PDB-7qaj: ZK002 with Anti-angiogenic and Anti-inflamamtory Properties

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7qaj

タイトル

ZK002 with Anti-angiogenic and Anti-inflamamtory Properties

要素

Snaclec clone 2100755 alpha
Snaclec clone 2100755 beta

キーワード

PEPTIDE BINDING PROTEIN / antiangiogenic activity

機能・相同性

機能・相同性情報

venom-mediated disruption of cell wall in another organism / oligosaccharide binding / peptidoglycan binding / response to peptide hormone / antimicrobial humoral immune response mediated by antimicrobial peptide / signaling receptor activity / : / toxin activity / positive regulation of cell population proliferation / extracellular space
類似検索 - 分子機能

生物種

Deinagkistrodon acutus (ヘビ)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 2.1 Å

データ登録者

Wong, W.Y. / Chan, B.D. / Muk Lan Lee, M. / Dai, X. / Tsim, K.W.K. / Hsiao, W.L.W. / Li, M. / Li, X.Y. / Tai, W.C.S.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: Front Pharmacol / 年: 2023
タイトル: Isolation and characterization of ZK002, a novel dual function snake venom protein from Deinagkistrodon acutus with anti-angiogenic and anti-inflammatory properties.
著者: Chan, B.D. / Wong, W.Y. / Lee, M.M. / Yue, P.Y. / Dai, X. / Tsim, K.W. / Hsiao, W.W. / Li, M. / Li, X.Y. / Tai, W.C.

履歴

登録	2021年11月17日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2023年6月14日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年11月1日	Group: Data collection / Database references カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2024年2月7日	Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model
改定 1.3	2024年11月13日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7qaj.cif.gz	436.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7qaj.ent.gz	358.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7qaj.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7qaj_validation.pdf.gz	2.1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7qaj_full_validation.pdf.gz	2.1 MB	表示
XML形式データ	7qaj_validation.xml.gz	42.2 KB	表示
CIF形式データ	7qaj_validation.cif.gz	60 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qa/7qaj ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qa/7qaj	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1wt9S S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#232 - 2019年4月タンパク質と生体鉱物 (Proteins and Biominerals) 類似性 (8) #75 - 2006年3月組織因子 (Tissue Factor) 類似性 (8) #134 - 2011年2月インテグリン (Integrin) 類似性 (6) #261 - 2021年9月 DNA配列ナノポア (DNA-Sequencing Nanopores) 類似性 (1) #69 - 2005年9月コレラ毒素 (Cholera Toxin) 類似性 (1)

登録構造単位

B: Snaclec clone 2100755 beta

D: Snaclec clone 2100755 beta

F: Snaclec clone 2100755 beta

H: Snaclec clone 2100755 beta

C: Snaclec clone 2100755 alpha

A: Snaclec clone 2100755 alpha

G: Snaclec clone 2100755 alpha

E: Snaclec clone 2100755 alpha

ヘテロ分子

124 kDa, 8 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

B: Snaclec clone 2100755 beta

A: Snaclec clone 2100755 alpha

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration, Chains A,C,E and G are the alpha subunit and Chains B,D,F and H are the beta subunit
31 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

D: Snaclec clone 2100755 beta

C: Snaclec clone 2100755 alpha

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
31.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

F: Snaclec clone 2100755 beta

E: Snaclec clone 2100755 alpha

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
31.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

4

H: Snaclec clone 2100755 beta

G: Snaclec clone 2100755 alpha

登録者が定義した集合体
30.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	103.160, 54.290, 107.640
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 100.560, 90.000
Int Tables number	3
Space group name H-M	P121

#1: タンパク質	Snaclec clone 2100755 beta / C-type lectin clone 2100755 / beta subunit of ZK002 分子量: 15550.368 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: The beta subunit of ZK002 / 由来: (組換発現) Deinagkistrodon acutus (ヘビ) / 発現宿主: Deinagkistrodon acutus (ヘビ) / 参照: UniProt: Q8JIV8
#2: タンパク質	Snaclec clone 2100755 alpha 分子量: 15388.710 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: The alpha subunit of ZK002 / 由来: (組換発現) Deinagkistrodon acutus (ヘビ) / 発現宿主: Deinagkistrodon acutus (ヘビ)
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 550 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.4 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.69 %
結晶化	温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6 / 詳細: 0.2M (NH4)2SO4 0.1M Bis Tris pH=6 20% PEG 3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RUH3R / 波長: 1.5417 Å
検出器	タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2016年3月22日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.5417 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.1→27.45 Å / Num. obs: 68733 / % possible obs: 98.1 % / 冗長度: 10.7 % / CC_1/2: 0.75 / Net I/σ(I): 41.05
反射シェル	解像度: 2.1→2.18 Å / 冗長度: 5.19 % / Num. unique obs: 6489 / CC_1/2: 0.735 / % possible all: 94.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.15.2_3472	精密化
PDB_EXTRACT	3.27	データ抽出
HKL-2000		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1WT9

