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- PDB-7qb5: Coxsackievirus A24v (CVA24v) in complex with a dimeric C2-C9-link... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7qb5
タイトルCoxsackievirus A24v (CVA24v) in complex with a dimeric C2-C9-linked sialic acid inhibitor
要素(Capsid protein ...) x 4
キーワードVIRUS / Coxsackievirus A24v / CVA24v / sialic acid based inhibitor
機能・相同性
機能・相同性情報


symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of RIG-I activity / ribonucleoside triphosphate phosphatase activity / picornain 2A / symbiont-mediated suppression of host mRNA export from nucleus / symbiont genome entry into host cell via pore formation in plasma membrane / picornain 3C / T=pseudo3 icosahedral viral capsid / host cell cytoplasmic vesicle membrane / nucleoside-triphosphate phosphatase / channel activity ...symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of RIG-I activity / ribonucleoside triphosphate phosphatase activity / picornain 2A / symbiont-mediated suppression of host mRNA export from nucleus / symbiont genome entry into host cell via pore formation in plasma membrane / picornain 3C / T=pseudo3 icosahedral viral capsid / host cell cytoplasmic vesicle membrane / nucleoside-triphosphate phosphatase / channel activity / monoatomic ion transmembrane transport / RNA helicase activity / endocytosis involved in viral entry into host cell / symbiont-mediated activation of host autophagy / RNA-directed RNA polymerase / cysteine-type endopeptidase activity / viral RNA genome replication / RNA-directed RNA polymerase activity / DNA-templated transcription / virion attachment to host cell / host cell nucleus / structural molecule activity / proteolysis / RNA binding / zinc ion binding / ATP binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Poliovirus 3A protein-like / Poliovirus 3A protein like / Picornavirus 2B protein / Poliovirus core protein 3a, soluble domain / Picornavirus 2B protein / Peptidase C3, picornavirus core protein 2A / Picornavirus core protein 2A / Picornavirus coat protein VP4 / Picornavirus coat protein (VP4) / Peptidase C3A/C3B, picornaviral ...Poliovirus 3A protein-like / Poliovirus 3A protein like / Picornavirus 2B protein / Poliovirus core protein 3a, soluble domain / Picornavirus 2B protein / Peptidase C3, picornavirus core protein 2A / Picornavirus core protein 2A / Picornavirus coat protein VP4 / Picornavirus coat protein (VP4) / Peptidase C3A/C3B, picornaviral / 3C cysteine protease (picornain 3C) / Picornavirales 3C/3C-like protease domain / Picornavirales 3C/3C-like protease domain profile. / Picornavirus capsid / picornavirus capsid protein / Helicase, superfamily 3, single-stranded RNA virus / Superfamily 3 helicase of positive ssRNA viruses domain profile. / Helicase, superfamily 3, single-stranded DNA/RNA virus / RNA helicase / Picornavirus/Calicivirus coat protein / Viral coat protein subunit / RNA-directed RNA polymerase, C-terminal domain / Viral RNA-dependent RNA polymerase / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / RNA-directed RNA polymerase, catalytic domain / RdRp of positive ssRNA viruses catalytic domain profile. / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan / DNA/RNA polymerase superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
