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- PDB-7qan: Cytochrome P450 Enzyme AbyV -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7qan
タイトルCytochrome P450 Enzyme AbyV
要素Cytochrome P450
キーワードOXIDOREDUCTASE / Cytochrome P450 / Micromonospora maris / abyssomicin / heme / monooxygenase
機能・相同性
機能・相同性情報


oxidoreductase activity, acting on paired donors, with incorporation or reduction of molecular oxygen / monooxygenase activity / iron ion binding / heme binding
類似検索 - 分子機能
Cytochrome P450, B-class / Cytochrome P450, conserved site / Cytochrome P450 cysteine heme-iron ligand signature. / Cytochrome P450 / Cytochrome P450 superfamily / Cytochrome P450
類似検索 - ドメイン・相同性
PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / TRIETHYLENE GLYCOL / Cytochrome P450
類似検索 - 構成要素
生物種Micromonospora maris
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.01 Å
データ登録者Parnell, A.E. / Back, C.R. / Race, P.R.
資金援助 英国, 4件
組織認可番号国
Biotechnology and Biological Sciences Research Council (BBSRC)BB/L01386X/1 英国
Biotechnology and Biological Sciences Research Council (BBSRC)BB/M025624/1 英国
Biotechnology and Biological Sciences Research Council (BBSRC)BB/M012107/1 英国
Biotechnology and Biological Sciences Research Council (BBSRC)BB/T001968/1 英国
引用ジャーナル: Angew.Chem.Int.Ed.Engl. / 年: 2023
タイトル: The Role of Cytochrome P450 AbyV in the Final Stages of Abyssomicin C Biosynthesis.
著者: Devine, A.J. / Parnell, A.E. / Back, C.R. / Lees, N.R. / Johns, S.T. / Zulkepli, A.Z. / Barringer, R. / Zorn, K. / Stach, J.E.M. / Crump, M.P. / Hayes, M.A. / van der Kamp, M.W. / Race, P.R. / Willis, C.L.
履歴
登録2021年11月17日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年11月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年12月21日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.page_first / _citation.page_last ..._citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22023年1月18日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume / _citation.year
改定 1.32024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
AAA: Cytochrome P450
BBB: Cytochrome P450
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)92,10923
ポリマ－88,7792
非ポリマー3,33021
水2,612145
1
AAA: Cytochrome P450
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,96218
ポリマ－44,3891
非ポリマー2,57317
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
BBB: Cytochrome P450
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,1475
ポリマ－44,3891
非ポリマー7574
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)50.770, 91.830, 82.550
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 92.360, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AAABBB

#1: タンパク質 Cytochrome P450


分子量: 44389.383 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Micromonospora maris (strain DSM 45365 / JCM 31040 / NBRC 109089 / NRRL B-24793 / AB-18-032) (バクテリア)
株: DSM 45365 / JCM 31040 / NBRC 109089 / NRRL B-24793 / AB-18-032
遺伝子: abyV, VAB18032_16385 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: F4F6Q5

-
非ポリマー , 9種, 166分子

#2: 化合物 ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル


分子量: 150.173 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O4
#4: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 化合物
ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#6: 化合物 ChemComp-P6G / HEXAETHYLENE GLYCOL / POLYETHYLENE GLYCOL PEG400 / ヘキサエチレングリコ-ル


分子量: 282.331 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H26O7 / コメント: 沈殿剤*YM
#7: 化合物 ChemComp-P33 / 3,6,9,12,15,18-HEXAOXAICOSANE-1,20-DIOL / HEPTAETHYLENE GLYCOL / PEG330 / ヘプタエチレングリコ-ル


分子量: 326.383 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H30O8 / コメント: 沈殿剤*YM
#8: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#9: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#10: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 145 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.43 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.47 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.1 M Bis-Tris pH 7, 25% PEG3350, 0.2 M MgCl2

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.91587 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年1月22日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.91587 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.01→61.438 Å / Num. obs: 50350 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.8 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.078 / Rrim(I) all: 0.092 / Net I/σ(I): 14
反射 シェル解像度: 2.01→2.06 Å / 冗長度: 6.7 % / Rmerge(I) obs: 1.31 / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / Num. unique obs: 3703 / CC1/2: 0.728 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0257精密化
xia2データ削減
Aimlessデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3ABB

3abb


解像度: 2.01→61.438 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.966 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.949 / WRfactor Rfree: 0.224 / WRfactor Rwork: 0.177 / Average fsc free: 0.8347 / Average fsc work: 0.8499 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.188 / ESU R Free: 0.169 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2383 2409 4.787 %
Rwork0.1903 47920 -
all0.193 --
obs-50329 99.814 %
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT
原子変位パラメータBiso mean: 51.391 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.387 Å20 Å20.635 Å2
2---3.326 Å20 Å2
3---5.641 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.01→61.438 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5410 0 221 145 5776
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.0135730
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0350.0175494
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5871.6857795
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg2.3261.60612608
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.495719
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg28.74219.623292
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.715828
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.221561
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0820.2735
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.026432
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0150.021247
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2050.21255
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_other0.2210.25150
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1540.22740
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbtor_other0.0720.22574
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1480.2164
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_other0.0020.21
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_refined0.1810.218
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2090.294
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_refined0.130.215
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it3.7855.3322891
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other3.7865.3312890
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it5.4597.9773605
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other5.4587.9773606
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.9745.7492839
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other3.9745.7512840
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it5.9768.4154190
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other5.9768.4164191
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_it8.23563.6066179
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_other8.2363.6116172
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.01-2.0620.3451710.3323520X-RAY DIFFRACTION99.8647
2.062-2.1190.3041730.2983437X-RAY DIFFRACTION99.5313
2.119-2.180.2861640.2683338X-RAY DIFFRACTION99.9144
2.18-2.2470.2891630.2583288X-RAY DIFFRACTION99.9131
2.247-2.3210.3111700.2543120X-RAY DIFFRACTION99.6668
2.321-2.4020.2351600.2113025X-RAY DIFFRACTION99.9372
2.402-2.4930.2521600.2032945X-RAY DIFFRACTION99.9356
2.493-2.5940.261480.1952811X-RAY DIFFRACTION99.9662
2.594-2.710.2751450.1782709X-RAY DIFFRACTION99.86
2.71-2.8420.2431280.1882635X-RAY DIFFRACTION100
2.842-2.9950.2491120.192489X-RAY DIFFRACTION99.9232
2.995-3.1770.251100.1852385X-RAY DIFFRACTION99.9599
3.177-3.3960.2491050.1772186X-RAY DIFFRACTION99.8692
3.396-3.6680.249840.1792063X-RAY DIFFRACTION99.814
3.668-4.0170.236980.1631870X-RAY DIFFRACTION99.7466
4.017-4.490.164980.1441706X-RAY DIFFRACTION99.834
4.49-5.1830.205730.1491536X-RAY DIFFRACTION99.9379
5.183-6.3420.222580.1951300X-RAY DIFFRACTION100
6.342-8.9480.289550.189986X-RAY DIFFRACTION99.8082
8.948-61.4380.161340.169571X-RAY DIFFRACTION99.835

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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