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- PDB-7qf6: N(5)-hydroxyornithine:cis-anhydromevalonyl coenzyme A-N(5)-transa... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7qf6
タイトルN(5)-hydroxyornithine:cis-anhydromevalonyl coenzyme A-N(5)-transacylase sidF
要素N(5)-hydroxyornithine:cis-anhydromevalonyl coenzyme A-N(5)-transacylase sidF
キーワードTRANSFERASE / Hydroxyornithine transacylase
機能・相同性
機能・相同性情報


N',N'',N'''-triacetylfusarinine C biosynthetic process / N-acyltransferase activity / siderophore biosynthetic process / ergosterol biosynthetic process / 転移酵素; アシル基を移すもの; アミノアシル基以外のアシル基を移すもの / peroxisome
類似検索 - 分子機能
Acyltransferase MbtK/IucB-like, conserved domain / Siderophore biosynthesis protein domain / Acyl-CoA N-acyltransferase
類似検索 - ドメイン・相同性
: / THIOCYANATE ION / N(5)-hydroxyornithine:cis-anhydromevalonyl coenzyme A-N(5)-transacylase sidF
類似検索 - 構成要素
生物種Aspergillus fumigatus (カビ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.87 Å
データ登録者Poonsiri, T. / Demitri, N. / Stefano, B.
資金援助European Union, 1件
組織認可番号国
European Regional Development FundIPN95European Union
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: N(5)-hydroxyornithine:cis-anhydromevalonyl coenzyme A-N(5)-transacylase sidF
著者: Poonsiri, T. / Demitri, N. / Stefano, B.
履歴
登録2021年12月3日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年12月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年5月1日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: N(5)-hydroxyornithine:cis-anhydromevalonyl coenzyme A-N(5)-transacylase sidF
B: N(5)-hydroxyornithine:cis-anhydromevalonyl coenzyme A-N(5)-transacylase sidF
C: N(5)-hydroxyornithine:cis-anhydromevalonyl coenzyme A-N(5)-transacylase sidF
D: N(5)-hydroxyornithine:cis-anhydromevalonyl coenzyme A-N(5)-transacylase sidF
E: N(5)-hydroxyornithine:cis-anhydromevalonyl coenzyme A-N(5)-transacylase sidF
F: N(5)-hydroxyornithine:cis-anhydromevalonyl coenzyme A-N(5)-transacylase sidF
G: N(5)-hydroxyornithine:cis-anhydromevalonyl coenzyme A-N(5)-transacylase sidF
H: N(5)-hydroxyornithine:cis-anhydromevalonyl coenzyme A-N(5)-transacylase sidF
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)428,89831
ポリマ－427,0228
非ポリマー1,87623
水35,5441973
1
A: N(5)-hydroxyornithine:cis-anhydromevalonyl coenzyme A-N(5)-transacylase sidF
D: N(5)-hydroxyornithine:cis-anhydromevalonyl coenzyme A-N(5)-transacylase sidF
E: N(5)-hydroxyornithine:cis-anhydromevalonyl coenzyme A-N(5)-transacylase sidF
F: N(5)-hydroxyornithine:cis-anhydromevalonyl coenzyme A-N(5)-transacylase sidF
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)214,52916
ポリマ－213,5114
非ポリマー1,01812
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area24680 Å2
ΔGint-66 kcal/mol
Surface area63970 Å2
手法PISA
2
B: N(5)-hydroxyornithine:cis-anhydromevalonyl coenzyme A-N(5)-transacylase sidF
C: N(5)-hydroxyornithine:cis-anhydromevalonyl coenzyme A-N(5)-transacylase sidF
G: N(5)-hydroxyornithine:cis-anhydromevalonyl coenzyme A-N(5)-transacylase sidF
H: N(5)-hydroxyornithine:cis-anhydromevalonyl coenzyme A-N(5)-transacylase sidF
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)214,36915
ポリマ－213,5114
非ポリマー85811
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area24220 Å2
ΔGint-70 kcal/mol
Surface area64210 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)80.274, 80.839, 179.840
Angle α, β, γ (deg.)101.170, 91.670, 117.250
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質
N(5)-hydroxyornithine:cis-anhydromevalonyl coenzyme A-N(5)-transacylase sidF / Hydroxyornithine transacylase sidF / Siderophore biosynthesis protein F


分子量: 53377.723 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Aspergillus fumigatus (カビ) / 株: ATCC MYA-4609 / Af293 / CBS 101355 / FGSC A1100 / 遺伝子: sidF, AFUA_3G03400 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: Q4WF55, 転移酵素; アシル基を移すもの; アミノアシル基以外のアシル基を移すもの
#2: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 17 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 化合物
ChemComp-SCN / THIOCYANATE ION / チオシアン酸アニオン


分子量: 58.082 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: CNS
#4: 化合物 ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1973 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.27 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.74 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 18-20% PEG 3350, 0.2-0.24 M potassium thiocyanate

-
データ収集

回折平均測定温度: 80 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ELETTRA / ビームライン: 11.2C / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年9月28日
放射モノクロメーター: Si(111) DCM / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.87→174.82 Å / Num. obs: 313786 / % possible obs: 97.1 % / 冗長度: 6.8 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.066 / Rpim(I) all: 0.027 / Rrim(I) all: 0.071 / Net I/σ(I): 17 / Num. measured all: 2129682 / Scaling rejects: 12
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
1.87-1.96.80.501104836153890.9290.2060.5433.696.2
10.24-174.825.90.0321124619040.9990.0140.03543.297.1

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Aimless0.7.4データスケーリング
REFMAC5.8.0238精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
autoPROC1.0.5データ削減
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: AlphaFold

解像度: 1.87→174.82 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.966 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.95 / SU B: 3.189 / SU ML: 0.093 / SU R Cruickshank DPI: 0.139 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.139 / ESU R Free: 0.129 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2093 15716 5 %RANDOM
Rwork0.1719 ---
obs0.1737 298028 97.13 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 124.06 Å2 / Biso mean: 33.442 Å2 / Biso min: 14.52 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.33 Å21.85 Å2-0.56 Å2
2---0.12 Å2-1.17 Å2
3----2.58 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.87→174.82 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数28760 0 116 1973 30849
Biso mean--43.37 34.79 -
残基数----3503
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.01229932
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.9721.63840813
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.44953518
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.71320.7451812
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.136154536
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.04915261
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1420.23588
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0140.0224060
LS精密化 シェル解像度: 1.87→1.919 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.291 1208 -
Rwork0.235 21838 -
all-23046 -
obs--96.27 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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