HEXANE-1,6-DIOL / N-acetyl-alpha-neuraminic acid / Genome polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Coxsackievirus A24 (コクサッキーウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.728 Å
データ登録者Zocher, G. / Stehle, T.
資金援助 ドイツ, 1件
組織認可番号国
Baden-Wuerttemberg-StiftungGlycobiology ドイツ
引用ジャーナル: Rsc Adv / 年: 2022
タイトル: Exploring divalent conjugates of 5- N -acetyl-neuraminic acid as inhibitors of coxsackievirus A24 variant (CVA24v) transduction.
著者: Johansson, E. / Caraballo, R. / Zocher, G. / Mistry, N. / Arnberg, N. / Stehle, T. / Elofsson, M.
履歴
登録2021年11月18日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年5月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年11月9日Group: Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list ...pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_ncs_oper / struct_ref
Item: _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details / _struct_ncs_oper.vector[1] ..._pdbx_struct_assembly.oligomeric_details / _struct_ncs_oper.vector[1] / _struct_ncs_oper.vector[3] / _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code
改定 1.22024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
111: Capsid protein VP1
222: Capsid protein VP2
333: Capsid protein VP3
444: Capsid protein VP4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)98,88214
ポリマ－98,1534
非ポリマー73010
水14,610811
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)305.763, 365.707, 366.921
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number23
Space group name H-MI222
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(1), (1), (1)
2generate(0.499142, -0.808993, 0.310465), (0.810588, 0.309284, -0.497284), (0.306277, 0.499874, 0.810136)167.5183, 93.1396
3generate(-0.308408, -0.499481, 0.80957), (0.501045, -0.808726, -0.308086), (0.808603, 0.310614, 0.49968)142.7967, 310.4966, -88.5697
4generate(-0.30819, 0.499398, 0.809704), (-0.501493, -0.808553, 0.30781), (0.808408, -0.311197, 0.499633)-39.9929, 351.2609, 25.2158
5generate(0.498411, 0.809649, 0.309929), (-0.810625, 0.308489, 0.497716), (0.307366, -0.499303, 0.810076)159.576, 79.1782
6generate(-0.501156, 0.808547, 0.308374), (-0.809046, -0.311336, -0.498513), (-0.307063, -0.499321, 0.810179)25.2576, 454.8253, 172.7823
7generate(0.500465, 0.808722, -0.309035), (-0.809393, 0.310371, -0.49855), (-0.307273, 0.499638, 0.809905)-14.9054, 341.2038, -9.7883
8generate(0.809574, -0.309745, -0.498646), (-0.306977, 0.500659, -0.809386), (0.500355, 0.808331, 0.310236)176.9708, 286.6406, -98.0739
9generate(-0.002312, -0.999992, -0.003193), (5.9E-5, 0.003193, -0.999995), (0.999997, -0.002312, 5.2E-5)337.2306, 365.7385, 30.9045
10generate(-0.810045, -0.309717, 0.497898), (-0.305759, -0.501436, -0.809366), (0.500339, -0.80786, 0.311487)242.4434, 469.6404, 197.1601
11generate(0.30738, -0.499631, 0.809868), (-0.498488, -0.809496, -0.310204), (0.810572, -0.308359, -0.497883)48.7977, 464.0442, 206.8469
12generate(-0.000114, -0.00039, 1), (-1, 0.000576, -0.000114), (-0.000576, -1, -0.00039)-30.429, 335.6889, 366.6289
13generate(0.306156, 0.501048, 0.809456), (-0.50048, 0.808013, -0.310861), (-0.809807, -0.309944, 0.498143)168.8916, 272.9315
14generate(0.809509, 0.308741, 0.499374), (0.308555, 0.499905, -0.809252), (-0.499489, 0.809181, 0.309414)192.7678, 55.0126
15generate(0.809011, -0.310031, 0.499382), (0.308385, -0.499396, -0.809631), (0.5004, 0.809002, -0.308408)-5.6572, 375.695, 15.4443

