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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7qaw | ||||||
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タイトル | Crystal structure of a cyclodipeptide synthase from Parcubacteria bacterium RAAC4_OD1_1, Y189F mutant | ||||||
![]() | Cyclodipeptide synthase | ||||||
![]() | LIGASE / Cyclodipeptide synthase | ||||||
機能・相同性 | Cyclodipeptide synthase superfamily / Cyclodipeptide synthase / Cyclodipeptide synthase / aminoacyltransferase activity / Cyclodipeptide synthase![]() | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Sutherland, E. / Harding, C.J. / Czekster, C.M. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Active site remodelling of a cyclodipeptide synthase redefines substrate scope. 著者: Sutherland, E. / Harding, C.J. / Czekster, C.M. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 107.3 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 82.8 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 399.2 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 402.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 6.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 8.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 7qaqC ![]() 7qatC ![]() 7qauC ![]() 7qaxC ![]() 7qayC ![]() 7qb8C ![]() 7qae S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 27318.520 Da / 分子数: 1 / 変異: Y189F / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: O210_OD1C00001G0241 / 発現宿主: ![]() ![]() |
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#2: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.29 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.26 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 詳細: 2.27 M Ammonium Sulfate 0.1 M Sodium Acetate pH 5.17 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N | |||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年9月17日 | |||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.9999 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 2.285→71.562 Å / Num. obs: 12259 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 15.3 % / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.072 / Rpim(I) all: 0.019 / Rrim(I) all: 0.075 / Net I/σ(I): 18.8 / Num. measured all: 187130 | |||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1 / % possible all: 100
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 7QAE ![]() 7qae 解像度: 2.285→45.26 Å / SU ML: 0.36 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 33.16 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 184.16 Å2 / Biso mean: 85.0573 Å2 / Biso min: 44.54 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.285→45.26 Å
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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