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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7q94 | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of Agrobacterium tumefaciens NADQ, DNA complex. | ||||||
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![]() | TRANSCRIPTION / NADQ / Transcription factor / ATP / NAD / NUDIX domain / WHTH domain / DNA binding / selenium phasing | ||||||
機能・相同性 | ![]() | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Cianci, M. / Minazzato, G. / Heroux, A. / Raffaelli, N. / Sorci, L. / Gasparrini, M. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Bacterial NadQ (COG4111) is a Nudix-like, ATP-responsive regulator of NAD biosynthesis. 著者: Minazzato, G. / Gasparrini, M. / Heroux, A. / Sernova, N.V. / Rodionov, D.A. / Cianci, M. / Sorci, L. / Raffaelli, N. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 180 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 118.5 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 7q91C ![]() 7q92C ![]() 7q93C C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 38373.117 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 株: C58 / ATCC 33970 / 遺伝子: Atu4099 / プラスミド: pET100 / 発現宿主: ![]() ![]() #2: DNA鎖 | | 分子量: 9814.353 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 由来: (合成) ![]() #3: DNA鎖 | | 分子量: 9863.390 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 由来: (合成) ![]() |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.48 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.33 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 100 mM HEPES, mM lithium chloride, 28% (w/v) PEG 6000 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年9月10日 |
放射 | モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9762 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 4.3→77.65 Å / Num. obs: 6399 / % possible obs: 99.63 % / 冗長度: 2 % / Biso Wilson estimate: 169.05 Å2 / CC1/2: 0.994 / CC star: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.08082 / Rrim(I) all: 0.1143 / Net I/σ(I): 7.14 |
反射 シェル | 解像度: 4.3→4.455 Å / 冗長度: 2 % / Rmerge(I) obs: 0.7835 / Mean I/σ(I) obs: 1.2 / Num. unique obs: 627 / CC star: 0.645 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: native monomer 解像度: 4.3→77.65 Å / SU ML: 0.367 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 43.9391 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 177.77 Å2 | ||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 4.3→77.65 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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