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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7qh3 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of the anti-sigma factor RsfG from Streptomyces tsukubaensis NRRL18488 | ||||||
![]() | RsfG | ||||||
![]() | TRANSCRIPTION / anti-sigma / Streptomyces / sigma | ||||||
機能・相同性 | DUF1579 domain-containing protein![]() | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Leite, J.P. / Lourenco, F. / Gales, L. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Crystal structures of Streptomyces tsukubaensis sigma factor SigG1 and anti-sigma RsfG. 著者: Leite, J.P. / Lourenco, F. / Oliveira, R. / Sousa, S.F. / Mendes, M.V. / Gales, L. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 119.2 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 91.8 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 7qh5C C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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4 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 16351.823 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 株: DSM 42081 / NBRC 108919 / NRRL 18488 / 9993 / 遺伝子: STSU_011565, STSU_11555 / 発現宿主: ![]() ![]() #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.72 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.73 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 0.1 M Ammonium phosphate dibasic; 0.1 M Tris hydrochloride pH 8.5; 0.5 M sodium phosphate dibasic dehydrate; 0.5 M potassium phosphate dibasic |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年5月25日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97856 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.3→70.27 Å / Num. obs: 31236 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 3.5 % / Biso Wilson estimate: 43.61 Å2 / CC1/2: 0.995 / Net I/σ(I): 8.5 |
反射 シェル | 解像度: 2.3→2.38 Å / Rmerge(I) obs: 0.087 / Num. unique obs: 3091 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 95.75 Å2 / Biso mean: 44.9133 Å2 / Biso min: 22.19 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.3→70.27 Å
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 11
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