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- PDB-7qf8: Crystal structure of a bacterial pyranose 2-oxidase from Pseudoar... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7qf8
タイトルCrystal structure of a bacterial pyranose 2-oxidase from Pseudoarthrobacter siccitolerans
要素GMC oxidoreductase family protein
キーワードOXIDOREDUCTASE / P2Ox / FAD / bacteria / glucose / flavoprotein
機能・相同性
機能・相同性情報


oxidoreductase activity, acting on CH-OH group of donors / flavin adenine dinucleotide binding
類似検索 - 分子機能
: / Glucose-methanol-choline oxidoreductase, N-terminal / GMC oxidoreductase / Glucose-methanol-choline oxidoreductase, C-terminal / GMC oxidoreductase / FAD/NAD(P)-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / GMC oxidoreductase family protein
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudarthrobacter siccitolerans (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.009 Å
データ登録者Borges, P.T. / Frazao, T. / Taborda, A. / Frazao, C. / Martins, L.O.
資金援助European Union, ポルトガル, 2件
組織認可番号国
H2020 Marie Curie Actions of the European CommissionB-LigZymes H2020-MSCA-RISE 2018European Union
Foundation for Science and Technology (FCT)PTDC/BII-BBF/29564/2017 ポルトガル
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2023
タイトル: Mechanistic insights into glycoside 3-oxidases involved in C-glycoside metabolism in soil microorganisms.
著者: Taborda, A. / Frazao, T. / Rodrigues, M.V. / Fernandez-Luengo, X. / Sancho, F. / Lucas, M.F. / Frazao, C. / Melo, E.P. / Ventura, M.R. / Masgrau, L. / Borges, P.T. / Martins, L.O.
履歴
登録2021年12月4日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年6月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月29日Group: Author supporting evidence / Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / citation_author / pdbx_audit_support
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _pdbx_audit_support.country
改定 1.22024年2月7日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: GMC oxidoreductase family protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,4986
ポリマ－55,3021
非ポリマー1,1965
水4,179232
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2100 Å2
ΔGint-42 kcal/mol
Surface area19040 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)78.448, 78.796, 151.313
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-1175-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 GMC oxidoreductase family protein


分子量: 55301.629 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pseudarthrobacter siccitolerans (バクテリア)
遺伝子: ARTSIC4J27_4061 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A024H8G7
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-TRS / 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / TRIS BUFFER / トリス(ヒドロキシメチル)メチルアンモニウム


分子量: 122.143 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H12NO3 / コメント: pH緩衝剤*YM
#4: 化合物 ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD


分子量: 785.550 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H33N9O15P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: FAD*YM
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 232 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.11 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.82 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 / 詳細: 2 M ammonium sulfate and 0.1 M Tris-HCl, pH 8.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-2 / 波長: 0.8731 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 X 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年9月26日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.8731 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→39.4 Å / Num. obs: 31572 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 11.4 % / Biso Wilson estimate: 43.93 Å2 / CC1/2: 0.996 / Net I/σ(I): 9.57
反射 シェル解像度: 2→2.1 Å / Num. unique obs: 5031 / CC1/2: 0.653

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.3 (18-SEP-2020)精密化
XDSデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
XDSデータ削減
MoRDa位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4MIF

