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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7qd4 | |||||||||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of Tn4430 TnpA transposase from Tn3 family in complex with 100 bp long transposon end DNA | |||||||||||||||
要素 |
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キーワード | RECOMBINATION / DNA transposition / Tn3 family / antibiotic resistance / protein metamorphosis | |||||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | |||||||||||||||
生物種 | Bacillus thuringiensis (バクテリア) | |||||||||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.9 Å | |||||||||||||||
データ登録者 | Shkumatov, A.V. / Oger, C.A. / Aryanpour, N. / Hallet, B.F. / Efremov, R.G. | |||||||||||||||
資金援助 | ベルギー, 4件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2022 タイトル: Structural insight into Tn3 family transposition mechanism. 著者: Alexander V Shkumatov / Nicolas Aryanpour / Cédric A Oger / Gérôme Goossens / Bernard F Hallet / Rouslan G Efremov / 要旨: Transposons are diverse mobile genetic elements that play the critical role as genome architects in all domains of life. Tn3 is a widespread family and among the first identified bacterial ...Transposons are diverse mobile genetic elements that play the critical role as genome architects in all domains of life. Tn3 is a widespread family and among the first identified bacterial transposons famed for their contribution to the dissemination of antibiotic resistance. Transposition within this family is mediated by a large TnpA transposase, which facilitates both transposition and target immunity. Howtever, a structural framework required for understanding the mechanism of TnpA transposition is lacking. Here, we describe the cryo-EM structures of TnpA from Tn4430 in the apo form and paired with transposon ends before and after DNA cleavage and strand transfer. We show that TnpA has an unusual architecture and exhibits a family specific regulatory mechanism involving metamorphic refolding of the RNase H-like catalytic domain. The TnpA structure, constrained by a double dimerization interface, creates a peculiar topology that suggests a specific role for the target DNA in transpososome assembly and activation. | |||||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7qd4.cif.gz | 436 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7qd4.ent.gz | 339.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7qd4.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7qd4_validation.pdf.gz | 1.2 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7qd4_full_validation.pdf.gz | 1.2 MB | 表示 | |
XML形式データ | 7qd4_validation.xml.gz | 67.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7qd4_validation.cif.gz | 103 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qd/7qd4 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qd/7qd4 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 116992.117 Da / 分子数: 2 / 変異: S911R / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Bacillus thuringiensis (バクテリア) 遺伝子: tnpA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P10021 #2: DNA鎖 | 分子量: 30848.781 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 詳細: 100 base pairs internal DNA repeat containing recognition sequence for Tn4430 transposone. 由来: (合成) Bacillus thuringiensis (バクテリア) #3: DNA鎖 | 分子量: 30851.658 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 詳細: 100 base pairs internal DNA repeat containing recognition sequence for Tn4430 transposone. 由来: (合成) Bacillus thuringiensis (バクテリア) |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 |
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分子量 | 実験値: NO | ||||||||||||||||||||||||||||
由来(天然) |
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由来(組換発現) |
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緩衝液 | pH: 7.5 / 詳細: 50 mM HEPES (pH 7.5), 100 mM NaCl, 30 mM L-Arg HCL | ||||||||||||||||||||||||||||
試料 | 濃度: 0.15 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES | ||||||||||||||||||||||||||||
試料支持 | グリッドのタイプ: Quantifoil R2/1 | ||||||||||||||||||||||||||||
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE / 湿度: 90 % |
-電子顕微鏡撮影
顕微鏡 | モデル: JEOL CRYO ARM 300 |
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電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 6000 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1000 nm / アライメント法: COMA FREE |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN / 試料ホルダーモデル: JEOL CRYOSPECPORTER |
撮影 | 平均露光時間: 3 sec. / 電子線照射量: 62 e/Å2 / 検出モード: COUNTING / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 4756 |
電子光学装置 | エネルギーフィルター名称: In-column Omega Filter エネルギーフィルタースリット幅: 20 eV |
画像スキャン | 動画フレーム数/画像: 40 / 利用したフレーム数/画像: 1-40 |
-解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.19.2_4158: / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 861203 / 詳細: cryoSPARC blob picker | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C2 (2回回転対称) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 2.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 206727 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | B value: 28.8 / プロトコル: AB INITIO MODEL / 空間: REAL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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