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万見
- PDB-7qfy: Fusarium oxysporum M36 protease without the propeptide -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7qfy
タイトルFusarium oxysporum M36 protease without the propeptide
要素Extracellular metalloproteinase
キーワードRECOMBINATION / Keratinase / Protease / Metalloprotein
機能・相同性
機能・相同性情報


加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; その他のペプチターゼ / metalloendopeptidase activity / proteolysis / extracellular space / zinc ion binding
類似検索 - 分子機能
Peptidase M36, fungalysin / Fungalysin metallopeptidase (M36) / FTP domain / Fungalysin/Thermolysin Propeptide Motif / Peptidase M4/M1, CTD superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Extracellular metalloproteinase
類似検索 - 構成要素
生物種Fusarium oxysporum (菌類)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.62 Å
データ登録者Wilkens, C. / Qiu, J. / Meyer, A.S. / Morth, J.P.
資金援助 中国, デンマーク, 2件
組織認可番号国
Chinese Scholarship Council201806910049 中国
Technical University of Denmark (DTU) デンマーク
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Fusarium oxysporum M36 protease without the propeptide
著者: Wilkens, C. / Qiu, J. / Meyer, A.S. / Morth, J.P.
履歴
登録2021年12月7日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年12月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Extracellular metalloproteinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,5405
ポリマ－41,9701
非ポリマー5704
水5,855325
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)57.371, 57.371, 105.895
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number76
Space group name H-MP41
Space group name HallP4w
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y,x,z+1/4
#3: y,-x,z+3/4
#4: -x,-y,z+1/2

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要素

#1: タンパク質 Extracellular metalloproteinase / Fungalysin


分子量: 41970.098 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Fusarium oxysporum (菌類) / 遺伝子: krtC / 発現宿主: Komagataella pastoris (菌類)
参照: UniProt: M1UZ70, 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; その他のペプチターゼ
#2: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}LINUCSPDB-CARE
#3: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 325 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.08 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.76 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 0.1 M HEPES pH 7.5, 25% Polyethylene glycol 3,350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: MAX IV / ビームライン: BioMAX / 波長: 0.9762 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年6月24日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9762 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.618→50.444 Å / Num. obs: 42678 / % possible obs: 97.9 % / 冗長度: 13.6 % / Biso Wilson estimate: 10.95 Å2 / CC1/2: 1 / Net I/σ(I): 14.2
反射 シェル解像度: 1.618→1.646 Å / Num. unique obs: 2196 / CC1/2: 0.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MxCuBE3データ収集
autoPROCdata processing
Cootモデル構築
PHENIX1.19.2精密化
PHASER位相決定
Aimlessデータスケーリング
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4k90

4k90


解像度: 1.62→40.57 Å / SU ML: 0.1374 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 17.7437
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1731 2041 4.78 %
Rwork0.1482 40617 -
obs0.1494 42658 97.89 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 15.96 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.62→40.57 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2950 0 31 325 3306
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00823088
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.92094212
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0526449
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0099558
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.63161094
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.62-1.660.23921390.20682754X-RAY DIFFRACTION99.55
1.66-1.70.21751390.1942773X-RAY DIFFRACTION99.76
1.7-1.740.25921300.18952738X-RAY DIFFRACTION99.76
1.74-1.790.2141130.17422793X-RAY DIFFRACTION99.83
1.79-1.850.2321050.15522793X-RAY DIFFRACTION99.9
1.85-1.910.1661370.15072496X-RAY DIFFRACTION96.62
1.92-20.16811350.14332496X-RAY DIFFRACTION99.77
2-2.090.19051560.14052741X-RAY DIFFRACTION99.97
2.09-2.20.15441430.14342775X-RAY DIFFRACTION100
2.2-2.330.19241290.13642451X-RAY DIFFRACTION89.43
2.33-2.510.16591390.13012769X-RAY DIFFRACTION99.97
2.51-2.770.15791500.13862752X-RAY DIFFRACTION100
2.77-3.170.17171340.14252776X-RAY DIFFRACTION100
3.17-3.990.15581450.13612703X-RAY DIFFRACTION97.77
3.99-40.570.14461470.152807X-RAY DIFFRACTION99.9
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.084133396290.0931274339421-0.1924244933070.7612870263840.1110974853820.8819298797470.02807426088270.0995762335054-0.0558518967611-0.031692386925-0.00493120123019-0.03202894485870.07218919330490.0616614518107-0.01105451819880.06457134551770.0197951801178-0.004299344867080.0530907579048-0.00704315679880.046599034985515.881244328929.384613780532.9633505381
21.089612847750.2115131551730.1590307366740.15943604935-0.03364289500020.2408249390580.0530571836674-0.1885579840.1863711863230.0398592780151-0.0555341454130.0761769380309-0.00169294006693-0.0933185345014-0.02773012160550.0705781929647-0.008443902035380.006201938392980.101647929613-0.0213406662250.09608942867423.2710297505839.523749314343.94058376
31.1298976405-0.150258519726-0.3749412954210.822556514544-0.2131854467561.085648090450.0587564284585-0.3037876973680.1539908495560.0514853809933-0.04792803153650.06150301164410.0333217926107-0.155745653250.06377652765330.0783305296147-0.03106879287520.01124298738830.224778451773-0.03650933145180.155299045254-12.569408114635.743959868647.8237212287
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'A' and (resid 1 through 110 )1 - 1101 - 110
22chain 'A' and (resid 111 through 296 )111 - 296111 - 296
33chain 'A' and (resid 297 through 386 )297 - 386297 - 386

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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