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万見
- PDB-7qab: NMR Solution Structure of mussel adhesive protein Pvfp-5b -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7qab
タイトルNMR Solution Structure of mussel adhesive protein Pvfp-5b
要素PVFP-5
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN / adhesion proteins / bioadhesives / mussel foot proteins / coacervation
機能・相同性: / EGF-like domain / Epidermal growth factor-like domain. / EGF-like domain profile. / EGF-like domain signature 2. / EGF-like domain signature 1. / EGF-like domain / PVFP-5
機能・相同性情報
生物種Perna viridis (ミドリイガイ)
手法溶液NMR / simulated annealing
データ登録者Morando, M.A. / Venturella, F. / Pastore, A. / Alfano, C.
資金援助2件
組織認可番号国
Other governmentCUP G77B17000110001
Other governmentCUP G76G17000130007
引用
ジャーナル: Commun Biol / 年: 2022
タイトル: Solution structure of recombinant Pvfp-5 beta reveals insights into mussel adhesion.
著者: Morando, M.A. / Venturella, F. / Sollazzo, M. / Monaca, E. / Sabbatella, R. / Vetri, V. / Passantino, R. / Pastore, A. / Alfano, C.
#1: ジャーナル: J Biol Chem / 年: 2019
タイトル: Recombinant mussel protein Pvfp-5b: A potential tissue bioadhesive.
著者: Santonocito, R. / Venturella, F. / Dal Piaz, F. / Morando, M.A. / Provenzano, A. / Rao, E. / Costa, M.A. / Bulone, D. / San Biagio, P.L. / Giacomazza, D. / Sicorello, A. / Alfano, C. / ...著者: Santonocito, R. / Venturella, F. / Dal Piaz, F. / Morando, M.A. / Provenzano, A. / Rao, E. / Costa, M.A. / Bulone, D. / San Biagio, P.L. / Giacomazza, D. / Sicorello, A. / Alfano, C. / Passantino, R. / Pastore, A.
履歴
登録2021年11月16日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年8月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年8月10日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22023年6月14日Group: Other / カテゴリ: pdbx_database_status / Item: _pdbx_database_status.status_code_nmr_data
改定 1.32024年10月9日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PVFP-5


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,5151
ポリマ－9,5151
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: NMR relaxation study
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 20structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1medoid

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要素

#1: タンパク質 PVFP-5


分子量: 9514.961 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Perna viridis (ミドリイガイ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: U5Y6P4
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
112isotropic12D 1H-15N HSQC
122isotropic12D 1H-13C HSQC
132isotropic12D (HB)CB(CGCD)HD
142isotropic12D (HB)CB(CGCDCE)HE
151isotropic13D HNCO
161isotropic13D HNCA
181isotropic13D HN(CO)CA
192isotropic13D HN(COCA)CB
1102isotropic13D HN(CA)CB
1112isotropic13D HBHA(CO)NH
1122isotropic13D HBHANH
1132isotropic13D 1H-13C NOESY aliphatic
1142isotropic13D 1H-13C NOESY aromatic
1152isotropic13D 1H-15N NOESY
1162isotropic13D (H)CCH-TOCSY aliphatic
1171isotropic23D (H)CCH-TOCSY aromatic

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試料調製

詳細
タイプSolution-ID内容Label溶媒系
solution1300 uM [U-100% 13C; U-100% 15N] Pvfp-5b, 20 mM sodium acetate pH 4.5, 90% H2O/10% D2O15N13C_Pvfp5b_190% H2O/10% D2O
solution2900 uM [U-100% 13C; U-100% 15N] pvfp5b, 20 mM sodium acetate pH 4.5, 90% H2O/10% D2O15N13C_Pvfp5b_290% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
300 uMPvfp-5b[U-100% 13C; U-100% 15N]1
20 mMsodium acetate pH 4.5natural abundance1
900 uMpvfp5b[U-100% 13C; U-100% 15N]2
20 mMsodium acetate pH 4.5natural abundance2
試料状態
Conditions-IDイオン強度LabelpH圧 (kPa)温度 (K)
1NA Not definedcondition 14.51 atm298 K
2NA Not definedcondition 14.51 atm298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID詳細
Bruker AVANCE NEOBrukerAVANCE NEO8001Ri.MED Foundation
Bruker AVANCE III HDBrukerAVANCE III HD7002MRC Biomedical NMR Centre

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解析

NMR software
名称開発者分類
CNSBrunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Read精密化
ARIALinge, O'Donoghue and Nilgesstructure calculation
CcpNmr AnalysisCCPNchemical shift assignment
CcpNmr AnalysisCCPNpeak picking
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: medoid
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 20 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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