4mif


解像度: 2.009→39.4 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.934 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.903 / SU R Cruickshank DPI: 0.203 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.21 / SU Rfree Blow DPI: 0.176 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.175
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2442 495 1.57 %RANDOM
Rwork0.1985 ---
obs0.1992 31571 99.8 %-
原子変位パラメータBiso max: 107.55 Å2 / Biso mean: 52.32 Å2 / Biso min: 29.09 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-13.6321 Å20 Å20 Å2
2---16.7931 Å20 Å2
3---3.1611 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.3 Å
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.009→39.4 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3701 0 76 232 4009
Biso mean--51.41 53.47 -
残基数----494
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1295SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes709HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it3856HARMONIC10
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion494SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact3383SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d3899HARMONIC20.008
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg5359HARMONIC20.94
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.58
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion15.17
LS精密化 シェル解像度: 2.01→2.04 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 25
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3552 26 1.98 %
Rwork0.332 1290 -
all0.3325 1316 -
obs--97.57 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.2977-0.4048-0.29561.2348-0.68431.57470.0948-0.23120.1760.10850.01250.2128-0.0992-0.1603-0.1073-0.1120.05430.0498-0.1049-0.0003-0.19426.029330.983664.1742
212.48493.63264.10233.3963-5.130325.4783-0.7477-1.16090.65321.10960.1317-0.8612-0.41130.72730.616-0.0410.212-0.0440.0599-0.0315-0.327925.009124.369776.6803
38.7072-0.5676-0.10980.65820.9531.1004-0.1486-0.6171-1.37630.3871-0.2509-0.04220.70030.32460.3995-0.06120.14390.0634-0.09540.2215-0.157424.645411.728170.2084
43.6660.1912-1.56981.4880.14271.52860.04890.0742-0.12720.0817-0.03950.0069-0.098-0.1543-0.0094-0.21020.03260.0003-0.21850.0165-0.244620.48921.991754.902
55.4267-5.8206-4.56591.5734-2.48927.5944-0.4103-1.48271.43651.06780.2082-1.0472-0.76291.2650.2021-0.1376-0.165-0.0922-0.0678-0.1260.102642.20534.308460.495
61.6512.1231-2.90910.00060.04899.74060.272-0.37350.1026-0.148-0.2163-0.2022-0.68440.5308-0.0557-0.0793-0.02050.0613-0.24160.0208-0.128140.090731.528947.747
74.75784.56867.25060.3144-4.613331.0102-0.0843-2.17421.37841.5293-0.3064-0.2083-2.17690.96970.39070.1762-0.00040.01470.3735-0.2158-0.135228.174533.984669.2917
823.4952-4.67035.89033.9633-3.01190.82930.0165-0.66790.41230.2783-0.00680.163-0.5115-0.1845-0.0097-0.08280.05090.0813-0.1908-0.023-0.23812.538836.742767.4462
94.4742-0.49170.3534.18431.80385.38860.11670.1743-0.19870.2483-0.10450.39420.0998-0.5701-0.0122-0.3173-0.00140.0781-0.09370.0056-0.2007-2.051724.169261.1902
106.1901-0.9169-1.2880.99550.07341.2369-0.08420.2614-0.4466-0.0024-0.1040.13040.1052-0.20.1882-0.1929-0.0113-0.0004-0.19540.0189-0.227712.424218.486856.2121
11011.00824.53240.0563-7.246810.6373-0.2188-0.9736-0.01370.39110.26720.9675-0.0642-0.7316-0.04830.0282-0.08990.03530.2076-0.1713-0.004940.225229.831369.3036
121.96970.844-0.82042.1425-0.77442.26340.0077-0.13860.01010.07080.0521-0.23150.04110.7343-0.0598-0.15440.06520.0183-0.13570.0056-0.161334.720123.788253.2601
135.0842-5.85241.17510.5945-1.38458.3706-0.2318-2.17691.07660.50460.2341-0.17860.7360.6635-0.0023-0.002-0.2134-0.28980.50430.3072-0.061146.076120.532368.6402
147.25561.1884-2.13342.4168-0.49562.7625-0.33550.9419-1.0455-0.22450.07340.30.2949-0.47980.2621-0.1873-0.01030.0275-0.2488-0.0938-0.066715.20799.865749.7708
1525.11776.37248.49754.69212.68917.3245-0.27830.7581-0.6159-0.5890.0493-0.606-0.19950.28070.229-0.09280.05410.1128-0.24140.03-0.177336.517513.375843.2093
165.7735-1.1665-1.69761.07440.08471.04140.10470.6317-0.1328-0.0653-0.1212-0.1164-0.127-0.29420.0166-0.14140.0318-0.0006-0.1160.0204-0.277918.972923.139748.9801
1716.412-11.284910.38294.5024-3.21450.6401-0.0950.6321-0.0614-0.07280.11120.46740.569-0.5346-0.0162-0.15390.09150.1296-0.18840.1311-0.0737-4.40441.574252.3105
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|5 - 52 }A5 - 52
2X-RAY DIFFRACTION2{ A|53 - 61 }A53 - 61
3X-RAY DIFFRACTION3{ A|62 - 90 }A62 - 90
4X-RAY DIFFRACTION4{ A|91 - 161 }A91 - 161
5X-RAY DIFFRACTION5{ A|162 - 176 }A162 - 176
6X-RAY DIFFRACTION6{ A|177 - 197 }A177 - 197
7X-RAY DIFFRACTION7{ A|198 - 209 }A198 - 209
8X-RAY DIFFRACTION8{ A|210 - 224 }A210 - 224
9X-RAY DIFFRACTION9{ A|225 - 249 }A225 - 249
10X-RAY DIFFRACTION10{ A|250 - 307 }A250 - 307
11X-RAY DIFFRACTION11{ A|308 - 324 }A308 - 324
12X-RAY DIFFRACTION12{ A|325 - 351 }A325 - 351
13X-RAY DIFFRACTION13{ A|352 - 363 }A352 - 363
14X-RAY DIFFRACTION14{ A|364 - 401 }A364 - 401
15X-RAY DIFFRACTION15{ A|402 - 417 }A402 - 417
16X-RAY DIFFRACTION16{ A|418 - 500 }A418 - 500
17X-RAY DIFFRACTION17{ A|501 - 511 }A501 - 511

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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