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- PDB-7q7q: LIPIDIC CUBIC PHASE SERIAL FEMTOSECOND CRYSTALLOGRAPHY STRUCTURE ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7q7q
タイトルLIPIDIC CUBIC PHASE SERIAL FEMTOSECOND CRYSTALLOGRAPHY STRUCTURE OF A PHOTOSYNTHETIC REACTION CENTRE
要素
  • (Reaction center protein ...) x 3
  • Photosynthetic reaction center cytochrome c subunit
キーワードMEMBRANE PROTEIN / CRYSTALLOGRAPHY STRUCTURE PHOTOSYNTHETIC REACTION CENTRE
機能・相同性
機能・相同性情報


plasma membrane-derived chromatophore membrane / plasma membrane light-harvesting complex / bacteriochlorophyll binding / photosynthesis, light reaction / electron transporter, transferring electrons within the cyclic electron transport pathway of photosynthesis activity / photosynthetic electron transport in photosystem II / photosynthesis / electron transfer activity / iron ion binding / heme binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Photosynthetic reaction centre, cytochrome c subunit / Multihaem cytochrome, PRC subunit superfamily / Photosynthetic reaction centre cytochrome C subunit / Multiheme cytochrome c family profile. / Photosynthetic reaction centre, H subunit / Bacterial photosynthetic reaction centre, H-chain, C-terminal / Photosynthetic reaction centre, M subunit / Photosynthetic reaction centre, H subunit, N-terminal / Photosynthetic reaction centre, H subunit, N-terminal domain superfamily / Photosynthetic reaction centre, H-chain N-terminal region ...Photosynthetic reaction centre, cytochrome c subunit / Multihaem cytochrome, PRC subunit superfamily / Photosynthetic reaction centre cytochrome C subunit / Multiheme cytochrome c family profile. / Photosynthetic reaction centre, H subunit / Bacterial photosynthetic reaction centre, H-chain, C-terminal / Photosynthetic reaction centre, M subunit / Photosynthetic reaction centre, H subunit, N-terminal / Photosynthetic reaction centre, H subunit, N-terminal domain superfamily / Photosynthetic reaction centre, H-chain N-terminal region / PRC-barrel domain / PRC-barrel domain / Photosynthetic reaction centre, L subunit / PRC-barrel-like superfamily / Multiheme cytochrome superfamily / Photosynthetic reaction centre, L/M / Photosystem II protein D1/D2 superfamily / Photosynthetic reaction centre protein / Photosynthetic reaction center proteins signature. / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
BACTERIOCHLOROPHYLL B / BACTERIOPHEOPHYTIN B / DIACYL GLYCEROL / : / HEME C / HEPTANE-1,2,3-TRIOL / MENAQUINONE-9 / 15-cis-1,2-dihydroneurosporene / (2R)-2,3-dihydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate / UBIQUINONE-2 ...BACTERIOCHLOROPHYLL B / BACTERIOPHEOPHYTIN B / DIACYL GLYCEROL / : / HEME C / HEPTANE-1,2,3-TRIOL / MENAQUINONE-9 / 15-cis-1,2-dihydroneurosporene / (2R)-2,3-dihydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate / UBIQUINONE-2 / Reaction center protein H chain / Reaction center protein L chain / Reaction center protein M chain / Photosynthetic reaction center cytochrome c subunit
類似検索 - 構成要素
生物種Blastochloris viridis (バクテリア)
手法X線回折 / 自由電子レーザー / 分子置換 / 解像度: 2.25 Å
データ登録者Baath, P. / Banacore, A. / Neutze, R.
資金援助European Union, スウェーデン, 2件
組織認可番号国
National Research Development and Innovation Office (NKFIH)789030European Union
European Research Council (ERC)2015-00560 スウェーデン
引用ジャーナル: Acta Crystallogr D Struct Biol / 年: 2022
タイトル: Lipidic cubic phase serial femtosecond crystallography structure of a photosynthetic reaction centre.
著者: Bath, P. / Banacore, A. / Borjesson, P. / Bosman, R. / Wickstrand, C. / Safari, C. / Dods, R. / Ghosh, S. / Dahl, P. / Ortolani, G. / Bjorg Ulfarsdottir, T. / Hammarin, G. / Garcia Bonete, M. ...著者: Bath, P. / Banacore, A. / Borjesson, P. / Bosman, R. / Wickstrand, C. / Safari, C. / Dods, R. / Ghosh, S. / Dahl, P. / Ortolani, G. / Bjorg Ulfarsdottir, T. / Hammarin, G. / Garcia Bonete, M.J. / Vallejos, A. / Ostojic, L. / Edlund, P. / Linse, J.B. / Andersson, R. / Nango, E. / Owada, S. / Tanaka, R. / Tono, K. / Joti, Y. / Nureki, O. / Luo, F. / James, D. / Nass, K. / Johnson, P.J.M. / Knopp, G. / Ozerov, D. / Cirelli, C. / Milne, C. / Iwata, S. / Branden, G. / Neutze, R.
履歴
登録2021年11月9日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年6月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月31日Group: Data collection / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_validate_chiral
Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
CCC: Photosynthetic reaction center cytochrome c subunit
HHH: Reaction center protein H chain
LLL: Reaction center protein L chain
MMM: Reaction center protein M chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)146,92542
ポリマ－132,4104
非ポリマー14,51538
水4,810267
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, Purity confirmed with spectrophotometer at A830 nm.
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area56320 Å2
ΔGint-417 kcal/mol
Surface area41090 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)84.660, 125.130, 182.380
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11MMM-564-

