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Yorodumi- PDB-7qfc: Crystal structure of cytotoxin 13 from Naja naja, orthorhombic form -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7qfc | ||||||
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Title | Crystal structure of cytotoxin 13 from Naja naja, orthorhombic form | ||||||
Components | Cytotoxin 13 | ||||||
Keywords | TOXIN / THREE-FINGER TOXIN / COBRA SNAKE VENOM / S-TYPE CYTOTOXIN | ||||||
Function / homology | Snake cytotoxin, cobra-type / Snake three-finger toxin / Snake toxins signature. / Snake toxin, conserved site / Snake toxin-like superfamily / toxin activity / extracellular region / Cytotoxin 13 Function and homology information | ||||||
Biological species | Naja naja (Indian cobra) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.6 Å | ||||||
Authors | Samygina, V.R. / Dubova, K.M. / Bourenkov, G. / Utkin, Y.N. / Dubovskii, P.V. | ||||||
Funding support | 1items
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Citation | Journal: Toxins / Year: 2022 Title: Variability in the Spatial Structure of the Central Loop in Cobra Cytotoxins Revealed by X-ray Analysis and Molecular Modeling. Authors: Dubovskii, P.V. / Dubova, K.M. / Bourenkov, G. / Starkov, V.G. / Konshina, A.G. / Efremov, R.G. / Utkin, Y.N. / Samygina, V.R. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 7qfc.cif.gz | 143.9 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb7qfc.ent.gz | Display | PDB format | |
PDBx/mmJSON format | 7qfc.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qf/7qfc ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qf/7qfc | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 7qhiC 1rl5S S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data | Similarity search - Function & homologyF&H Search |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 6756.275 Da / Num. of mol.: 6 / Source method: isolated from a natural source / Source: (natural) Naja naja (Indian cobra) / References: UniProt: A0A0U4N5W4 #2: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.51 Å3/Da / Density % sol: 64.94 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion / pH: 5.5 / Details: NaCl, sodium dihydrogen phosphate, 0.1M MES pH 5.5 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: PETRA III, EMBL c/o DESY / Beamline: P14 (MX2) / Wavelength: 0.9763 Å |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 12M / Detector: PIXEL / Date: Jun 14, 2016 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9763 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.6→50 Å / Num. obs: 18995 / % possible obs: 99.17 % / Redundancy: 6.3 % / Rsym value: 0.2 / Net I/σ(I): 1.8 |
Reflection shell | Resolution: 2.6→2.63 Å / Num. unique obs: 1199 / CC1/2: 0.89 / % possible all: 99.6 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 1RL5 Resolution: 2.6→14.89 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.963 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.932 / SU B: 29.095 / SU ML: 0.261 / Cross valid method: FREE R-VALUE / ESU R: 0.381 / ESU R Free: 0.275 Details: Hydrogens have been added in their riding positions
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: MASK BULK SOLVENT | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 93.644 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.6→14.89 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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