PDB-7qfc: Crystal structure of cytotoxin 13 from Naja naja, orthorhombic form

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7qfc

タイトル

Crystal structure of cytotoxin 13 from Naja naja, orthorhombic form

要素

Cytotoxin 13

キーワード

TOXIN / THREE-FINGER TOXIN / COBRA SNAKE VENOM / S-TYPE CYTOTOXIN

機能・相同性

機能・相同性情報

toxin activity / extracellular region
類似検索 - 分子機能

生物種

Naja naja (コブラ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.6 Å

データ登録者

Samygina, V.R. / Dubova, K.M. / Bourenkov, G. / Utkin, Y.N. / Dubovskii, P.V.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: Toxins / 年: 2022
タイトル: Variability in the Spatial Structure of the Central Loop in Cobra Cytotoxins Revealed by X-ray Analysis and Molecular Modeling.
著者: Dubovskii, P.V. / Dubova, K.M. / Bourenkov, G. / Starkov, V.G. / Konshina, A.G. / Efremov, R.G. / Utkin, Y.N. / Samygina, V.R.

履歴

登録	2021年12月5日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2022年4月27日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月31日	Group: Data collection / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z
改定 1.2	2024年11月20日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7qfc.cif.gz	144.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7qfc.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7qfc.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7qfc_validation.pdf.gz	464.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7qfc_full_validation.pdf.gz	477.2 KB	表示
XML形式データ	7qfc_validation.xml.gz	15.1 KB	表示
CIF形式データ	7qfc_validation.cif.gz	20.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qf/7qfc ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qf/7qfc	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7qhiC 1rl5S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#54 - 2004年6月アセチルコリンエステラーゼ (Acetylcholinesterase) 類似性 (3) #71 - 2005年11月アセチルコリン受容体 (Acetylcholine Receptor) 類似性 (3)

登録構造単位

AAA: Cytotoxin 13

BBB: Cytotoxin 13

CCC: Cytotoxin 13

DDD: Cytotoxin 13

EEE: Cytotoxin 13

FFF: Cytotoxin 13

40.5 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

AAA: Cytotoxin 13

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
6.76 kDa, 1 ポリマー

2

BBB: Cytotoxin 13

登録者が定義した集合体
6.76 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

CCC: Cytotoxin 13

登録者が定義した集合体
6.76 kDa, 1 ポリマー

4

DDD: Cytotoxin 13

登録者が定義した集合体
6.76 kDa, 1 ポリマー

5

EEE: Cytotoxin 13

登録者が定義した集合体
6.76 kDa, 1 ポリマー

6

FFF: Cytotoxin 13

登録者が定義した集合体
6.76 kDa, 1 ポリマー

単位格子

Length a, b, c (Å)	88.759, 97.175, 131.917
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

#1: タンパク質	Cytotoxin 13 分子量: 6756.275 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Naja naja (コブラ) / 参照: UniProt: A0A0U4N5W4
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 17 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.51 Å³/Da / 溶媒含有率: 64.94 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 5.5 / 詳細: NaCl, sodium dihydrogen phosphate, 0.1M MES pH 5.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, EMBL c/o DESY / ビームライン: P14 (MX2) / 波長: 0.9763 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 12M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年6月14日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9763 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.6→50 Å / Num. obs: 18995 / % possible obs: 99.17 % / 冗長度: 6.3 % / R_sym value: 0.2 / Net I/σ(I): 1.8
反射シェル	解像度: 2.6→2.63 Å / Num. unique obs: 1199 / CC_1/2: 0.89 / % possible all: 99.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0257	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1RL5

1rl5

解像度: 2.6→14.89 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.963 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.932 / SU B: 29.095 / SU ML: 0.261 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.381 / ESU R Free: 0.275 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2547	874	4.918 %
R_work	0.2049	16898	-
all	0.207	-	-
obs	-	17772	99.196 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 93.644 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.722 Å²	0 Å²	-0 Å²
2-	-	-0.371 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.351 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.6→14.89 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2784	0	0	17	2801

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.013	0.013	2850
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.017	2832
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	2.191	1.665	3852
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.278	1.591	6630
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	10.277	5	354
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	28.225	22.5	96
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	24.148	15	570
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	23.606	15	12
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.083	0.2	378
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.01	0.02	3000
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.005	0.02	492
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.226	0.2	535
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.223	0.2	2673
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.185	0.2	1308
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.098	0.2	1609
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.198	0.2	75
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.134	0.2	3
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.254	0.2	7
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.221	0.2	94
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	4.355	6.131	1434
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	4.353	6.128	1433
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	6.952	9.176	1782
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	6.951	9.18	1783
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	4.822	6.618	1416
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	4.789	6.608	1413
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	7.627	9.698	2070
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	7.612	9.695	2069
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	11.11	71.289	2924
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	11.109	71.327	2925

