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- PDB-7qd0: Structure of the orange carotenoid protein from Planktothrix agar... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7qd0
タイトルStructure of the orange carotenoid protein from Planktothrix agardhii binding echinenone in the C2 space group
要素Orange carotenoid-binding protein
キーワードPHOTOSYNTHESIS / CAROTENOID-BINDING / PHOTOPROTECTION / CAROTENOID BINDING PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


light absorption / phycobilisome / chloride ion binding
類似検索 - 分子機能
Orange carotenoid-binding protein, N-terminal / Orange carotenoid-binding protein, N-terminal domain superfamily / Orange carotenoid protein, N-terminal / Orange carotenoid protein (OCP) N-terminal domain profile. / Nuclear transport factor 2 domain / Nuclear transport factor 2 (NTF2) domain / NTF2-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / ARGININE / beta,beta-caroten-4-one / Orange carotenoid-binding protein
類似検索 - 構成要素
生物種Planktothrix agardhii (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Andreeva, E.A. / Hartmann, E. / Schlichting, I. / Colletier, J.-P.
資金援助 フランス, 4件
組織認可番号国
Agence Nationale de la Recherche (ANR)ANR-17-CE11-0018-01 フランス
Agence Nationale de la Recherche (ANR)ANR-2018-CE11-0005-02 フランス
Agence Nationale de la Recherche (ANR)ANR-10-INBS-05-02 フランス
Agence Nationale de la Recherche (ANR)ANR-17-EURE-0003 フランス
引用ジャーナル: Biochim Biophys Acta Bioenerg / 年: 2022
タイトル: Structure-function-dynamics relationships in the peculiar Planktothrix PCC7805 OCP1: Impact of his-tagging and carotenoid type.
著者: Wilson, A. / Andreeva, E.A. / Nizinski, S.J. / Talbot, L. / Hartmann, E. / Schlichting, I. / Burdzinski, G. / Sliwa, M. / Kirilovsky, D. / Colletier, J.P.
履歴
登録2021年11月25日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年7月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年7月13日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume
改定 1.22024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Orange carotenoid-binding protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,65710
ポリマ－35,3521
非ポリマー1,3059
水4,666259
1
A: Orange carotenoid-binding protein
ヘテロ分子

A: Orange carotenoid-binding protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)73,31420
ポリマ－70,7052
非ポリマー2,60918
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_556-x,y,-z+11
Buried area6060 Å2
ΔGint-5 kcal/mol
Surface area24730 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)81.400, 64.870, 61.690
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 117.911, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Space group name HallC2y
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y,-z
#3: x+1/2,y+1/2,z
#4: -x+1/2,y+1/2,-z
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-514-

HOH

21A-604-

HOH

31A-687-

HOH

41A-735-

HOH

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Orange carotenoid-binding protein


分子量: 35352.434 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Planktothrix agardhii (バクテリア)
遺伝子: PLAM_2315
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
参照: UniProt: A0A1J1JHR9

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非ポリマー , 5種, 268分子

#2: 化合物 ChemComp-ARG / ARGININE / L-アルギニン-ω′-カチオン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 175.209 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H15N4O2
#3: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#5: 化合物 ChemComp-ECH / beta,beta-caroten-4-one / echinenone / (9′Z)-β-エキネノン


分子量: 550.856 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C40H54O / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 259 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.12 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.93 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5 / 詳細: 0.1 M sodium acetate, pH 5 and 10-20% PEG4000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.9537 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年7月2日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→32.44 Å / Num. obs: 30918 / % possible obs: 98.61 % / 冗長度: 3.3 % / Biso Wilson estimate: 25.58 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.046 / Rpim(I) all: 0.03 / Rrim(I) all: 0.055 / Net I/σ(I): 13.78
反射 シェル解像度: 1.7→1.76 Å / 冗長度: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 0.7233 / Mean I/σ(I) obs: 1.85 / Num. unique obs: 3107 / CC1/2: 0.843 / Rpim(I) all: 0.3882 / Rrim(I) all: 0.7233 / % possible all: 99.42

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19_4080精密化
PHASER1.19_4080位相決定
XSCALEデータスケーリング
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3mg1

3mg1


解像度: 1.7→32.44 Å / SU ML: 0.2059 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 26.2509
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2228 1545 5.01 %
Rwork0.1776 29310 -
obs0.1798 30855 98.62 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 34.32 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.7→32.44 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2387 0 91 259 2737
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00742854
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.34023903
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.1966423
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0087531
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.1116427
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.7-1.750.35341410.30232677X-RAY DIFFRACTION99.47
1.75-1.820.28991400.26192646X-RAY DIFFRACTION98.72
1.82-1.890.27931400.23072655X-RAY DIFFRACTION99.22
1.89-1.980.29091390.22182647X-RAY DIFFRACTION98.69
1.98-2.080.27141430.20062707X-RAY DIFFRACTION99.06
2.08-2.210.22571400.1772651X-RAY DIFFRACTION99.08
2.21-2.380.21131400.17582669X-RAY DIFFRACTION99.05
2.38-2.620.24611400.19692641X-RAY DIFFRACTION97.72
2.62-30.25931390.1862640X-RAY DIFFRACTION98.23
3-3.780.22281390.15712648X-RAY DIFFRACTION96.91
3.78-32.440.1681440.1522729X-RAY DIFFRACTION98.73

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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