide
要素Cholinesteraseコリンエステラーゼ
キーワードHYDROLASE (加水分解酵素) / Butyrylcholinesterase / Inhibitor / Complex
機能・相同性
機能・相同性情報


コリンエステラーゼ / cocaine metabolic process / neuroblast differentiation / Neurotransmitter clearance / cholinesterase activity / choline binding / response to folic acid / response to alkaloid / acetylcholine catabolic process / negative regulation of synaptic transmission ...コリンエステラーゼ / cocaine metabolic process / neuroblast differentiation / Neurotransmitter clearance / cholinesterase activity / choline binding / response to folic acid / response to alkaloid / acetylcholine catabolic process / negative regulation of synaptic transmission / peptide hormone processing / acetylcholinesterase activity / choline metabolic process / hydrolase activity, acting on ester bonds / Aspirin ADME / nuclear envelope lumen / Synthesis of PC / Synthesis, secretion, and deacylation of Ghrelin / catalytic activity / response to glucocorticoid / xenobiotic metabolic process / 学習 / amyloid-beta binding / blood microparticle / negative regulation of cell population proliferation / 小胞体 / enzyme binding / extracellular space / extracellular region / identical protein binding / 細胞膜
類似検索 - 分子機能
Acetylcholinesterase, tetramerisation domain / Acetylcholinesterase tetramerisation domain / コリンエステラーゼ / Carboxylesterase type B, conserved site / Carboxylesterases type-B signature 2. / Carboxylesterase type B, active site / Carboxylesterases type-B serine active site. / Carboxylesterase, type B / Carboxylesterase family / Alpha/Beta hydrolase fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-C0I / N-acetyl-alpha-neuraminic acid / コリンエステラーゼ
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.04 Å
データ登録者Brazzolotto, X. / Jing, L. / Zhan, P. / Liu, X. / Nachon, F.
資金援助 フランス, 1件
組織認可番号国
French Ministry of Armed ForcesNBC-5-C-4210 フランス
引用ジャーナル: Bioorg.Chem. / 年: 2023
タイトル: Rapid discovery and crystallography study of highly potent and selective butylcholinesterase inhibitors based on oxime-containing libraries and conformational restriction strategies.
著者: Jing, L. / Wei, W. / Meng, B. / Chantegreil, F. / Nachon, F. / Martinez, A. / Wu, G. / Zhao, H. / Song, Y. / Kang, D. / Brazzolotto, X. / Zhan, P. / Liu, X.
履歴
登録2021年12月12日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年12月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年7月5日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年2月7日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cholinesterase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)64,12626
ポリマ－59,7141
非ポリマー4,41225
水5,278293
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6010 Å2
ΔGint-58 kcal/mol
Surface area21820 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)154.520, 154.520, 127.505
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number97
Space group name H-MI422
Space group name HallI42
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y,x,z
#3: y,-x,z
#4: x,-y,-z
#5: -x,y,-z
#6: -x,-y,z
#7: y,x,-z
#8: -y,-x,-z
#9: x+1/2,y+1/2,z+1/2
#10: -y+1/2,x+1/2,z+1/2
#11: y+1/2,-x+1/2,z+1/2
#12: x+1/2,-y+1/2,-z+1/2
#13: -x+1/2,y+1/2,-z+1/2
#14: -x+1/2,-y+1/2,z+1/2
#15: y+1/2,x+1/2,-z+1/2
#16: -y+1/2,-x+1/2,-z+1/2
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-971-

HOH

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Cholinesterase / コリンエステラーゼ / Acylcholine acylhydrolase / Butyrylcholine esterase / Choline esterase II / Pseudocholinesterase


分子量: 59713.512 Da / 分子数: 1
変異: N17Q, N455Q, N481Q, N486Q mutations compared to mature wild type sequence to avoid too much N-glycozylation. Numeration on the maturated enzyme (devoid of the signal peptide)
由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BCHE, CHE1
発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
参照: UniProt: P06276, コリンエステラーゼ

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糖 , 4種, 7分子

#2: 多糖 alpha-L-fucopyranose-(1-6)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharideオリゴ糖 / 分子量: 367.349 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
LFucpa1-6DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1221m-1a_1-5]/1-2/a6-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(6+1)][a-L-Fucp]{}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta- ...2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharideオリゴ糖 / 分子量: 570.542 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4[LFucpa1-6]DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1221m-1a_1-5]/1-1-2/a4-b1_a6-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}[(6+1)][a-L-Fucp]{}}}LINUCSPDB-CARE
#4: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン / N-アセチルグルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#8: 糖 ChemComp-SIA / N-acetyl-alpha-neuraminic acid / N-acetylneuraminic acid / sialic acid / alpha-sialic acid / O-SIALIC ACID / N-アセチル-α-ノイラミン酸 / シアル酸