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.6-2.665	0.47	60	0.453	1199	X-RAY DIFFRACTION	99.6044
2.665-2.736	0.416	53	0.408	1199	X-RAY DIFFRACTION	100
2.736-2.813	0.385	62	0.369	1123	X-RAY DIFFRACTION	99.6636
2.813-2.896	0.408	59	0.327	1104	X-RAY DIFFRACTION	99.4867
2.896-2.987	0.314	57	0.286	1091	X-RAY DIFFRACTION	99.7394
2.987-3.088	0.277	54	0.251	1031	X-RAY DIFFRACTION	99.7243
3.088-3.199	0.332	44	0.238	1024	X-RAY DIFFRACTION	99.8131
3.199-3.323	0.226	55	0.233	963	X-RAY DIFFRACTION	99.8039
3.323-3.463	0.281	54	0.207	962	X-RAY DIFFRACTION	99.9017
3.463-3.622	0.212	53	0.195	879	X-RAY DIFFRACTION	99.8928
3.622-3.806	0.303	48	0.205	864	X-RAY DIFFRACTION	100
3.806-4.02	0.288	38	0.213	828	X-RAY DIFFRACTION	100
4.02-4.275	0.207	44	0.175	766	X-RAY DIFFRACTION	100
4.275-4.587	0.176	39	0.161	738	X-RAY DIFFRACTION	100
4.587-4.977	0.197	42	0.151	677	X-RAY DIFFRACTION	100
4.977-5.489	0.314	28	0.179	646	X-RAY DIFFRACTION	100
5.489-6.199	0.29	28	0.202	556	X-RAY DIFFRACTION	100
6.199-7.283	0.189	29	0.176	501	X-RAY DIFFRACTION	100
7.283-9.253	0.241	13	0.172	430	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.175	1.2363	-0.8504	0.7402	-0.4923	3.4576	-0.0929	0.113	0.235	-0.0544	0.1514	0.0537	0.2271	0.1699	-0.0585	0.3164	0.0017	-0.0817	0.2501	-0.0316	0.5666	185.5437	107.316	160.6179
2	0.9449	0.1697	-1.5733	3.8392	-1.2347	3.6724	-0.0591	0.0959	-0.2281	-0.1944	0.2192	0.0078	-0.1398	-0.1017	-0.16	0.379	-0.0309	0.0396	0.1772	-0.053	0.5424	186.8796	84.7209	153.3045
3	2.8373	1.6886	1.9118	2.0241	1.1235	1.3406	-0.1044	0.0937	-0.0492	0.0651	0.1589	-0.3411	0.0077	-0.0123	-0.0545	0.3501	-0.0371	0.0465	0.1414	-0.0143	0.7487	208.1796	110.6103	159.2932
4	5.3343	1.0254	2.065	2.598	0.3119	1.9352	0.2951	-0.3798	-0.0255	-0.1423	-0.0431	0.2899	0.1864	-0.0583	-0.2519	0.4219	-0.064	-0.0887	0.0483	0.0627	0.6675	212.5152	88.0263	165.5817
5	2.9441	0.0873	4.2448	3.0461	0.3991	6.4139	-0.2472	0.0922	0.2151	-0.5005	-0.0278	-0.1645	-0.1078	0.2038	0.275	0.489	-0.0556	0.0745	0.3297	0.0883	0.395	204.8412	104.9409	139.7479
6	2.3853	-1.0329	-0.2752	0.6992	1.1839	7.0301	-0.6724	0.3127	0.0361	0.1516	-0.0049	0.0366	0.4062	-0.3874	0.6773	0.612	-0.4977	0.1179	0.4625	-0.0785	0.171	179.2867	87.8171	135.826

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	ALL	AAA	1 - 60
2	X-RAY DIFFRACTION	2	ALL	BBB	1 - 60
3	X-RAY DIFFRACTION	3	ALL	CCC	1 - 60
4	X-RAY DIFFRACTION	4	ALL	DDD	1 - 60
5	X-RAY DIFFRACTION	5	ALL	EEE	1 - 60
6	X-RAY DIFFRACTION	6	ALL	FFF	1 - 60

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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