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万見
- PDB-7qek: Structure of the ligand binding domain of the antibiotic biosynth... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7qek
タイトルStructure of the ligand binding domain of the antibiotic biosynthesis regulator AdmX from the rhizobacterium Serratia plymuthica A153 bound to the auxin indole-3-piruvic acid (IPA).
要素regulator AdmX
キーワードTRANSCRIPTION / transcriptional regulator / andrimid / antibiotic / Serratia plymuthica
機能・相同性3-(1H-INDOL-3-YL)-2-OXOPROPANOIC ACID
機能・相同性情報
生物種Serratia plymuthica (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.25 Å
データ登録者Gavira, J.A. / Rico-Jimenez, M. / Castellvi, A. / Krell, T. / Matilla, M.A.
資金援助 スペイン, 3件
組織認可番号国
Spanish Ministry of Science, Innovation, and UniversitiesPID2019-103972GA- I00 スペイン
Spanish Ministry of Science, Innovation, and UniversitiesPID2020-116261GB-I00 スペイン
Spanish Ministry of Science, Innovation, and UniversitiesPID2020-112612GB-I00 スペイン
引用ジャーナル: Mbio / 年: 2023
タイトル: Emergence of an Auxin Sensing Domain in Plant-Associated Bacteria.
著者: Gavira, J.A. / Rico-Jimenez, M. / Ortega, A. / Petukhova, N.V. / Bug, D.S. / Castellvi, A. / Porozov, Y.B. / Zhulin, I.B. / Krell, T. / Matilla, M.A.
履歴
登録2021年12月3日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年12月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年6月28日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年2月7日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: regulator AdmX
B: regulator AdmX
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,1135
ポリマ－55,6822
非ポリマー4313
水54030
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)53.213, 76.036, 94.134
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 regulator AdmX


分子量: 27841.117 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Ligand binding domain of AdmX
由来: (組換発現) Serratia plymuthica (バクテリア)
発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
#2: 化合物 ChemComp-3IO / 3-(1H-INDOL-3-YL)-2-OXOPROPANOIC ACID / インド-ル-3-ピルビン酸


分子量: 203.194 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H9NO3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 30 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶化温度: 293 K / 手法: counter-diffusion / pH: 8 / 詳細: Tris-HCl 0.1M pH 8.0, PEG 8000 30% / PH範囲: 8.0-9.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: MASSIF-3 / 波長: 0.9677 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 4M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年6月22日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9677 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.25→94.13 Å / Num. obs: 18502 / % possible obs: 98.8 % / 冗長度: 4.5 % / Biso Wilson estimate: 49.44 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.058 / Rpim(I) all: 0.031 / Rrim(I) all: 0.066 / Net I/σ(I): 14.5 / Num. measured all: 83219
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
2.25-2.324.70.973792116960.6030.5041.11.599.5
9-94.133.70.015124634010.0080.01755.797.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
Aimless0.7.7データスケーリング
PHENIX1.19_4092精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 7QEJ

7qej


解像度: 2.25→35.26 Å / SU ML: 0.28 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 29.96 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2577 899 4.87 %
Rwork0.2074 17553 -
obs0.2099 18452 98.47 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 123.93 Å2 / Biso mean: 60.7248 Å2 / Biso min: 28.94 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.25→35.26 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3188 0 31 30 3249
Biso mean--59.73 53.38 -
残基数----406
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 6

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.25-2.390.3541440.28852907305199
2.39-2.580.34571510.26322892304399
2.58-2.830.3331430.2452907305099
2.83-3.240.31011490.21592895304498
3.24-4.090.22831440.19352861300596
4.09-35.260.22491680.1893091325999
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.0147-0.5431-0.68440.3799-0.63221.7888-0.12890.0489-0.0580.02710.0656-0.0382-0.1070.2236-00.3021-0.026-0.01410.3584-0.02370.3689-9.0986-6.791612.2002
20.9938-0.81360.59840.42170.31351.1180.1225-0.19360.1249-0.09160.03890.0386-0.0038-0.493400.49730.0173-0.01330.5348-0.02150.4989-36.809-6.998716.8024
30.67081.0126-0.02460.3586-0.10341.3088-0.02840.0344-0.13310.0337-0.0047-0.0173-0.1087-0.2567-00.347-0.0099-0.0590.3875-0.01010.3929-30.6333-10.206119.0304
40.7567-1.67720.25811.217-0.42870.7867-0.13880.2340.0651-0.1068-0.10030.0489-0.01070.1500.4013-0.06240.06060.3936-0.02160.3178-11.5643-9.89784.0063
51.6089-0.68230.86990.61840.30332.9682-0.0627-0.06630.06140.0601-0.118-0.0401-0.2551-0.2041-00.37110.0061-0.03410.3199-0.02120.3102-19.0553-2.079934.8189
60.82380.0915-0.44820.2302-0.79460.61670.0416-0.2699-0.11690.13380.0078-0.03610.03630.517100.50890.0939-0.08190.67910.03670.48270.4922-19.141429.8715
70.9924-0.70210.3445-0.34160.22482.28920.0347-0.16180.04220.01170.0652-0.09780.1855-0.1486-00.4105-0.0398-0.01060.27870.01680.4125-15.5645-12.946236.8462
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 42 through 121 )A42 - 121
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 122 through 153 )A122 - 153
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 154 through 205 )A154 - 205
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 206 through 245 )A206 - 245
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 44 through 121 )B44 - 121
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 122 through 167 )B122 - 167
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 168 through 245 )B168 - 245

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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