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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7q93 | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of Agrobacterium tumefaciens NADQ, NAD complex. | ||||||
要素 | NADQ transcription factor | ||||||
キーワード | TRANSCRIPTION / NADQ / Transcription factor / ATP / NAD / NUDIX domain / WHTH domain / DNA binding / selenium phasing | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Agrobacterium fabrum (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 2.19 Å | ||||||
データ登録者 | Cianci, M. / Minazzato, G. / Heroux, A. / Raffaelli, N. / Sorci, L. / Gasparrini, M. | ||||||
資金援助 | イタリア, 1件
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引用 | ジャーナル: J.Struct.Biol. / 年: 2022 タイトル: Bacterial NadQ (COG4111) is a Nudix-like, ATP-responsive regulator of NAD biosynthesis. 著者: Minazzato, G. / Gasparrini, M. / Heroux, A. / Sernova, N.V. / Rodionov, D.A. / Cianci, M. / Sorci, L. / Raffaelli, N. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7q93.cif.gz | 292.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7q93.ent.gz | 表示 | PDB形式 | |
PDBx/mmJSON形式 | 7q93.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7q93_validation.pdf.gz | 1003.8 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7q93_full_validation.pdf.gz | 1 MB | 表示 | |
XML形式データ | 7q93_validation.xml.gz | 40.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7q93_validation.cif.gz | 57.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q9/7q93 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q9/7q93 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 7q91C 7q92C 7q94C C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 38748.277 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Selenated version 由来: (組換発現) Agrobacterium fabrum (strain C58 / ATCC 33970) (バクテリア) 株: C58 / ATCC 33970 / 遺伝子: Atu4099 / プラスミド: pET100 / 細胞株 (発現宿主): B834(DE3) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / Variant (発現宿主): MET- / 参照: UniProt: A9CG24 #2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-NAD / | #4: 化合物 | ChemComp-K / | #5: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.18 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.59 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 詳細: 100 mM Bis-tris-propane, 250 mM sodium potassium tartrate, 24 % (w/v) PEG 3400 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, EMBL c/o DESY / ビームライン: P13 (MX1) / 波長: 0.9762 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年9月10日 |
放射 | モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9762 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.19→86.17 Å / Num. obs: 67319 / % possible obs: 98.7 % / 冗長度: 2 % / Biso Wilson estimate: 41.1 Å2 / CC1/2: 0.984 / CC star: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.06162 / Rrim(I) all: 0.08714 / Net I/σ(I): 10.27 |
反射 シェル | 解像度: 2.19→2.268 Å / 冗長度: 2 % / Rmerge(I) obs: 0.4347 / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / Num. unique obs: 6657 / CC1/2: 0.68 / CC star: 0.9 / Rrim(I) all: 0.6147 / % possible all: 98.27 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: フーリエ合成 開始モデル: native structure 解像度: 2.19→86.17 Å / SU ML: 0.302 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 27.6753 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 50.7 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.19→86.17 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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