1wt9

解像度: 2.1→24.45 Å / SU ML: 0.27 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 26.26 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.242	3269	4.83 %
R_work	0.198	64391	-
obs	0.2	67660	98.1 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 107.89 Å² / B_iso mean: 38.52 Å² / B_iso min: 13.1 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.1→24.45 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	8313	0	30	550	8893
B_iso mean	-	-	67.03	34.79	-
残基数	-	-	-	-	1030

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	% reflection obs (%)
2.1-2.1313	0.2883	121	0.251	2685	95
2.1313-2.1646	0.3018	138	0.2449	2730	95
2.1646-2.2001	0.3266	146	0.2381	2675	96
2.2001-2.2381	0.2872	151	0.233	2685	95
2.2381-2.2787	0.2906	164	0.2302	2687	95
2.2787-2.3226	0.2968	130	0.2242	2710	96
2.3226-2.37	0.2797	130	0.2181	2759	97
2.37-2.4215	0.2962	139	0.2247	2721	97
2.4215-2.4778	0.2783	138	0.2192	2773	97
2.4778-2.5397	0.3166	121	0.2277	2796	98
2.5397-2.6084	0.3166	159	0.2313	2761	99
2.6084-2.6851	0.2954	155	0.2342	2809	99
2.6851-2.7718	0.3005	146	0.2365	2826	99
2.7718-2.8708	0.3455	123	0.2501	2880	100
2.8708-2.9857	0.2742	138	0.2307	2831	100
2.9857-3.1215	0.2922	125	0.2213	2870	100
3.1215-3.2859	0.2341	128	0.2188	2843	100
3.2859-3.4916	0.2159	176	0.1916	2845	100
3.4916-3.7609	0.2103	156	0.1732	2876	100
3.7609-4.1389	0.201	163	0.1594	2849	100
4.1389-4.7366	0.1581	142	0.1361	2876	100
4.7366-5.9629	0.1709	126	0.1493	2936	100
5.9629-24.45	0.2113	154	0.1825	2968	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.0192	0.8065	-1.592	2.0813	-0.0857	2.7081	-0.0553	0.0103	0.1529	0.2063	0.0211	0.3305	0.1372	-0.1053	0.0355	0.1683	0.0024	-0.0091	0.1233	0.0018	0.2062	6.1034	-8.5839	57.8123
2	1.4777	-0.2512	0.0038	1.2112	-0.2075	5.6798	0.0128	-0.1333	-0.0403	0.1458	0.0407	-0.1639	-0.1979	0.6438	-0.0386	0.1696	-0.0162	-0.0118	0.1787	-0.0385	0.2509	19.0519	-33.668	58.3251
3	1.8494	0.2949	-1.4328	0.9345	0.8318	3.0918	0.0447	0.4252	-0.1969	-0.1542	0.0071	-0.0477	-0.6715	-1.4318	-0.0026	0.261	0.1345	-0.0423	0.5413	-0.0134	0.1993	26.2347	-26.5338	-12.5951
4	4.5591	-1.1346	-1.9729	2.423	-0.6735	3.2742	-0.0221	-0.3113	0.4637	-0.1832	-0.0069	-0.5346	-0.1084	0.5503	0.0141	0.3348	0.0083	0.0513	0.4357	-0.0177	0.3763	38.0942	-1.8523	-7.7737
5	1.3481	-0.8348	0.8184	1.4441	-1.8686	2.9093	0.0638	0.186	-0.0108	-0.1443	0.0624	0.0437	0.1186	-0.2522	-0.142	0.1984	-0.0383	-0.0068	0.21	-0.0214	0.1673	4.2592	-27.224	34.922
6	2.6075	1.277	-2.0687	2.4662	-0.8082	2.7382	-0.4894	-0.0727	-0.3437	-0.4175	0.0987	-0.5288	0.3616	0.4431	0.1506	0.2349	-0.0387	0.1024	0.2882	-0.0051	0.2637	30.4011	-8.7627	43.856
7	2.4924	-1.5076	-1.312	3.4448	0.1346	3.1024	-0.4404	-0.4543	-0.0669	0.5871	0.5	0.5506	0.0703	0.0077	-0.0697	0.3601	0.1692	0.1207	0.3942	0.0778	0.3068	14.4391	-4.9384	6.4322
8	2.2418	0.9165	-0.2262	0.6084	0.315	4.1299	0.2027	-0.4272	-0.1509	0.0888	-0.0788	-0.1455	0.0827	0.4789	-0.1209	0.2093	0.0477	-0.0466	0.4195	0.0261	0.2214	40.2659	-24.9516	11.4246

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(CHAIN B AND RESSEQ 0:124)	B	0 - 124
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(CHAIN D AND RESSEQ 0:124)	D	0 - 124
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(CHAIN F AND RESSEQ 0:123)	F	0 - 123
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(CHAIN H AND RESSEQ 1:124)	H	1 - 124
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(CHAIN C AND RESSEQ 2:134)	C	2 - 134
6	X-RAY DIFFRACTION	6	(CHAIN A AND RESSEQ 2:134)	A	2 - 134
7	X-RAY DIFFRACTION	7	(CHAIN G AND RESSEQ 2:134)	G	2 - 134
8	X-RAY DIFFRACTION	8	(CHAIN E AND RESSEQ 2:134)	E	2 - 134

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

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