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万見
- PDB-7q99: MHC Class I A02 Allele presenting NLSALGIFST, in complex with Mel5 TCR -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7q99
タイトルMHC Class I A02 Allele presenting NLSALGIFST, in complex with Mel5 TCR
要素
  • (Mel5 Human TCR, ...) x 2
  • ASN-LEU-SER-ALA-LEU-GLY-ILE-PHE-SER-THR
  • Beta-2-microglobulin
  • MHC class I antigen
キーワードIMMUNE SYSTEM / IMP2 / Diabetes / Autoimmunity
機能・相同性
機能・相同性情報


antigen processing and presentation of peptide antigen via MHC class I / early endosome lumen / Nef mediated downregulation of MHC class I complex cell surface expression / DAP12 interactions / Endosomal/Vacuolar pathway / T cell mediated cytotoxicity / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / lumenal side of endoplasmic reticulum membrane / regulation of iron ion transport / cellular response to iron(III) ion ...antigen processing and presentation of peptide antigen via MHC class I / early endosome lumen / Nef mediated downregulation of MHC class I complex cell surface expression / DAP12 interactions / Endosomal/Vacuolar pathway / T cell mediated cytotoxicity / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / lumenal side of endoplasmic reticulum membrane / regulation of iron ion transport / cellular response to iron(III) ion / negative regulation of iron ion transport / negative regulation of forebrain neuron differentiation / antigen processing and presentation of exogenous protein antigen via MHC class Ib, TAP-dependent / ER to Golgi transport vesicle membrane / peptide antigen assembly with MHC class I protein complex / regulation of erythrocyte differentiation / response to molecule of bacterial origin / HFE-transferrin receptor complex / transferrin transport / MHC class I peptide loading complex / cellular response to iron ion / negative regulation of receptor-mediated endocytosis / positive regulation of T cell cytokine production / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I / MHC class I protein complex / peptide antigen assembly with MHC class II protein complex / negative regulation of neurogenesis / cellular response to nicotine / MHC class II protein complex / positive regulation of receptor-mediated endocytosis / multicellular organismal-level iron ion homeostasis / positive regulation of T cell mediated cytotoxicity / specific granule lumen / positive regulation of immune response / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class II / peptide antigen binding / phagocytic vesicle membrane / recycling endosome membrane / positive regulation of T cell activation / negative regulation of epithelial cell proliferation / Interferon gamma signaling / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / Modulation by Mtb of host immune system / positive regulation of cellular senescence / sensory perception of smell / tertiary granule lumen / MHC class II protein complex binding / DAP12 signaling / T cell differentiation in thymus / late endosome membrane / negative regulation of neuron projection development / ER-Phagosome pathway / protein refolding / early endosome membrane / amyloid fibril formation / protein homotetramerization / intracellular iron ion homeostasis / learning or memory / endoplasmic reticulum lumen / Amyloid fiber formation / Golgi membrane / external side of plasma membrane / lysosomal membrane / focal adhesion / Neutrophil degranulation / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / structural molecule activity / endoplasmic reticulum / Golgi apparatus / protein homodimerization activity / : / extracellular exosome / extracellular region / membrane / identical protein binding / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
MHC class I-like antigen recognition-like / Murine Class I Major Histocompatibility Complex, H2-DB; Chain A, domain 1 / MHC class I alpha chain, alpha1 alpha2 domains / Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2 / Beta-2-Microglobulin / : / MHC class I-like antigen recognition-like / MHC class I-like antigen recognition-like superfamily / MHC classes I/II-like antigen recognition protein / : ...MHC class I-like antigen recognition-like / Murine Class I Major Histocompatibility Complex, H2-DB; Chain A, domain 1 / MHC class I alpha chain, alpha1 alpha2 domains / Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2 / Beta-2-Microglobulin / : / MHC class I-like antigen recognition-like / MHC class I-like antigen recognition-like superfamily / MHC classes I/II-like antigen recognition protein / : / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
MHC class I antigen / Beta-2-microglobulin
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.55 Å
データ登録者Rizkallah, P.J. / Sewell, A.K. / Wall, A. / Fuller, A.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: Cell / 年: 2023
タイトル: Targeting of multiple tumor-associated antigens by individual T cell receptors during successful cancer immunotherapy.
著者: Dolton, G. / Rius, C. / Wall, A. / Szomolay, B. / Bianchi, V. / Galloway, S.A.E. / Hasan, M.S. / Morin, T. / Caillaud, M.E. / Thomas, H.L. / Theaker, S. / Tan, L.R. / Fuller, A. / Topley, K. ...著者: Dolton, G. / Rius, C. / Wall, A. / Szomolay, B. / Bianchi, V. / Galloway, S.A.E. / Hasan, M.S. / Morin, T. / Caillaud, M.E. / Thomas, H.L. / Theaker, S. / Tan, L.R. / Fuller, A. / Topley, K. / Legut, M. / Attaf, M. / Hopkins, J.R. / Behiry, E. / Zabkiewicz, J. / Alvares, C. / Lloyd, A. / Rogers, A. / Henley, P. / Fegan, C. / Ottmann, O. / Man, S. / Crowther, M.D. / Donia, M. / Svane, I.M. / Cole, D.K. / Brown, P.E. / Rizkallah, P. / Sewell, A.K.
履歴
登録2021年11月12日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年2月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年9月6日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / citation_author
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年2月7日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model
改定 1.32024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: MHC class I antigen
B: Beta-2-microglobulin
C: ASN-LEU-SER-ALA-LEU-GLY-ILE-PHE-SER-THR
D: Mel5 Human TCR, alpha chain
E: Mel5 Human TCR, beta chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)94,0607
ポリマ－93,9365
非ポリマー1242
水66737
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: homology
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)121.280, 121.280, 81.314
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number78
Space group name H-MP43

