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- PDB-7qfd: Crystal structure of a bacterial pyranose 2-oxidase complex with ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7qfd
タイトルCrystal structure of a bacterial pyranose 2-oxidase complex with D-glucose
要素GMC oxidoreductase family protein
キーワードOXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) / P2Ox / FAD / bacteria (細菌) / glucose (グルコース) / flavoproteins (フラボタンパク質)
機能・相同性
機能・相同性情報


oxidoreductase activity, acting on CH-OH group of donors / flavin adenine dinucleotide binding
類似検索 - 分子機能
Glucose-methanol-choline oxidoreductase, N-terminal / GMC oxidoreductase / Glucose-methanol-choline oxidoreductase, C-terminal / GMC oxidoreductase / FAD/NAD(P)-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
フラビンアデニンジヌクレオチド / alpha-D-glucopyranose / GMC oxidoreductase family protein
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudarthrobacter siccitolerans (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.35 Å
データ登録者Borges, P.T. / Frazao, T. / Taborda, A. / Frazao, C. / Martins, L.O.
資金援助European Union, ポルトガル, 2件
組織認可番号国
H2020 Marie Curie Actions of the European CommissionB-LigZymes H2020-MSCA-RISE 2018European Union
Foundation for Science and Technology (FCT)PTDC/BII-BBF/29564/2017 ポルトガル
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2023
タイトル: Mechanistic insights into glycoside 3-oxidases involved in C-glycoside metabolism in soil microorganisms.
著者: Taborda, A. / Frazao, T. / Rodrigues, M.V. / Fernandez-Luengo, X. / Sancho, F. / Lucas, M.F. / Frazao, C. / Melo, E.P. / Ventura, M.R. / Masgrau, L. / Borges, P.T. / Martins, L.O.
履歴
登録2021年12月5日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年7月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月29日Group: Author supporting evidence / Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / citation_author / pdbx_audit_support
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _pdbx_audit_support.country
改定 1.22024年5月1日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: GMC oxidoreductase family protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,5826
ポリマ－55,3021
非ポリマー1,2805
水52229
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)78.256, 78.489, 150.193
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-1327-

HOH

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要素

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タンパク質 / 糖 , 2種, 2分子 A

#1: タンパク質 GMC oxidoreductase family protein


分子量: 55301.629 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pseudarthrobacter siccitolerans (バクテリア)
遺伝子: ARTSIC4J27_4061 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A024H8G7
#3: 糖 ChemComp-GLC / alpha-D-glucopyranose / alpha-D-glucose / D-glucose / glucose / α-D-グルコピラノ-ス / グルコース


タイプ: D-saccharide, alpha linking / 分子量: 180.156 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H12O6
識別子タイププログラム
DGlcpaCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
a-D-glucopyranoseCOMMON NAMEGMML 1.0
a-D-GlcpIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
非ポリマー , 4種, 33分子

#2: 化合物 ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD / フラビンアデニンジヌクレオチド


分子量: 785.550 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H33N9O15P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: FAD*YM
#4: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 化合物 ChemComp-TRS / 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / TRIS BUFFER / トリス(ヒドロキシメチル)メチルアンモニウム / トリスヒドロキシメチルアミノメタン


分子量: 122.143 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H12NO3 / コメント: pH緩衝剤*YM
#6: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 29 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.09 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.01 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 / 詳細: 2 M ammonium sulfate and 0.1 M Tris-HCl, pH 8.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID30B / 波長: 0.9654 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年10月29日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9654 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.35→75.11 Å / Num. obs: 18894 / % possible obs: 96.3 % / 冗長度: 5 % / CC1/2: 0.97 / Net I/σ(I): 4.11
反射 シェル解像度: 2.35→2.46 Å / Num. unique obs: 18815 / CC1/2: 0.42

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.17.1_3660精密化
XDSデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
XDSデータ削減
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: AsP2Ox WT

解像度: 2.35→55.42 Å / SU ML: 0.58 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 24.91 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2619 256 1.36 %
Rwork0.2453 18559 -
obs0.2455 18815 96.27 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 161.58 Å2 / Biso mean: 66.1127 Å2 / Biso min: 29.36 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.35→55.42 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3459 0 83 29 3571
Biso mean--61.71 47.52 -
残基数----458
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 2

