PDB-7qcp: Crystal structure of Mycobacterium hassiacum glucosyl-3-phosphogl...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7qcp

タイトル

Crystal structure of Mycobacterium hassiacum glucosyl-3-phosphoglycerate synthase at pH 7.2 - apo form

要素

Glucosyl-3-phosphoglycerate synthase

キーワード

TRANSFERASE / Glucose / UDP / thermostable / GTA-fold

機能・相同性

機能・相同性情報

glucosyl-3-phosphoglycerate synthase / glycosyltransferase activity / nucleotide binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Mycolicibacterium hassiacum (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.11 Å

データ登録者

Silva, A. / Nunes-Costa, D. / Barbosa Pereira, P.J. / Macedo-Ribeiro, S.

資金援助

ポルトガル, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of Mycobacterium hassiacum glucosyl-3-phosphoglycerate synthase at pH 7.2 - apo form
著者: Silva, A. / Nunes-Costa, D. / Empadinhas, N. / Barbosa Pereira, P.J. / Macedo-Ribeiro, S.

履歴

登録	2021年11月25日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2022年12月14日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月31日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7qcp.cif.gz	412 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7qcp.ent.gz	284.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7qcp.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7qcp_validation.pdf.gz	451.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7qcp_full_validation.pdf.gz	456.2 KB	表示
XML形式データ	7qcp_validation.xml.gz	28.2 KB	表示
CIF形式データ	7qcp_validation.cif.gz	44.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qc/7qcp ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qc/7qcp	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7p5lS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#254 - 2021年2月セルロース合成酵素 (Cellulose Synthase) 類似性 (3) #156 - 2012年12月 ABO式血液型糖転移酵素 (ABO Blood Type Glycosyltransferases) 類似性 (1) #228 - 2018年12月酵素の指向性進化 (Directed Evolution of Enzymes) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Glucosyl-3-phosphoglycerate synthase

B: Glucosyl-3-phosphoglycerate synthase

ヘテロ分子

70.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration, Alarico S, Nunes-Costa D, Silva A, Costa M, Macedo-Ribeiro S, Empadinhas N. A genuine mycobacterial thermophile: Mycobacterium hassiacum growth, survival and GpgS stability at ...根拠: gel filtration, Alarico S, Nunes-Costa D, Silva A, Costa M, Macedo-Ribeiro S, Empadinhas N. A genuine mycobacterial thermophile: Mycobacterium hassiacum growth, survival and GpgS stability at near-pasteurization temperatures. Microbiology (Reading). 2020 May;166(5):474-483. doi: 10.1099/mic.0.000898. PMID: 32100712.

単位格子

Length a, b, c (Å)	71.278, 90.633, 95.294
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁
Space group name Hall	P2ac2ab
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x+1/2,-y+1/2,-z #3: -x,y+1/2,-z+1/2 #4: -x+1/2,-y,z+1/2

#1: タンパク質	Glucosyl-3-phosphoglycerate synthase 分子量: 35151.129 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現詳細: The C-terminal KLAAALEHHHHHH sequence corresponds to a linker followed by an hexahistidine tag used for protein purification. 由来: (組換発現) Mycolicibacterium hassiacum (strain DSM 44199 / CIP 105218 / JCM 12690 / 3849) (バクテリア) 株: DSM 44199 / CIP 105218 / JCM 12690 / 3849 / 遺伝子: gpgS, C731_3243, MHAS_02845 / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) 参照: UniProt: K5B7Z4, glucosyl-3-phosphoglycerate synthase
#2: 化合物	ChemComp-TLA / L(+)-TARTARIC ACID / L-酒石酸分子量: 150.087 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₆O₆
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 650 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.19 Å³/Da / 溶媒含有率: 43.81 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.2 / 詳細: 0.2M Potassium Sodium Tartrate pH 7.2, 20% PEG 3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.96112 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年6月21日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.96112 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.11→50 Å / Num. obs: 242579 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 12.3 % / B_iso Wilson estimate: 12.18 Å² / R_merge(I) obs: 0.066 / R_pim(I) all: 0.019 / R_rim(I) all: 0.069 / Net I/σ(I): 16.7
反射シェル	解像度: 1.11→1.15 Å / R_merge(I) obs: 1.116 / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique obs: 23553 / R_pim(I) all: 0.371 / R_rim(I) all: 1.178