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要素

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タンパク質 , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 MHC class I antigen


分子量: 31951.316 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HLA-A / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A5B8RNS7
#2: タンパク質 Beta-2-microglobulin


分子量: 11879.356 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: B2M, CDABP0092, HDCMA22P / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P61769

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タンパク質・ペプチド , 1種, 1分子 C

#3: タンパク質・ペプチド ASN-LEU-SER-ALA-LEU-GLY-ILE-PHE-SER-THR


分子量: 1022.154 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)

-
Mel5 Human TCR, ... , 2種, 2分子 DE

#4: タンパク質 Mel5 Human TCR, alpha chain


分子量: 21818.934 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#5: タンパク質 Mel5 Human TCR, beta chain


分子量: 27264.367 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)

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非ポリマー , 2種, 39分子

#6: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL


分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 37 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.18 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.36 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 0.1M HEPES, 25% PEG 4000, 15% Glycerol, pH 7.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.97951 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年3月2日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97951 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.55→60.65 Å / Num. obs: 70731 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 7.8 % / Biso Wilson estimate: 53.5 Å2 / CC1/2: 0.995 / Rmerge(I) obs: 0.197 / Rpim(I) all: 0.075 / Rrim(I) all: 0.211 / Net I/σ(I): 7.2
反射 シェル解像度: 2.55→2.59 Å / 冗長度: 7.4 % / Rmerge(I) obs: 3.86 / Mean I/σ(I) obs: 0.4 / Num. unique obs: 1909 / CC1/2: 0.221 / Rpim(I) all: 1.52 / Rrim(I) all: 4.15 / % possible all: 100

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRModel details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation6.63 Å60.64 Å
Translation6.63 Å60.64 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XDSデータ削減
xia2データスケーリング
PHASER2.8.3位相決定
REFMAC5.8.0267精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3HG1

3hg1


解像度: 2.55→60.64 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.948 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.926 / SU B: 43.218 / SU ML: 0.375 / SU R Cruickshank DPI: 0.4706 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.471 / ESU R Free: 0.303 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2722 1905 5 %RANDOM
Rwork0.2183 ---
obs0.2209 36363 99.01 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 155.32 Å2 / Biso mean: 72.408 Å2 / Biso min: 46.47 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.07 Å20 Å20 Å2
2---1.07 Å20 Å2
3---2.13 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.55→60.64 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6619 0 8 37 6664
Biso mean--83.76 64.7 -
残基数----828
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0136808
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0156087
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4541.6489252
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.1681.58114039
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg9.2415823
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.17722.308390
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.616151087
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.9521546
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0570.2856
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.027828
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.021664
LS精密化 シェル解像度: 2.55→2.616 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.459 141 -
Rwork0.442 2313 -
all-2454 -
obs--86.84 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.93170.1255-0.83872.4061-1.09843.05060.05520.0728-0.0760.10660.005-0.2018-0.01220.1744-0.06020.6976-0.0064-0.05320.51250.01940.035368.74616.03515.8547
21.5627-3.08280.93217.7621-1.78332.6950.12590.1644-0.3409-0.2494-0.2054-0.38010.56450.19720.07950.78530.01890.05810.92920.08180.816195.1314-18.417720.4067
36.87380.771.82161.7970.30431.8368-0.0816-0.3120.02930.2009-0.0542-0.5463-0.10020.45240.13580.72620.0156-0.02530.68110.0480.291284.2592-4.570435.7635
41.6459-1.97771.29364.6499-2.11582.87290.12090.1370.2539-0.2998-0.11190.03120.19530.1021-0.0090.6198-0.04120.07550.550.00790.110157.387126.141-6.0354
56.1969-0.15250.21136.20781.58444.24540.11370.21190.5638-0.4836-0.05550.0315-0.5031-0.0997-0.05830.98110.0409-0.050.83020.02590.555841.095853.9103-15.933
60.8315-0.9802-0.32925.3547-0.25850.6886-0.091-0.14390.05090.17140.21680.01840.0086-0.0274-0.12580.55570.0270.00960.6050.01270.416754.9832.705117.0186
73.4051.11842.21784.30441.62055.32310.05840.214-0.1704-0.3842-0.02720.071-0.0096-0.2041-0.03120.53130.10270.04910.6341-0.08020.319236.851.5702-0.0472
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 180
2X-RAY DIFFRACTION1C1 - 10
3X-RAY DIFFRACTION2A181 - 276
4X-RAY DIFFRACTION3B1 - 99
5X-RAY DIFFRACTION4D3 - 115
6X-RAY DIFFRACTION5D116 - 200
7X-RAY DIFFRACTION6E1 - 115
8X-RAY DIFFRACTION7E116 - 244

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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