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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7qaj | ||||||
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Title | ZK002 with Anti-angiogenic and Anti-inflamamtory Properties | ||||||
![]() |
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![]() | PEPTIDE BINDING PROTEIN / antiangiogenic activity | ||||||
Function / homology | ![]() | ||||||
Biological species | ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Wong, W.Y. / Chan, B.D. / Muk Lan Lee, M. / Dai, X. / Tsim, K.W.K. / Hsiao, W.L.W. / Li, M. / Li, X.Y. / Tai, W.C.S. | ||||||
Funding support | 1items
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![]() | ![]() Title: Isolation and characterization of ZK002, a novel dual function snake venom protein from Deinagkistrodon acutus with anti-angiogenic and anti-inflammatory properties. Authors: Chan, B.D. / Wong, W.Y. / Lee, M.M. / Yue, P.Y. / Dai, X. / Tsim, K.W. / Hsiao, W.W. / Li, M. / Li, X.Y. / Tai, W.C. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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PDBx/mmCIF format | ![]() | 435.6 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 358.4 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 2.1 MB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 2.1 MB | Display | |
Data in XML | ![]() | 42.2 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 60 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 1wt9S S: Starting model for refinement |
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Similar structure data | Similarity search - Function & homology ![]() |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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3 | ![]()
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4 | ![]()
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Unit cell |
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Components
#1: Protein | Mass: 15550.368 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Details: The beta subunit of ZK002 Source: (gene. exp.) ![]() Production host: ![]() #2: Protein | Mass: 15388.710 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Details: The alpha subunit of ZK002 Source: (gene. exp.) ![]() Production host: ![]() #3: Chemical | ChemComp-SO4 / #4: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | Y | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.4 Å3/Da / Density % sol: 48.69 % |
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Crystal grow | Temperature: 292 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 6 / Details: 0.2M (NH4)2SO4 0.1M Bis Tris pH=6 20% PEG 3350 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: ![]() |
Detector | Type: RIGAKU RAXIS IV++ / Detector: IMAGE PLATE / Date: Mar 22, 2016 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1.5417 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.1→27.45 Å / Num. obs: 68733 / % possible obs: 98.1 % / Redundancy: 10.7 % / CC1/2: 0.75 / Net I/σ(I): 41.05 |
Reflection shell | Resolution: 2.1→2.18 Å / Redundancy: 5.19 % / Num. unique obs: 6489 / CC1/2: 0.735 / % possible all: 94.8 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 1WT9 Resolution: 2.1→24.45 Å / SU ML: 0.27 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / Phase error: 26.26 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 107.89 Å2 / Biso mean: 38.52 Å2 / Biso min: 13.1 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2.1→24.45 Å
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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