-
要素

-
Capsid protein ... , 4種, 4分子 111222333444

#1: タンパク質 Capsid protein VP1 / Cosackievirus A24v viral capsid protein 1


分子量: 34378.371 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Coxsackievirus A24 (コクサッキーウイルス)
株: A24v / 細胞株 (発現宿主): corneal cells / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: V9VEF3
#2: タンパク質 Capsid protein VP2 / Cosackievirus A24v viral capsid protein 2


分子量: 29817.412 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Coxsackievirus A24 (コクサッキーウイルス)
株: A24v / 細胞株: corneal cells / 細胞株 (発現宿主): corneal cells / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: V9VEF3
#3: タンパク質 Capsid protein VP3 / Cosackievirus A24v viral capsid protein 3


分子量: 26637.746 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Coxsackievirus A24 (コクサッキーウイルス)
株: A24v / 細胞株 (発現宿主): corneal cells / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: V9VEF3
#4: タンパク質 Capsid protein VP4 / Cosackievirus A24v viral capsid protein 4


分子量: 7319.045 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Coxsackievirus A24 (コクサッキーウイルス)
株: A24v / Variant: variant / 細胞株 (発現宿主): corneal cells / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: V9VEF3

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糖 , 1種, 1分子

#5: 糖 ChemComp-SIA / N-acetyl-alpha-neuraminic acid / N-acetylneuraminic acid / sialic acid / alpha-sialic acid / O-SIALIC ACID


タイプ: D-saccharide, alpha linking / 分子量: 309.270 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H19NO9 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
識別子タイププログラム
DNeup5AcaCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-a-D-neuraminic acidCOMMON NAMEGMML 1.0
a-D-Neup5AcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
Neu5AcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
非ポリマー , 4種, 820分子

#6: 化合物 ChemComp-HEZ / HEXANE-1,6-DIOL


分子量: 118.174 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O2
#7: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION


分子量: 40.078 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#8: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION


分子量: 35.453 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#9: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 811 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 200 mM Magnesium chloride, 3.4 M 1,6-Hexanediol, 100 mM HEPES pH 7.5

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: DECTRIS PILATUS 6M
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年4月26日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射解像度: 1.728→50 Å / Num. obs: 6338512 / % possible obs: 91.4 % / 冗長度: 6.6 % / CC1/2: 0.992 / Rrim(I) all: 0.158 / Net I/σ(I): 6.5
反射 シェル解像度: 1.73→1.83 Å / 冗長度: 3.1 % / Mean I/σ(I) obs: 1.4 / Num. unique obs: 973400 / CC1/2: 0.604 / Rrim(I) all: 0.79 / % possible all: 93.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0258精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
REFMAC位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4Q4W

4q4w


解像度: 1.728→49.922 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.962 / SU B: 1.937 / SU ML: 0.057 / 交差検証法: NONE / ESU R: 0.019 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions
Rfactor反射数%反射
Rwork0.1656 1918801 -
all0.166 --
obs-1918801 90.916 %
Rfree--0 %
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL PLUS MASK
原子変位パラメータBiso mean: 24.874 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.012 Å20 Å2-0 Å2
2--0.199 Å20 Å2
3----0.187 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.728→49.922 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6521 0 37 811 7369
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0050.0136873
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.0176136
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3571.6599423
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.2691.56814310
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg9.0995884
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.54622.417331
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.378151069
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.7081535
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0650.2945
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.027748
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.021458
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1790.22254
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_other0.160.211412
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.160.26626
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbtor_other0.0780.26030
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1140.21356
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_refined0.6180.296
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.5760.2501
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_refined0.2090.2123
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.7585.7393393
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.7515.7373392
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.4088.2914246
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other2.4128.2934247
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.1656.3263480
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other3.1656.3283481
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.4788.9275150
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other4.4788.9295151
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_it7.60942.1517923
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_other7.18238.8627674
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Num. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.728-1.77200.297137745X-RAY DIFFRACTION88.787
1.772-1.82100.272141599X-RAY DIFFRACTION93.5672
1.821-1.87400.251137731X-RAY DIFFRACTION93.5851
1.874-1.93100.23132316X-RAY DIFFRACTION92.5455
1.931-1.99400.21129428X-RAY DIFFRACTION93.3366
1.994-2.06400.195124359X-RAY DIFFRACTION92.7879
2.064-2.14200.183119715X-RAY DIFFRACTION92.4669
2.142-2.22900.17115249X-RAY DIFFRACTION92.4677
2.229-2.32800.162109456X-RAY DIFFRACTION91.5774
2.328-2.44200.158105043X-RAY DIFFRACTION91.8826
2.442-2.57300.15599274X-RAY DIFFRACTION91.2327
2.573-2.72900.14793120X-RAY DIFFRACTION90.4192
2.729-2.91700.14186959X-RAY DIFFRACTION89.8179
2.917-3.1500.13281254X-RAY DIFFRACTION90.08
3.15-3.44900.12774170X-RAY DIFFRACTION89.197
3.449-3.85400.12666407X-RAY DIFFRACTION88.1244
3.854-4.44600.11758210X-RAY DIFFRACTION87.4576
4.446-5.43400.11848855X-RAY DIFFRACTION86.4277
5.434-7.6400.15337016X-RAY DIFFRACTION84.049
7.64-49.92200.18620900X-RAY DIFFRACTION82.953

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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