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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7qb8 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of a cyclodipeptide synthase from Parcubacteria bacterium RAAC4_OD1_1, WT form | ||||||
要素 | Cyclodipeptide synthase | ||||||
キーワード | LIGASE (リガーゼ) / Cyclodipeptide synthase | ||||||
機能・相同性 | Cyclodipeptide synthase superfamily / Cyclodipeptide synthase / Cyclodipeptide synthase / aminoacyltransferase activity / Cyclodipeptide synthase 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Parcubacteria bacterium RAAC4_OD1_1 (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å | ||||||
データ登録者 | Sutherland, E. / Harding, C.J. / Czekster, C.M. | ||||||
資金援助 | 英国, 1件
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引用 | ジャーナル: Commun Chem / 年: 2022 タイトル: Active site remodelling of a cyclodipeptide synthase redefines substrate scope. 著者: Sutherland, E. / Harding, C.J. / Czekster, C.M. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7qb8.cif.gz | 109.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7qb8.ent.gz | 84.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7qb8.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qb/7qb8 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qb/7qb8 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 7qaqC 7qatC 7qauC 7qawC 7qaxC 7qayC 7qae C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 27334.520 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: C-terminal His Tag (EHHHHHH) 由来: (組換発現) Parcubacteria bacterium RAAC4_OD1_1 (バクテリア) 遺伝子: O210_OD1C00001G0241 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: V7PYQ5 |
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#2: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.33 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.1 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 詳細: 2.27 M Ammonium Sulfate, 0.1 M Sodium acetate pH 5.13 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.9763 Å | ||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER2 X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年5月12日 | ||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.9763 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 1.9→72.56 Å / Num. obs: 21533 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 52.4 % / Biso Wilson estimate: 45.01 Å2 / Rpim(I) all: 0.01 / Rrim(I) all: 0.074 / Net I/σ(I): 31.4 / Num. measured all: 1128594 | ||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 7QAE 7qae 解像度: 1.9→51.306 Å / SU ML: 0.25 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 29.38 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 174.08 Å2 / Biso mean: 63.4065 Å2 / Biso min: 30 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.9→51.306 Å
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / % reflection obs: 100 %
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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