PDB-7qfz: BrxR, a WYL-domain containing transcriptional regulator

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7qfz

タイトル

BrxR, a WYL-domain containing transcriptional regulator

要素

WYL domain-containing protein

キーワード

DNA BINDING PROTEIN / Transcription factor / DNA binding / Phage defence

機能・相同性

WYL domain protein, s026 type / WYL domain / WYL domain / WYL domain-containing protein

機能・相同性情報

生物種

Escherichia fergusonii ATCC 35469 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.15 Å

データ登録者

Picton, D.M. / Blower, T.R.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2022
タイトル: A widespread family of WYL-domain transcriptional regulators co-localizes with diverse phage defence systems and islands.
著者: Picton, D.M. / Harling-Lee, J.D. / Duffner, S.J. / Went, S.C. / Morgan, R.D. / Hinton, J.C.D. / Blower, T.R.

履歴

登録	2021年12月7日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2022年5月18日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2022年5月25日	Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.2	2022年6月1日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.3	2024年5月1日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7qfz.cif.gz	477.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7qfz.ent.gz	389.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7qfz.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qf/7qfz ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qf/7qfz	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: WYL domain-containing protein

B: WYL domain-containing protein

C: WYL domain-containing protein

D: WYL domain-containing protein

E: WYL domain-containing protein

F: WYL domain-containing protein

G: WYL domain-containing protein

H: WYL domain-containing protein

ヘテロ分子

272 kDa, 8 ポリマー
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1

A: WYL domain-containing protein

B: WYL domain-containing protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
67.9 kDa, 2 ポリマー
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2

C: WYL domain-containing protein

D: WYL domain-containing protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
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3

E: WYL domain-containing protein

F: WYL domain-containing protein

ヘテロ分子

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4

G: WYL domain-containing protein

H: WYL domain-containing protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
67.9 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	131.125, 131.125, 358.359
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	91
Space group name H-M	P4₁22
Space group name Hall	P4w2c
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -y,x,z+1/4 #3: y,-x,z+3/4 #4: x,-y,-z+1/2 #5: -x,y,-z #6: -x,-y,z+1/2 #7: y,x,-z+3/4 #8: -y,-x,-z+1/4

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	E-450- HOH
2	1	F-467- HOH

#1: タンパク質	WYL domain-containing protein 分子量: 33776.336 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Escherichia fergusonii ATCC 35469 (バクテリア) 遺伝子: EFER_p0020 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: B7L3Y3
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 884 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.85 Å³/Da / 溶媒含有率: 56.85 %
結晶化	温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: BTP pH 7.5 0.1M Sodium Sulphate 0.2M PEG 3350 20% 1:1 ratio Final BrxR conc @ 5 mg/ml

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.9795 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER2 X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年9月22日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.15→82.35 Å / Num. obs: 169928 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 1.9 % / CC_1/2: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.04 / R_rim(I) all: 0.057 / Net I/σ(I): 9.5
反射シェル	解像度: 2.15→2.19 Å / R_merge(I) obs: 0.625 / Mean I/σ(I) obs: 0.5 / Num. unique obs: 16130 / CC_1/2: 0.567 / R_rim(I) all: 0.884 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.19.2_4158	精密化
DIALS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: BrxR AF2 model

解像度: 2.15→82.35 Å / SU ML: 0.3057 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 24.3317
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2443	8437	4.97 %
R_work	0.2197	161280	-
obs	0.2209	169717	99.95 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 59.75 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.15→82.35 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	18437	0	80	884	19401

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0084	18928
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.1603	25638
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.071	2785
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0085	3332
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.5481	7040

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.15-2.17	0.3223	302	0.3166	5276	X-RAY DIFFRACTION	100
2.17-2.2	0.3341	287	0.2958	5269	X-RAY DIFFRACTION	99.98
2.2-2.23	0.3237	253	0.2923	5349	X-RAY DIFFRACTION	99.98
2.23-2.26	0.322	269	0.2882	5343	X-RAY DIFFRACTION	100
2.26-2.28	0.3385	262	0.3147	5294	X-RAY DIFFRACTION	100
2.28-2.32	0.3876	287	0.3121	5300	X-RAY DIFFRACTION	100
2.32-2.35	0.3089	271	0.2857	5327	X-RAY DIFFRACTION	100
2.35-2.38	0.2682	275	0.2639	5350	X-RAY DIFFRACTION	100
2.38-2.42	0.3112	290	0.2626	5278	X-RAY DIFFRACTION	99.98
2.42-2.46	0.2637	282	0.2527	5309	X-RAY DIFFRACTION	100
2.46-2.5	0.3063	272	0.2531	5350	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5-2.55	0.2912	295	0.2544	5283	X-RAY DIFFRACTION	100
2.55-2.6	0.3082	259	0.2471	5350	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6-2.65	0.2788	273	0.246	5337	X-RAY DIFFRACTION	99.93
2.65-2.71	0.2888	286	0.2437	5337	X-RAY DIFFRACTION	100
2.71-2.77	0.2763	302	0.241	5334	X-RAY DIFFRACTION	100
2.77-2.84	0.2987	280	0.2561	5362	X-RAY DIFFRACTION	99.98
2.84-2.92	0.3093	279	0.2632	5339	X-RAY DIFFRACTION	100
2.92-3	0.292	285	0.2563	5348	X-RAY DIFFRACTION	100
3-3.1	0.2666	272	0.2506	5384	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1-3.21	0.2448	274	0.2318	5382	X-RAY DIFFRACTION	100
3.21-3.34	0.2544	287	0.2266	5377	X-RAY DIFFRACTION	99.95
3.34-3.49	0.24	272	0.2136	5399	X-RAY DIFFRACTION	100
3.49-3.68	0.2347	295	0.2158	5389	X-RAY DIFFRACTION	100
3.68-3.91	0.2103	275	0.1949	5424	X-RAY DIFFRACTION	100
3.91-4.21	0.2049	265	0.187	5473	X-RAY DIFFRACTION	100
4.21-4.63	0.2213	274	0.1752	5477	X-RAY DIFFRACTION	100
4.63-5.3	0.1954	321	0.1837	5473	X-RAY DIFFRACTION	99.98
5.3-6.68	0.2327	282	0.2197	5578	X-RAY DIFFRACTION	100
6.68-82.35	0.1999	311	0.1878	5789	X-RAY DIFFRACTION	98.8

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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