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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7qc3 | ||||||
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タイトル | HisF from T. maritima | ||||||
要素 | Imidazole glycerol phosphate synthase subunit HisF | ||||||
キーワード | METAL BINDING PROTEIN / BETA BARREL / ARTIFICIAL METALLOENZYME / PROTEIN DESIGN / OXIDOREDUCTASE | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 imidazole glycerol-phosphate synthase / imidazoleglycerol-phosphate synthase activity / L-histidine biosynthetic process / lyase activity / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Thermotoga maritima (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.65 Å | ||||||
データ登録者 | Beaumet, M. / Dose, A. / Braeuer, A. / Mahy, J. / Ghattas, W. / Groll, M. / Hess, C. | ||||||
資金援助 | European Union, 1件
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引用 | ジャーナル: J.Inorg.Biochem. / 年: 2022 タイトル: An artificial metalloprotein with metal-adaptive coordination sites and Ni-dependent quercetinase activity. 著者: Beaumet, M. / Dose, A. / Brauer, A. / Mahy, J.P. / Ghattas, W. / Groll, M. / Hess, C.R. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7qc3.cif.gz | 125.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7qc3.ent.gz | 96.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7qc3.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7qc3_validation.pdf.gz | 409.1 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7qc3_full_validation.pdf.gz | 409.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | 7qc3_validation.xml.gz | 14 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7qc3_validation.cif.gz | 21.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qc/7qc3 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qc/7qc3 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 27709.752 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Thermotoga maritima (strain ATCC 43589 / DSM 3109 / JCM 10099 / NBRC 100826 / MSB8) (バクテリア) 株: ATCC 43589 / DSM 3109 / JCM 10099 / NBRC 100826 / MSB8 / 遺伝子: hisF, TM_1036 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: Q9X0C6, imidazole glycerol-phosphate synthase |
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#2: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶化 | 温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.3 / 詳細: 100 mM TRIS, 23% PEG 3350 |
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年10月25日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.65→30 Å / Num. obs: 50620 / % possible obs: 97.5 % / 冗長度: 5.4 % / Rmerge(I) obs: 0.074 / Net I/σ(I): 11.2 |
反射 シェル | 解像度: 1.65→1.75 Å / Rmerge(I) obs: 0.543 / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / Num. unique obs: 8212 / % possible all: 99.7 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 2A0N 解像度: 1.65→15 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.978 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.973 / SU B: 2.718 / SU ML: 0.04 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.065 / ESU R Free: 0.058 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 92.8 Å2 / Biso mean: 29.013 Å2 / Biso min: 14.42 Å2
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精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.65→15 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.65→1.692 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
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