[日本語] English
万見
- PDB-7qej: Structure of the ligand binding domain of the antibiotic biosynth... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7qej
タイトルStructure of the ligand binding domain of the antibiotic biosynthesis regulator AdmX from the rhizobacterium Serratia plymuthica A153 bound to the auxin indole-3-acetic acid (IAA).
要素TRANSCRIPTIONAL REGULATOR AdmX
キーワードTRANSCRIPTION / transcriptional regulator / andrimid / antibiotic / Serratia plymuthica
機能・相同性1H-INDOL-3-YLACETIC ACID
機能・相同性情報
生物種Serratia plymuthica (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.81 Å
データ登録者Gavira, J.A. / Rico-Jimenez, M. / Castellvi, A. / Krell, T. / Matilla, M.A.
資金援助 スペイン, 3件
組織認可番号国
Spanish Ministry of Science, Innovation, and UniversitiesPID2019-103972GA- I00 スペイン
Spanish Ministry of Science, Innovation, and UniversitiesPID2020-116261GB-I00 スペイン
Spanish Ministry of Science, Innovation, and UniversitiesPID2020-112612GB-I00 スペイン
引用ジャーナル: Mbio / 年: 2023
タイトル: Emergence of an Auxin Sensing Domain in Plant-Associated Bacteria.
著者: Gavira, J.A. / Rico-Jimenez, M. / Ortega, A. / Petukhova, N.V. / Bug, D.S. / Castellvi, A. / Porozov, Y.B. / Zhulin, I.B. / Krell, T. / Matilla, M.A.
履歴
登録2021年12月3日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年12月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年6月28日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年5月1日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: TRANSCRIPTIONAL REGULATOR AdmX
B: TRANSCRIPTIONAL REGULATOR AdmX
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,0816
ポリマ－55,6822
非ポリマー3994
水2,540141
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)87.120, 92.145, 49.922
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

-
要素

#1: タンパク質 TRANSCRIPTIONAL REGULATOR AdmX


分子量: 27841.117 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Serratia plymuthica (バクテリア)
発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
#2: 化合物 ChemComp-IAC / 1H-INDOL-3-YLACETIC ACID / INDOLE ACETIC ACID / インド-ル酢酸


分子量: 175.184 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H9NO2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: ホルモン*YM
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 141 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.19 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.76 %
結晶化温度: 293 K / 手法: counter-diffusion / pH: 8.5
詳細: C1: 30%PEG 4K, 0.2M Mg Chloride, 0.1M Tris-HCl pH 8.50
PH範囲: 8.0-9.0

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALBA / ビームライン: XALOC / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年5月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.81→63.31 Å / Num. obs: 37280 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 4.2 % / Biso Wilson estimate: 30.59 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.068 / Rpim(I) all: 0.037 / Rrim(I) all: 0.078 / Net I/σ(I): 10.4 / Num. measured all: 155653 / Scaling rejects: 9
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
1.81-1.94.30.7362334254060.6890.3950.8391.599.8
5.71-63.313.70.032483013080.9990.0180.03726.998.2

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19_4092精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
Arcimboldo位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: AF2

解像度: 1.81→63.31 Å / SU ML: 0.19 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 21.01 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2108 1767 4.75 %
Rwork0.1797 35455 -
obs0.1811 37222 98.86 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 143.88 Å2 / Biso mean: 45.0859 Å2 / Biso min: 16.67 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.81→63.31 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3200 0 44 141 3385
Biso mean--48.05 44.87 -
残基数----407
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 13

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.81-1.850.28841310.27832703283499
1.85-1.910.29391350.247526962831100
1.91-1.970.28451280.234727272855100
1.97-2.040.26351500.223926902840100
2.04-2.120.28231290.202927272856100
2.12-2.220.23991360.193727042840100
2.22-2.340.24331530.17532719287299
2.34-2.480.21011690.17827042873100
2.48-2.670.23311240.19092723284799
2.67-2.940.21551560.17672744290099
2.94-3.370.22521200.17952710283097
3.37-4.250.18171210.15292725284696
4.25-63.310.16531150.17022883299897
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.9110.2188-0.35892.82330.01341.7031-0.0187-0.05760.2875-0.01720.03190.0558-0.1105-0.0401-0.01860.18250.0206-0.01990.16-0.0220.188455.849378.857-5.2139
20.90670.1757-0.39152.0797-1.06293.79920.02480.0749-0.084-0.17920.0203-0.02220.33880.0403-0.03470.18060.0238-0.03350.1701-0.02560.218960.23456.7414-8.4507
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1(chain 'A' and resid 44 through 301)A44 - 301
2X-RAY DIFFRACTION2(chain 'B' and resid 43 through 245)B43 - 245

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る