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.19.2_4158	精密化
XDS		データ削減
SCALA		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 7P5L

7p5l

解像度: 1.11→47.65 Å / SU ML: 0.1134 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 13.2344
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1564	12152	5.01 %
R_work	0.1419	230303	-
obs	0.1426	242455	99.93 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 19.23 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.11→47.65 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4319	0	20	650	4989

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0063	4620
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.9059	6346
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0734	763
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0153	834
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	11.1373	1717

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.11-1.12	0.2953	422	0.2728	7494	X-RAY DIFFRACTION	98.78
1.12-1.14	0.2598	384	0.2398	7654	X-RAY DIFFRACTION	99.95
1.14-1.15	0.2442	391	0.2224	7641	X-RAY DIFFRACTION	99.98
1.15-1.16	0.2317	419	0.2057	7581	X-RAY DIFFRACTION	99.98
1.16-1.18	0.2008	393	0.1936	7591	X-RAY DIFFRACTION	99.89
1.18-1.2	0.1932	418	0.1778	7620	X-RAY DIFFRACTION	99.96
1.2-1.21	0.1936	380	0.164	7651	X-RAY DIFFRACTION	99.99
1.21-1.23	0.1713	378	0.1531	7609	X-RAY DIFFRACTION	99.97
1.23-1.25	0.1624	398	0.146	7644	X-RAY DIFFRACTION	99.99
1.25-1.27	0.1789	443	0.149	7594	X-RAY DIFFRACTION	99.98
1.27-1.29	0.155	377	0.1457	7654	X-RAY DIFFRACTION	99.99
1.29-1.32	0.1676	402	0.1453	7623	X-RAY DIFFRACTION	99.98
1.32-1.34	0.1546	416	0.1473	7654	X-RAY DIFFRACTION	99.95
1.34-1.37	0.1681	372	0.1492	7640	X-RAY DIFFRACTION	99.94
1.37-1.4	0.1608	453	0.1339	7630	X-RAY DIFFRACTION	100
1.4-1.43	0.1431	420	0.1249	7583	X-RAY DIFFRACTION	99.96
1.43-1.47	0.1384	456	0.1148	7628	X-RAY DIFFRACTION	99.99
1.47-1.51	0.1375	419	0.1143	7638	X-RAY DIFFRACTION	99.95
1.51-1.55	0.1381	407	0.1102	7667	X-RAY DIFFRACTION	100
1.55-1.6	0.1358	432	0.1095	7621	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6-1.66	0.1378	370	0.114	7723	X-RAY DIFFRACTION	99.98
1.66-1.72	0.134	397	0.1191	7701	X-RAY DIFFRACTION	100
1.72-1.8	0.15	403	0.1233	7708	X-RAY DIFFRACTION	99.96
1.8-1.9	0.1352	403	0.1269	7680	X-RAY DIFFRACTION	99.99
1.9-2.02	0.1501	411	0.1272	7737	X-RAY DIFFRACTION	100
2.02-2.17	0.1345	380	0.1268	7755	X-RAY DIFFRACTION	99.95
2.17-2.39	0.1421	389	0.1304	7783	X-RAY DIFFRACTION	99.94
2.39-2.74	0.1493	385	0.14	7817	X-RAY DIFFRACTION	99.95
2.74-3.45	0.1762	392	0.1503	7863	X-RAY DIFFRACTION	99.95
3.45-47.65	0.1567	442	0.1598	8119	X-RAY DIFFRACTION	99.95

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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