タイプ: D-saccharide, alpha linking / 分子量: 309.270 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H19NO9
識別子タイププログラム
DNeup5AcaCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-a-D-neuraminic acidCOMMON NAMEGMML 1.0
a-D-Neup5AcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
Neu5AcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

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非ポリマー , 6種, 311分子

#5: 化合物 ChemComp-MES / 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID / 2-モルホリノエタンスルホン酸 / MES (緩衝剤)


分子量: 195.237 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H13NO4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#6: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル / グリセリン


分子量: 92.094 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#7: 化合物 ChemComp-C0I / (3~{S})-1-[[4-[2-(1~{H}-indol-3-yl)ethylcarbamoyl]phenyl]methyl]-~{N}-[3-(1,2,3,4-tetrahydroacridin-9-ylamino)propyl]piperidine-3-carboxamide


分子量: 642.832 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C40H46N6O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#9: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩


分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#10: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド / 塩化物


分子量: 35.453 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#11: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 293 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.19 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.4 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: Ammonium Sulfate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID30B / 波長: 0.979184 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年11月13日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979184 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.04→77.26 Å / Num. obs: 48566 / % possible obs: 98.16 % / 冗長度: 6.9 % / Biso Wilson estimate: 37.86 Å2 / CC1/2: 0.999 / CC star: 1 / Rmerge(I) obs: 0.06498 / Rpim(I) all: 0.02574 / Rrim(I) all: 0.07013 / Net I/σ(I): 16.23
反射 シェル解像度: 2.04→2.113 Å / 冗長度: 6.8 % / Rmerge(I) obs: 0.7103 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / Num. unique obs: 4792 / CC1/2: 0.796 / CC star: 0.941 / Rpim(I) all: 0.2867 / Rrim(I) all: 0.7684 / % possible all: 99.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Cootモデル構築
PHENIX1.19.2_4158精密化
MxCuBEデータ収集
autoPROCdata processing
PHASER位相決定
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1p0i

1p0i


解像度: 2.04→77.26 Å / SU ML: 0.2256 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 20.6766
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2044 2422 4.99 %
Rwork0.1713 46144 -
obs0.1729 48566 98.18 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 45.92 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.04→77.26 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4203 0 280 295 4778
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00824630
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.87956292
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0554689
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0074784
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.9084690
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.04-2.080.31861350.27582717X-RAY DIFFRACTION99.41
2.08-2.120.32321390.24182693X-RAY DIFFRACTION99.12
2.12-2.170.24411360.21072708X-RAY DIFFRACTION99.13
2.17-2.230.25751290.1962743X-RAY DIFFRACTION99.34
2.23-2.290.24221370.18452693X-RAY DIFFRACTION98.95
2.29-2.350.2371430.17642715X-RAY DIFFRACTION99.2
2.35-2.430.24361470.1842708X-RAY DIFFRACTION99.17
2.43-2.520.22041400.18452692X-RAY DIFFRACTION98.44
2.52-2.620.22181470.1882704X-RAY DIFFRACTION98.55
2.62-2.740.22141410.18432722X-RAY DIFFRACTION98.62
2.74-2.880.22651490.17872708X-RAY DIFFRACTION98.25
2.88-3.060.22171500.17112678X-RAY DIFFRACTION98.06
3.06-3.30.1841400.17352718X-RAY DIFFRACTION97.94
3.3-3.630.18841320.16342729X-RAY DIFFRACTION97.58
3.63-4.150.16411740.14172678X-RAY DIFFRACTION97.07
4.15-5.230.15591380.14182739X-RAY DIFFRACTION96.32
5.23-77.260.23081450.18222799X-RAY DIFFRACTION94.42
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 16.9808877912 Å / Origin y: 32.1835069911 Å / Origin z: 38.5677705179 Å
111213212223313233
T0.268008518879 Å2-0.0190476944897 Å20.0163692090611 Å2-0.27133027195 Å20.0356245791181 Å2--0.292106523215 Å2
L1.05045980434 °20.0728007955548 °2-0.3071041615 °2-1.3161115554 °2-0.0774887493721 °2--1.3763242306 °2
S0.0116950612226 Å °0.0105737585957 Å °0.0795690009093 Å °-0.104992386208 Å °0.0469971009708 Å °0.0215366797642 Å °-0.0568961596123 Å °0.00420139368818 Å °-0.058106600884 Å °
精密化 TLSグループSelection details: chain 'A'

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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