PDB-7qce: Crystal structure of an atypical PHD finger of VIN3

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7qce

タイトル

Crystal structure of an atypical PHD finger of VIN3

要素

VIN3 (Protein VERNALIZATION INSENSITIVE 3)

キーワード

NUCLEAR PROTEIN / PHD finger / four-helix bundle / histone H3 tail binding / Polycomb silencing / plant vernalisation / VIN3

機能・相同性

DI(HYDROXYETHYL)ETHER

機能・相同性情報

生物種

Phoenix dactylifera (ナツメヤシ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.1 Å

データ登録者

Franco-Echevarria, E. / Fiedler, M. / Dean, C. / Bienz, M.

資金援助

英国, 2件

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2022
タイトル: Plant vernalization proteins contain unusual PHD superdomains without histone H3 binding activity.
著者: Franco-Echevarria, E. / Rutherford, T.J. / Fiedler, M. / Dean, C. / Bienz, M.

履歴

登録	2021年11月23日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2022年11月16日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年6月19日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7qce.cif.gz	149.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7qce.ent.gz	116.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7qce.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7qce_validation.pdf.gz	1.4 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7qce_full_validation.pdf.gz	1.4 MB	表示
XML形式データ	7qce_validation.xml.gz	14.3 KB	表示
CIF形式データ	7qce_validation.cif.gz	19.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qc/7qce ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qc/7qce	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: VIN3 (Protein VERNALIZATION INSENSITIVE 3)

B: VIN3 (Protein VERNALIZATION INSENSITIVE 3)

ヘテロ分子

47 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: VIN3 (Protein VERNALIZATION INSENSITIVE 3)

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration, Monomeric in gel filtration
23.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: VIN3 (Protein VERNALIZATION INSENSITIVE 3)

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
23.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	58.641, 58.641, 225.395
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	152
Space group name H-M	P3₁21

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-527- HOH

#1: タンパク質	VIN3 (Protein VERNALIZATION INSENSITIVE 3) 分子量: 23225.152 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Phoenix dactylifera (ナツメヤシ) 発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル分子量: 106.120 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 52 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.41 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.93 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法詳細: 0.06M Morpheus Divalents, 1.1M Morpheus Buffer System pH 6.5, 10% PEG 20K, 20% PEG 500 MME

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.9762 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER2 X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年12月6日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9762 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.1→50.84 Å / Num. obs: 27349 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 19.6 % / CC_1/2: 0.997 / R_merge(I) obs: 0.135 / Net I/σ(I): 13.3
反射シェル	解像度: 2.1→2.16 Å / Num. unique obs: 2183 / CC_1/2: 0.81

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
xia2		データ削減
Aimless		データスケーリング
SHELXD		位相決定
Coot		モデル構築
PDB_EXTRACT		データ抽出

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.1→50.84 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.939 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.937 / SU B: 11.446 / SU ML: 0.153 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.209 / ESU R Free: 0.183 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: U VALUES : WITH TLS ADDED HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : RESIDUAL ONLY

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2645	1440	5.3 %	RANDOM
R_work	0.23017	-	-	-
obs	0.23198	25824	99.93 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 1 Å / 減衰半径: 1 Å / VDWプローブ半径: 1.3 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 58.149 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.12 Å²	-0.56 Å²	-0 Å²
2-	-	-1.12 Å²	0 Å²
3-	-	-	3.63 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.1→50.84 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2630	0	19	52	2701

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.005	0.018	2705
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	2618
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.286	1.905	3658
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.99	2.755	6061
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	4.994	5	338
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	33.184	22.586	116
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.328	15	511
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	11.27	15	14
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.059	0.2	409
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.003	0.02	2955
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	565
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	7.66	3.104	1361
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	7.668	3.102	1360
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	7.965	4.643	1696
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	7.965	4.645	1697
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	12.045	4.104	1344
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	12.043	4.105	1345
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	14.008	5.667	1963
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	14.567	38.122	2963
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	14.578	38.064	2959

LS精密化シェル

解像度: 2.1→2.155 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.329	95	-
R_work	0.328	1877	-
obs	-	-	100 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.2409	-0.6924	0.6069	1.6133	-0.3202	1.4951	-0.0084	0.1197	0.1711	0.0982	0.0348	0.0272	-0.0108	0.0311	-0.0265	0.1491	-0.0003	0.0051	0.2665	0.0829	0.0329	-0.79	16.919	-27.697
2	3.3228	1.1501	0.5489	2.2383	-0.5182	2.3734	0.0367	-0.0978	-0.0375	0.1424	0.0141	0.0286	-0.0419	-0.011	-0.0508	0.1353	0.0195	-0.0067	0.2268	0.0532	0.015	27.262	4.935	-12.382

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	135 - 321
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	156 - 320

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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