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万見
- PDB-7qh5: The crystal structure of the sigma factor SigG1 from Streptomyces... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7qh5
タイトルThe crystal structure of the sigma factor SigG1 from Streptomyces tsukubaensis NRRL18488
要素RNA polymerase sigma factor
キーワードTRANSCRIPTION / sigma factor / Streptomyces / ECF56
機能・相同性
機能・相同性情報


response to stress / sigma factor activity / DNA-templated transcription initiation / DNA binding
類似検索 - 分子機能
RNA polymerase sigma-G type, actinobacteria / RNA polymerase sigma factor 70, region 4 type 2 / Sigma-70, region 4 / RNA polymerase sigma factor 70, ECF, conserved site / Sigma-70 factors ECF subfamily signature. / RNA polymerase sigma-70 like / SnoaL-like domain / SnoaL-like domain / RNA polymerase sigma-70 region 2 / RNA polymerase sigma-70 like domain ...RNA polymerase sigma-G type, actinobacteria / RNA polymerase sigma factor 70, region 4 type 2 / Sigma-70, region 4 / RNA polymerase sigma factor 70, ECF, conserved site / Sigma-70 factors ECF subfamily signature. / RNA polymerase sigma-70 like / SnoaL-like domain / SnoaL-like domain / RNA polymerase sigma-70 region 2 / RNA polymerase sigma-70 like domain / Sigma-70 region 2 / RNA polymerase sigma factor, region 2 / RNA polymerase sigma factor, region 3/4-like / NTF2-like domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
RNA polymerase sigma factor
類似検索 - 構成要素
生物種Streptomyces tsukubensis NRRL18488 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Lourenco, F. / Leite, J.P. / Gales, L.
資金援助 ポルトガル, 1件
組織認可番号国
Fundacao para a Ciencia e a Tecnologia ポルトガル
引用ジャーナル: J.Struct.Biol. / 年: 2023
タイトル: Crystal structures of Streptomyces tsukubaensis sigma factor SigG1 and anti-sigma RsfG.
著者: Leite, J.P. / Lourenco, F. / Oliveira, R. / Sousa, S.F. / Mendes, M.V. / Gales, L.
履歴
登録2021年12月10日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年12月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月1日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: RNA polymerase sigma factor
B: RNA polymerase sigma factor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)80,5877
ポリマ－80,1262
非ポリマー4605
水3,297183
1
A: RNA polymerase sigma factor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,3394
ポリマ－40,0631
非ポリマー2763
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: RNA polymerase sigma factor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,2473
ポリマ－40,0631
非ポリマー1842
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)92.639, 151.836, 128.180
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-548-

HOH

21B-519-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 RNA polymerase sigma factor


分子量: 40063.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptomyces tsukubensis NRRL18488 (バクテリア)
株: DSM 42081 / NBRC 108919 / NRRL 18488 / 9993 / 遺伝子: STSU_011570, STSU_11560 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: I2N5H1
#2: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 183 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.81 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.27 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: 1.8 M Sodium acetate trihydrate pH 7.0; 0.1 M BIS-TRIS propane pH 7.0

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.97856 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年2月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97856 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→49.86 Å / Num. obs: 46348 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 13.8 % / CC1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 13.1
反射 シェル解像度: 2.2→2.28 Å / Num. unique obs: 3984 / CC1/2: 0.895

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.1_4122精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.2→49.79 Å / SU ML: 0.31 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 32.21 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2698 1990 4.33 %
Rwork0.2246 44017 -
obs0.2265 46007 99.67 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 104.43 Å2 / Biso mean: 41.8525 Å2 / Biso min: 21.56 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.2→49.79 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4914 0 30 183 5127
Biso mean--47.49 42.2 -
残基数----617
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.2-2.260.40571230.37083083320699
2.26-2.320.40211430.32553070321399
2.32-2.380.3071450.2883083322899
2.38-2.460.3161360.25273121325799
2.46-2.550.32161450.242731403285100
2.55-2.650.28841390.246431003239100
2.65-2.770.31351450.253731333278100
2.77-2.920.32951360.250731363272100
2.92-3.10.26531460.23131373283100
3.1-3.340.28631510.231931253276100
3.34-3.680.22371390.211731773316100
3.68-4.210.21951510.178431873338100
4.21-5.30.22581420.175731953337100
5.3-49.790.2661490.224333303479100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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