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万見
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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7qat
タイトルCrystal structure of a cyclodipeptide synthase from Parcubacteria bacterium RAAC4_OD1_1, E174L
要素Cyclodipeptide synthase
キーワードLIGASE (リガーゼ) / Cyclodipeptide synthase
機能・相同性Cyclodipeptide synthase superfamily / Cyclodipeptide synthase / Cyclodipeptide synthase / aminoacyltransferase activity / Cyclodipeptide synthase
機能・相同性情報
生物種Parcubacteria bacterium RAAC4_OD1_1 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.402 Å
データ登録者Sutherland, E. / Harding, C.J. / Czekster, C.M.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Other privatePhD-CT-18-41 英国
引用ジャーナル: Commun Chem / 年: 2022
タイトル: Active site remodelling of a cyclodipeptide synthase redefines substrate scope.
著者: Sutherland, E. / Harding, C.J. / Czekster, C.M.
履歴
登録2021年11月17日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年9月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年12月28日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cyclodipeptide synthase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,3191
ポリマ－27,3191
非ポリマー00
水1448
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area11860 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)103.632, 103.632, 49.676
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number94
Space group name H-MP42212

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要素

#1: タンパク質 Cyclodipeptide synthase


分子量: 27318.564 Da / 分子数: 1 / 変異: E174L / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: C-terminal His Tag (EHHHHHH)
由来: (組換発現) Parcubacteria bacterium RAAC4_OD1_1 (バクテリア)
遺伝子: O210_OD1C00001G0241 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: V7PYQ5
#2: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.38 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.4 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 2.27 M Ammonium Sulfate 0.1 M Sodium Acetate pH 5.17

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I24 / 波長: 0.9999 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年9月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9999 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.08→73.391 Å / Num. obs: 14330 / % possible obs: 86.7 % / 冗長度: 22.6 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.049 / Rpim(I) all: 0.01 / Rrim(I) all: 0.05 / Net I/σ(I): 28.9 / Num. measured all: 323801
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
2.08-2.14815.62.039111587130.4340.522.1091.362.8
6.232-73.39119.90.036143117180.9990.0080.03771.499.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.14_3260精密化
Aimlessデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
PHASER位相決定
autoPROCデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 7QAE

7qae
PDB 未公開エントリ


解像度: 2.402→46.346 Å / SU ML: 0.35 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 31.96 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2601 584 5.3 %
Rwork0.2139 10434 -
obs0.2163 11018 99.88 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 170.78 Å2 / Biso mean: 90.104 Å2 / Biso min: 52.31 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.402→46.346 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1809 0 0 8 1817
Biso mean---84.61 -
残基数----215
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork
2.402-2.64370.31281540.25782515
2.6437-3.02620.32381460.25062567
3.0262-3.81240.32541350.24812610
3.8124-46.3460.22661490.19262742
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
15.4257-2.1062-1.35067.2585-0.71934.63780.03520.7028-0.2023-0.63850.0950.0722-0.24791.1673-0.15170.7179-0.1048-0.11190.9555-0.1490.627521.406557.89933.6006
22.00791.72-2.58657.877-1.90579.9456-0.1371-1.15760.81771.5597-0.3766-0.4173-0.38810.83450.58490.7282-0.0487-0.10020.809-0.01180.89312.314952.565324.7595
39.01350.56184.53122.6035-0.0514.03970.59480.4359-0.5983-0.1344-0.1759-0.17340.75920.4186-0.47970.6343-0.04690.01260.5921-0.05070.729218.326349.624214.0255
47.4915-3.3549-4.08845.88360.8593.2455-0.1739-0.31821.24780.45850.06270.37290.0247-0.6826-0.1190.7207-0.11020.1020.9362-0.31460.976124.886966.90729.9296
59.2702-2.3562-2.63626.02584.90854.3934-0.2424-1.8044-0.40940.0776-0.07091.213-0.00470.05840.31240.709-0.02540.03170.94770.01490.678523.775357.237127.5346
69.55130.77223.31812.5652-0.30526.0456-0.32460.9295-0.5003-0.18320.537-0.2961-0.28920.6453-0.12060.6432-0.0264-0.02250.614-0.10550.589731.735856.300514.0107
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 1 through 58 )A1 - 58
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 59 through 83 )A59 - 83
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 84 through 134 )A84 - 134
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 135 through 157 )A135 - 157
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 158 through 176 )A158 - 176
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 177 through 230 )A177 - 230

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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