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- PDB-7q93: Crystal Structure of Agrobacterium tumefaciens NADQ, NAD complex. -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7q93
タイトルCrystal Structure of Agrobacterium tumefaciens NADQ, NAD complex.
要素NADQ transcription factor
キーワードTRANSCRIPTION / NADQ / Transcription factor / ATP / NAD / NUDIX domain / WHTH domain / DNA binding / selenium phasing
機能・相同性
機能・相同性情報


Nicotinic acid mononucleotide biosynthesis protein / : / NrtR DNA-binding winged helix domain / NUDIX hydrolase-like domain superfamily / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
: / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE / NrtR DNA-binding winged helix domain-containing protein
類似検索 - 構成要素
生物種Agrobacterium fabrum (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 2.19 Å
データ登録者Cianci, M. / Minazzato, G. / Heroux, A. / Raffaelli, N. / Sorci, L. / Gasparrini, M.
資金援助 イタリア, 1件
組織認可番号国
Italian Ministry of Education イタリア
引用ジャーナル: J.Struct.Biol. / 年: 2022
タイトル: Bacterial NadQ (COG4111) is a Nudix-like, ATP-responsive regulator of NAD biosynthesis.
著者: Minazzato, G. / Gasparrini, M. / Heroux, A. / Sernova, N.V. / Rodionov, D.A. / Cianci, M. / Sorci, L. / Raffaelli, N.
履歴
登録2021年11月11日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年11月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年12月28日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.name
改定 1.22024年5月1日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.32024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: NADQ transcription factor
B: NADQ transcription factor
C: NADQ transcription factor
D: NADQ transcription factor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)155,9729
ポリマ－154,9934
非ポリマー9795
水5,008278
1
A: NADQ transcription factor
B: NADQ transcription factor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)77,6814
ポリマ－77,4972
非ポリマー1842
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3790 Å2
ΔGint-22 kcal/mol
Surface area24820 Å2
手法PISA
2
C: NADQ transcription factor
D: NADQ transcription factor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)78,2915
ポリマ－77,4972
非ポリマー7953
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5860 Å2
ΔGint-31 kcal/mol
Surface area24320 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)58.665, 133.721, 87.795
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 101.047, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Space group name HallP2yb
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z

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要素

#1: タンパク質
NADQ transcription factor


分子量: 38748.277 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Selenated version
由来: (組換発現) Agrobacterium fabrum (strain C58 / ATCC 33970) (バクテリア)
株: C58 / ATCC 33970 / 遺伝子: Atu4099 / プラスミド: pET100 / 細胞株 (発現宿主): B834(DE3) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / Variant (発現宿主): MET- / 参照: UniProt: A9CG24
#2: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 化合物 ChemComp-NAD / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE


分子量: 663.425 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H27N7O14P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: NAD*YM
#4: 化合物 ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 278 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.18 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.59 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: 100 mM Bis-tris-propane, 250 mM sodium potassium tartrate, 24 % (w/v) PEG 3400

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, EMBL c/o DESY / ビームライン: P13 (MX1) / 波長: 0.9762 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年9月10日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9762 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.19→86.17 Å / Num. obs: 67319 / % possible obs: 98.7 % / 冗長度: 2 % / Biso Wilson estimate: 41.1 Å2 / CC1/2: 0.984 / CC star: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.06162 / Rrim(I) all: 0.08714 / Net I/σ(I): 10.27
反射 シェル解像度: 2.19→2.268 Å / 冗長度: 2 % / Rmerge(I) obs: 0.4347 / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / Num. unique obs: 6657 / CC1/2: 0.68 / CC star: 0.9 / Rrim(I) all: 0.6147 / % possible all: 98.27

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.2_4158精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: フーリエ合成
開始モデル: native structure

解像度: 2.19→86.17 Å / SU ML: 0.302 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 27.6753
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2588 3402 5.05 %
Rwork0.2278 63899 -
obs0.2293 67301 98.7 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 50.7 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.19→86.17 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8756 0 63 278 9097
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00219015
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.455112180
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.03761302
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00351577
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.51923329
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.19-2.220.3831300.32362645X-RAY DIFFRACTION99.46
2.22-2.250.38841470.30992642X-RAY DIFFRACTION96.74
2.25-2.290.32571500.29372630X-RAY DIFFRACTION99.71
2.29-2.330.31981260.27882663X-RAY DIFFRACTION98.76
2.33-2.370.3111430.26352640X-RAY DIFFRACTION97.86
2.37-2.410.29311470.25582647X-RAY DIFFRACTION99.5
2.41-2.460.26971520.2482661X-RAY DIFFRACTION97.44
2.46-2.510.29961420.25042659X-RAY DIFFRACTION99.86
2.51-2.560.30831490.24922626X-RAY DIFFRACTION97.81
2.56-2.620.30011420.26822667X-RAY DIFFRACTION99.82
2.62-2.690.29911380.26322649X-RAY DIFFRACTION98.03
2.69-2.760.31961360.2432684X-RAY DIFFRACTION98.81
2.76-2.840.28171360.23922632X-RAY DIFFRACTION98.05
2.84-2.930.26171260.23542720X-RAY DIFFRACTION98.85
2.93-3.040.26211750.23052608X-RAY DIFFRACTION99.5
3.04-3.160.25861310.22552667X-RAY DIFFRACTION98.8
3.16-3.30.27231460.23672684X-RAY DIFFRACTION99.09
3.3-3.480.27781390.2332704X-RAY DIFFRACTION99.48
3.48-3.690.24861400.20492685X-RAY DIFFRACTION99.3
3.69-3.980.2391400.21322650X-RAY DIFFRACTION98.69
3.98-4.380.23141370.2012673X-RAY DIFFRACTION98.49
4.38-5.010.21481440.19652688X-RAY DIFFRACTION98.85
5.01-6.310.24771460.22892682X-RAY DIFFRACTION98.43
6.32-86.170.21581400.2142693X-RAY DIFFRACTION97.76

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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