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- PDB-7qc0: Crystal structure of Cadmium translocating P-type ATPase -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7qc0
タイトルCrystal structure of Cadmium translocating P-type ATPase
要素Cadmium translocating P-type ATPase
キーワードMEMBRANE PROTEIN / P-type ATPase PIB-ATPase Transporter Exporter
機能・相同性
機能・相同性情報


ATPase-coupled monoatomic cation transmembrane transporter activity / membrane => GO:0016020 / ATP hydrolysis activity / ATP binding / metal ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
P-type ATPase, subfamily IB / P-type ATPase, haloacid dehalogenase domain / P-type ATPase, phosphorylation site / P-type ATPase, cytoplasmic domain N / E1-E2 ATPases phosphorylation site. / P-type ATPase, A domain superfamily / P-type ATPase / P-type ATPase, transmembrane domain superfamily / HAD superfamily / HAD-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION / Cadmium translocating P-type ATPase
類似検索 - 構成要素
生物種Sulfitobacter sp. (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.11 Å
データ登録者Groenberg, C. / Hu, Q. / Wang, K. / Gourdon, P.
資金援助 デンマーク, 1件
組織認可番号国
LundbeckfondenR133-A12689 デンマーク
引用ジャーナル: Elife / 年: 2021
タイトル: Structure and ion-release mechanism of P IB-4 -type ATPases.
著者: Gronberg, C. / Hu, Q. / Mahato, D.R. / Longhin, E. / Salustros, N. / Duelli, A. / Lyu, P. / Bagenholm, V. / Eriksson, J. / Rao, K.U. / Henderson, D.I. / Meloni, G. / Andersson, M. / Croll, T. ...著者: Gronberg, C. / Hu, Q. / Mahato, D.R. / Longhin, E. / Salustros, N. / Duelli, A. / Lyu, P. / Bagenholm, V. / Eriksson, J. / Rao, K.U. / Henderson, D.I. / Meloni, G. / Andersson, M. / Croll, T. / Godaly, G. / Wang, K. / Gourdon, P.
履歴
登録2021年11月21日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年3月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年10月26日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cadmium translocating P-type ATPase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)71,7453
ポリマ－71,6541
非ポリマー902
水18010
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area320 Å2
ΔGint-7 kcal/mol
Surface area29930 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)89.028, 94.532, 128.774
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
Space group name HallP22ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x+1/2,y+1/2,-z
#4: -x,-y,z

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要素

#1: タンパク質 Cadmium translocating P-type ATPase


分子量: 71654.234 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Sulfitobacter sp. (strain NAS-14.1) (バクテリア)
株: NAS-14.1 / 遺伝子: NAS141_02821 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): C41 / 参照: UniProt: A3T2G5
#2: 化合物 ChemComp-BEF / BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION


分子量: 66.007 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: BeF3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.78 Å3/Da / 溶媒含有率: 67.47 %
結晶化温度: 292.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 200 mM magnesium formate, 14 % (v/v) PEG5000, 100 mM sodium acetate, pH=4.0, and 0.5 % (v/v) 2-propanol was added as an additive.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER R 4M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年10月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.11→47.27 Å / Num. obs: 20134 / % possible obs: 97.4 % / 冗長度: 13.3 % / CC1/2: 1 / Net I/σ(I): 17.8
反射 シェル解像度: 3.11→3.22 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.12 / Num. unique obs: 1963 / CC1/2: 0.475 / % possible all: 99.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Cootモデル構築
PHENIX1.19.2_4158精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 7QBZ

7qbz


解像度: 3.11→47.27 Å / SU ML: 0.4857 / 交差検証法: FREE R-VALUE / 位相誤差: 31.7295
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2683 1855 5.03 %
Rwork0.2447 35000 -
obs0.2459 20134 97.19 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.11→47.27 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4695 0 5 10 4710
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00394770
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.76666477
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0477783
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0089839
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d6.7933673
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.11-3.190.39331490.45692705X-RAY DIFFRACTION97.44
3.19-3.280.41471460.37782767X-RAY DIFFRACTION99.93
3.28-3.390.28911480.33052764X-RAY DIFFRACTION99.73
3.39-3.510.28421470.2952774X-RAY DIFFRACTION99.93
3.51-3.630.34191250.3112327X-RAY DIFFRACTION98.47
3.66-3.820.44031220.43922303X-RAY DIFFRACTION85.63
3.82-4.020.3091430.2682754X-RAY DIFFRACTION100
4.02-4.270.21251460.20582774X-RAY DIFFRACTION100
4.27-4.60.20671440.18572774X-RAY DIFFRACTION100
4.6-5.060.22961450.19622756X-RAY DIFFRACTION100
5.06-5.790.27521440.22832770X-RAY DIFFRACTION100
5.79-7.290.30911480.25792773X-RAY DIFFRACTION99.73
7.3-47.270.22751480.20732759X-RAY DIFFRACTION99.42
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.00025072929-0.2286701047840.2587195141140.0678589255459-0.2331089111860.639243563994-0.2697273192061.38640290895-1.15360987826-0.0405903818270.6022048903930.4237905782080.2912244026450.9558412909730.2026362311871.58199200568-0.037260571740.2764451942682.2479130256-0.04120906039050.4382114816812.113728350334.41242531813.13739117911
20.974044946498-0.02751803228950.2413682153981.8569612347-0.08342665335010.8651119411670.265738329794-0.152350753304-0.2532669937680.305567608146-0.034226156878-0.7885791191520.1080122195410.1470167672140.000242687752430.566949592863-0.01468846250860.01405077953060.524427239369-0.0351540954520.78065768480316.680920356635.555139156160.3349132718
30.665852816254-0.0767399498553-0.9870891787720.5423906597510.1401429752973.17433189882-0.1189301223011.57772157207-0.761053638861-0.129446920544-0.2202128655530.713595147492-0.301049233367-0.4736692608330.813130004622.75064173440.75848414938-0.2209777177152.60849060873-0.9131835539181.3801705702520.032793922916.09501105260.336287996374
40.89655652099-0.0805938585022-0.5604668330590.238485838519-0.04224709608051.364983925540.245384388279-0.0286160113366-0.2869030048110.044957782171-0.2055410948880.09346797704790.0402741994516-0.00623619716261-0.002731669752880.5966430263140.0279020914271-0.1402482719340.49027346151-0.04620082548550.663221604793-6.5769151804925.870616711559.4938277421
50.00614785348466-0.1148361375520.1323466695770.661868678898-0.6822707146040.6901946021210.2152168634880.361826864537-0.0113111179814-0.418512350084-0.08770642096870.0593835143402-0.02233605825110.04133389266757.62930462865E-50.9346345908440.085640823374-0.1167906285351.12440450404-0.1920112083880.6893764374230.79521255566721.369873806223.0458014293
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'A' and (resid 41 through 138 )41 - 1381 - 98
22chain 'A' and (resid 139 through 275 )139 - 27599 - 235
33chain 'A' and (resid 276 through 326 )276 - 326236 - 286
44chain 'A' and (resid 327 through 572 )327 - 572287 - 532
55chain 'A' and (resid 573 through 678 )573 - 678533 - 638

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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