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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7q9e | ||||||
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タイトル | CYP106A1 | ||||||
![]() | Cytochrome P450![]() | ||||||
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機能・相同性 | ![]() ![]() ![]() ![]() 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Carius, Y. / Hutter, M. / Kiss, F. / Bernhardt, R. / Lancaster, C.R.D. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Structural comparison of the cytochrome P450 enzymes CYP106A1 and CYP106A2 provides insight into their differences in steroid conversion. 著者: Carius, Y. / Hutter, M. / Kiss, F. / Bernhardt, R. / Lancaster, C.R.D. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 349.8 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 282.2 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 7zzlC ![]() 4yt3S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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単位格子 |
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要素
-タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD
#1: タンパク質 | ![]() 分子量: 48459.672 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 株: DSM 319 / 遺伝子: BMD_1855 / 発現宿主: ![]() ![]() ![]() 参照: UniProt: D5DF35, 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する; ...参照: UniProt: D5DF35, ![]() |
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-非ポリマー , 8種, 1051分子 ![](data/chem/img/HEM.gif)
![](data/chem/img/SO4.gif)
![](data/chem/img/DMS.gif)
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![](data/chem/img/CO.gif)
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![](data/chem/img/DMS.gif)
![](data/chem/img/PEG.gif)
![](data/chem/img/CO.gif)
![](data/chem/img/IMD.gif)
![](data/chem/img/PEO.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: 化合物 | ChemComp-HEM / ![]() #3: 化合物 | ChemComp-SO4 / ![]() #4: 化合物 | ChemComp-DMS / | ![]() #5: 化合物 | ![]() #6: 化合物 | #7: 化合物 | ChemComp-IMD / | ![]() #8: 化合物 | ChemComp-PEO / | ![]() #9: 水 | ChemComp-HOH / | ![]() |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.53 % |
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結晶化![]() | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: PEG 3350, lithium sulphate |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年9月26日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長![]() |
反射 | 解像度: 1.7→25.92 Å / Num. obs: 168988 / % possible obs: 88.9 % / 冗長度: 3.3 % / Biso Wilson estimate: 18.6 Å2 / CC1/2: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.066 / Rpim(I) all: 0.043 / Rrim(I) all: 0.079 / Net I/σ(I): 7.05 |
反射 シェル | 解像度: 1.7→1.79 Å / Rmerge(I) obs: 0.307 / Mean I/σ(I) obs: 2.11 / Num. unique obs: 23968 / CC1/2: 0.92 / Rpim(I) all: 0.199 / Rrim(I) all: 0.367 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法![]() ![]() 開始モデル: 4YT3 解像度: 1.7→25.82 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.963 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.945 / SU B: 2.118 / SU ML: 0.07 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.111 / ESU R Free: 0.109 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 89.25 Å2 / Biso mean: 22.634 Å2 / Biso min: 7.36 Å2
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精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.7→25.82 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.7→1.744 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
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