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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7qdo | |||||||||||||||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of human monomeric IgM-Fc | |||||||||||||||||||||
要素 | Isoform 2 of Immunoglobulin heavy constant mu | |||||||||||||||||||||
キーワード | IMMUNE SYSTEM / human monomeric IgM-Fc | |||||||||||||||||||||
機能・相同性 | Isoform 2 of Immunoglobulin heavy constant mu 機能・相同性情報 | |||||||||||||||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | |||||||||||||||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.6 Å | |||||||||||||||||||||
データ登録者 | Chen, Q. / Rosenthal, P. / Tolar, P. | |||||||||||||||||||||
資金援助 | 英国, 6件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2022 タイトル: Cryomicroscopy reveals the structural basis for a flexible hinge motion in the immunoglobulin M pentamer. 著者: Qu Chen / Rajesh Menon / Lesley J Calder / Pavel Tolar / Peter B Rosenthal / 要旨: Immunoglobulin M (IgM) is the most ancient of the five isotypes of immunoglobulin (Ig) molecules and serves as the first line of defence against pathogens. Here, we use cryo-EM to image the structure ...Immunoglobulin M (IgM) is the most ancient of the five isotypes of immunoglobulin (Ig) molecules and serves as the first line of defence against pathogens. Here, we use cryo-EM to image the structure of the human full-length IgM pentamer, revealing antigen binding domains flexibly attached to the asymmetric and rigid core formed by the Cμ4 and Cμ3 constant regions and the J-chain. A hinge is located at the Cμ3/Cμ2 domain interface, allowing Fabs and Cμ2 to pivot as a unit both in-plane and out-of-plane. This motion is different from that observed in IgG and IgA, where the two Fab arms are able to swing independently. A biased orientation of one pair of Fab arms results from asymmetry in the constant domain (Cμ3) at the IgM subunit interacting most extensively with the J-chain. This may influence the multi-valent binding to surface-associated antigens and complement pathway activation. By comparison, the structure of the Fc fragment in the IgM monomer is similar to that of the pentamer, but is more dynamic in the Cμ4 domain. | |||||||||||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7qdo.cif.gz | 90.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7qdo.ent.gz | 65.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7qdo.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7qdo_validation.pdf.gz | 895.6 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7qdo_full_validation.pdf.gz | 898 KB | 表示 | |
XML形式データ | 7qdo_validation.xml.gz | 29.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7qdo_validation.cif.gz | 39.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qd/7qdo ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qd/7qdo | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 13922MC 8adyC 8adzC 8ae0C 8ae2C 8ae3C M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 47687.059 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: IGHM / Variant: VAR_003903 / 細胞株 (発現宿主): 293T / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P01871-2 |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: human monomeric IgM-Fc / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
由来(組換発現) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
緩衝液 | pH: 8 |
試料 | 濃度: 0.2 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 倍率(公称値): 165000 X / 倍率(補正後): 59595 X / 最大 デフォーカス(公称値): 3600 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1500 nm / Calibrated defocus min: 1000 nm / 最大 デフォーカス(補正後): 4000 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 50 µm |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
撮影 | 電子線照射量: 66 e/Å2 / 検出モード: COUNTING フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k) |
-解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.19.2_4158: / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C2 (2回回転対称) | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 961072 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | 空間: REAL | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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