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- PDB-7qdw: Solution structure of the complex between plasmodial ZNHIT3 and N... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7qdw
タイトルSolution structure of the complex between plasmodial ZNHIT3 and NUFIP1 proteins
要素
  • NUFIP1 domain-containing protein
  • Zinc finger protein, putative
キーワードSIGNALING PROTEIN / PAC-HIT FOLD / JAW HELICES
機能・相同性
機能・相同性情報


snoRNA localization / pre-snoRNP complex / box C/D snoRNP assembly / maturation of LSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / nucleus
類似検索 - 分子機能
FMR1-interacting protein 1, conserved domain / FMR1-interacting protein 1 (NUFIP1) / : / Zinc finger HIT-type profile. / Zinc finger, HIT-type
類似検索 - ドメイン・相同性
Zinc finger protein, putative / FMR1-interacting protein 1 conserved domain-containing protein
類似検索 - 構成要素
生物種Plasmodium falciparum (マラリア病原虫)
手法溶液NMR / molecular dynamics
データ登録者Chagot, M.E. / Quinternet, M.
資金援助 フランス, 2件
組織認可番号国
French National Research AgencyANR-11-BSV8-01503 フランス
French National Research AgencyANR-16-CE11-0032-02] フランス
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2022
タイトル: Structural Analysis of the Plasmodial Proteins ZNHIT3 and NUFIP1 Provides Insights into the Selectivity of a Conserved Interaction.
著者: Chagot, M.E. / Boutilliat, A. / Kriznik, A. / Quinternet, M.
履歴
登録2021年11月30日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年3月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年4月6日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22022年4月13日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32023年6月14日Group: Other / カテゴリ: pdbx_database_status / Item: _pdbx_database_status.status_code_nmr_data
改定 1.42024年6月19日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Zinc finger protein, putative
B: NUFIP1 domain-containing protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,6862
ポリマ－11,6862
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: NMR Distance Restraints, gel filtration, light scattering
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area2250 Å2
ΔGint-20 kcal/mol
Surface area6750 Å2
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 100structures with the lowest restraint energy
代表モデルモデル #1structure with the lowest restraint energy

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要素

#1: タンパク質 Zinc finger protein, putative


分子量: 8578.843 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Plasmodium falciparum (isolate 3D7) (マラリア病原虫)
株: isolate 3D7 / 遺伝子: PF3D7_0916900 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8I2Y4
#2: タンパク質・ペプチド NUFIP1 domain-containing protein


分子量: 3107.529 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Plasmodium falciparum (isolate 3D7) (マラリア病原虫)
株: isolate 3D7 / 遺伝子: PF3D7_1473900 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8IK99

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
111isotropic13D HNCA
121isotropic13D HN(CA)CB
131isotropic13D CBCA(CO)NH
141isotropic13D HNCO
151isotropic13D HN(CA)CO
181isotropic13D HBHA(CO)NH
171isotropic13D C(CO)NH
161isotropic13D H(CCO)NH
1101isotropic13D (H)CCH-COSY
191isotropic13D (H)CCH-TOCSY
1111isotropic13D HNHA
1121isotropic13D HNCO ECOSY
1151isotropic12D 1H-1H NOESY
1141isotropic13D 1H-13C NOESY aliphatic
1131isotropic13D 1H-13C NOESY aromatic
1161isotropic13D 1H-15N NOESY
1171isotropic12D 1H-13C HSQC aliphatic
1181isotropic12D 1H-13C HSQC aromatic
1191isotropic12D 1H-15N HSQC

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試料調製

詳細タイプ: solution
内容: 0.7 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] pfZNHIT3, 0.7 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] pfNUFIP1, 150 mM sodium chloride, 10 mM sodium phosphate, 95% H2O/5% D2O
Label: cplx / 溶媒系: 95% H2O/5% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
0.7 mMpfZNHIT3[U-100% 13C; U-100% 15N]1
0.7 mMpfNUFIP1[U-100% 13C; U-100% 15N]1
150 mMsodium chloridenatural abundance1
10 mMsodium phosphatenatural abundance1
試料状態イオン強度: 150 mM / Label: conditions_1 / pH: 6.4 / 圧: 1 atm / 温度: 293 K

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Bruker AVANCE III / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE III / 磁場強度: 600 MHz / 詳細: cryoprobe

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
TopSpin3.6.2Bruker Biospincollection
CARAKeller and Wuthrichchemical shift assignment
TopSpin3.6.2Bruker Biospin解析
CARAKeller and Wuthrichpeak picking
TALOS-NYang Shen, and Ad Baxstructure calculation
CYANA3.98.13Guntert, Mumenthaler and Wuthrichstructure calculation
Amber14Case, Darden, Cheatham III, Simmerling, Wang, Duke, Luo, ... and Kollman精密化
精密化手法: molecular dynamics / ソフトェア番号: 7
代表構造選択基準: structure with the lowest restraint energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest restraint energy
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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