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.35-2.460.42331160.3618812892893
2.97-55.420.22821400.216897479887100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
16.08250.36171.44516.098-3.02016.58110.04920.1141-0.2024-0.20810.38360.7359-0.7093-0.1692-0.40850.54790.06910.08650.4229-0.05170.56628.456834.7542-23.7556
26.6654-0.3889-1.48685.21130.31492.16220.0457-0.1554-0.0986-0.64970.3330.5883-0.2439-0.3242-0.11980.5556-0.009-0.00650.47020.09710.64178.336232.5562-27.8824
37.8430.4238-0.85375.1992.98179.64830.68440.44950.4901-0.482-0.5248-0.52390.59820.6265-0.19310.68010.10270.11510.54770.12550.590320.533717.8385-35.3398
40.1315-0.22591.93023.1759-1.83445.1315-0.14320.2475-0.11960.3215-0.1358-0.5611-0.29440.54760.19090.53080.0029-0.02420.42030.03270.934421.250318.8921-17.0933
58.54311.70350.19013.9779-2.41226.9719-0.36580.6502-0.60060.77120.69632.0386-0.1517-0.6907-0.28030.61150.08220.26890.60320.29051.10590.318519.1387-13.7745
66.2724-2.83781.748.1461-3.87684.99620.16480.4621-0.5668-1.47850.4283-0.17261.2903-0.4436-0.59490.6594-0.0748-0.04850.521-0.0750.93546.5768-1.1454-17.597
71.17111.4816-2.4564.5157-4.05734.7409-0.18330.15130.1665-1.05760.46170.12060.1363-0.6641-0.11890.64790.0366-0.00640.53080.02960.77316.46138.5133-19.7553
87.50093.0321-0.93357.16980.47260.071-0.41160.4988-0.4104-0.56850.4140.1958-0.5856-0.2726-0.0530.59730.02820.00980.53270.03140.60967.741432.8366-29.6994
97.42244.0656.2094.37174.43865.7832-1.0078-0.06171.06541.73930.57421.2984-2.65790.6356-0.2061.48340.02130.16970.4410.08140.800416.877945.9094-16.1507
100.9168-0.853-0.37658.1922-2.9911.424-0.09460.0153-0.05410.6602-0.0531-0.4665-0.50170.08380.17510.652-0.06940.01160.47030.01760.636321.420630.2019-17.9595
117.9809-4.30833.00355.10681.01333.4469-0.43772.3863-3.3119-0.65540.46392.5342-0.45340.4982-0.54261.1833-0.33050.07391.1417-0.15351.659711.7543-5.7305-25.6986
125.9822.7681-0.02549.02430.49328.8713-0.46980.2768-0.53450.0820.338-0.38720.3864-0.06620.14920.36340.03190.01690.3410.08730.783317.52455.2852-11.889
135.48192.05140.9968.0215-2.8569.43070.3757-0.48951.03470.3092-1.0122-1.648-0.66051.35240.20310.6703-0.1721-0.09970.74210.11951.413731.870332.0095-15.2463
143.12764.1718-3.62268.42-3.41375.4212-0.1852-0.62890.3311.50990.4598-0.8576-0.89140.14060.00260.6614-0.101-0.30940.628-0.02061.172930.923313.9096-5.0688
156.00544.57512.12323.39191.45278.7844-0.07930.3416-1.2245-0.0861-0.3013-1.06321.55510.32490.03750.5910.0810.06460.50030.18741.105423.1344-5.628-13.0417
162.90720.9259-0.61340.4284-0.40563.1421-0.37850.6318-0.13751.497-0.2725-0.253-0.32480.31310.1190.663-0.04190.08830.47620.05750.761123.223415.8777-12.3231
170.4397-1.9629-0.24088.3085-1.52184.43240.0954-0.2523-0.06060.88730.1907-0.7348-1.22310.0024-0.1320.7996-0.0680.04740.5135-0.01040.675713.272827.8342-8.4786
187.5386-1.7671-1.13332.4985-0.61553.3122-0.39850.1294-0.27152.2810.62381.7303-0.47770.1471-0.16850.5560.08630.20140.47210.07560.8227-0.38937.9555-12.6279
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1(chain A and resid 5:29)A5 - 29
2X-RAY DIFFRACTION2(chain A and resid 30:48)A30 - 48
3X-RAY DIFFRACTION3(chain A and resid 49:91)A49 - 91
4X-RAY DIFFRACTION4(chain A and resid 92:147)A92 - 147
5X-RAY DIFFRACTION5(chain A and resid 148:156)A148 - 156
6X-RAY DIFFRACTION6(chain A and resid 157:186)A157 - 186
7X-RAY DIFFRACTION7(chain A and resid 187:213)A187 - 213
8X-RAY DIFFRACTION8(chain A and resid 214:235)A214 - 235
9X-RAY DIFFRACTION9(chain A and resid 236:248)A236 - 248
10X-RAY DIFFRACTION10(chain A and resid 249:303)A249 - 303
11X-RAY DIFFRACTION11(chain A and resid 304:327)A304 - 327
12X-RAY DIFFRACTION12(chain A and resid 328:374)A328 - 374
13X-RAY DIFFRACTION13(chain A and resid 375:394)A375 - 394
14X-RAY DIFFRACTION14(chain A and resid 395:409)A395 - 409
15X-RAY DIFFRACTION15(chain A and resid 410:428)A410 - 428
16X-RAY DIFFRACTION16(chain A and resid 429:449)A429 - 449
17X-RAY DIFFRACTION17(chain A and resid 450:494)A450 - 494
18X-RAY DIFFRACTION18(chain A and resid 495:509)A495 - 509

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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