HOH

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 CCC

#1: タンパク質 Photosynthetic reaction center cytochrome c subunit / Cytochrome c558/c559


分子量: 37450.801 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Blastochloris viridis (バクテリア)
遺伝子: pufC, cytC, BVIRIDIS_00500 / 発現宿主: Blastochloris viridis (バクテリア) / 参照: UniProt: P07173

-
Reaction center protein ... , 3種, 3分子 HHHLLLMMM

#2: タンパク質 Reaction center protein H chain / Photosynthetic reaction center H subunit


分子量: 28557.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Blastochloris viridis (バクテリア) / 参照: UniProt: P06008
#3: タンパク質 Reaction center protein L chain / Photosynthetic reaction center L subunit


分子量: 30469.104 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Blastochloris viridis (バクテリア) / 参照: UniProt: P06009
#4: タンパク質 Reaction center protein M chain / Photosynthetic reaction center M subunit


分子量: 35932.188 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Blastochloris viridis (バクテリア) / 参照: UniProt: P06010

-
非ポリマー , 13種, 305分子

#5: 化合物
ChemComp-HEC / HEME C


分子量: 618.503 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H34FeN4O4
#6: 化合物 ChemComp-DGA / DIACYL GLYCEROL / 1-O,2-O-ジステアロイル-L-グリセロ-ル


分子量: 625.018 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C39H76O5
#7: 化合物
ChemComp-LDA / LAURYL DIMETHYLAMINE-N-OXIDE / ドデシルジメチルアミンオキシド


分子量: 229.402 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H31NO / コメント: LDAO, 可溶化剤*YM
#8: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#9: 化合物
ChemComp-BCB / BACTERIOCHLOROPHYLL B


分子量: 909.488 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C55H72MgN4O6
#10: 化合物 ChemComp-BPB / BACTERIOPHEOPHYTIN B / (7R,7α)-31-オキソ-7-ヒドロ-81-デヒドロ-132(以下略)


分子量: 887.199 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C55H74N4O6
#11: 化合物
ChemComp-HTO / HEPTANE-1,2,3-TRIOL


分子量: 148.200 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H16O3
#12: 化合物 ChemComp-UQ2 / UBIQUINONE-2 / ユビキノン2


分子量: 318.407 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C19H26O4
#13: 化合物 ChemComp-FE2 / FE (II) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#14: 化合物 ChemComp-MQ9 / MENAQUINONE-9


分子量: 785.233 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C56H80O2
#15: 化合物 ChemComp-NS5 / 15-cis-1,2-dihydroneurosporene / 15,15′-cis-1,2-ジヒドロノイロスポレン


分子量: 540.904 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C40H60
#16: 化合物 ChemComp-OLC / (2R)-2,3-dihydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate / 1-Oleoyl-R-glycerol / L-グリセロ-ル3-オレア-ト


分子量: 356.540 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H40O4
#17: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 267 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.65 Å3/Da / 溶媒含有率: 66.28 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 脂質キュービック相法
詳細: This LCP crystallization was performed in wells with 200uL precipitant and 20uL LCP+protein.

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データ収集

回折平均測定温度: 293 K / Ambient temp details: Room Temperature / Serial crystal experiment: Y
放射光源由来: 自由電子レーザー / サイト: SwissFEL ARAMIS / ビームライン: ESA / 波長: 1.102 Å
検出器タイプ: PSI JUNGFRAU 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年11月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.102 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.25→23.702 Å / Num. obs: 92545 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 11.888 % / CC1/2: 0.995 / Net I/σ(I): 9.6
反射 シェル解像度: 2.25→2.27 Å / Num. unique obs: 92545 / CC1/2: 0.54
Serial crystallography sample delivery手法: injection
Serial crystallography sample delivery injectionFlow rate: 0.047 µL/min / Injector diameter: 75 µm / Injector temperature: 293 K
Serial crystallography data reductionCrystal hits: 260392 / Frames indexed: 160275

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0267精密化
CrystFEL0.9.0データ削減
CrystFEL0.9.0データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5NJ4

5nj4


解像度: 2.25→23.702 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.958 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.946 / SU B: 5.515 / SU ML: 0.126 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.185 / ESU R Free: 0.161 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2028 4602 4.974 %
Rwork0.1678 87913 -
all0.169 --
obs-92515 99.856 %
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT
原子変位パラメータBiso mean: 48.98 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.613 Å20 Å20 Å2
2--1.99 Å2-0 Å2
3----2.602 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.25→23.702 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9263 0 1022 267 10552
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.01310703
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.01710106
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.131.76214640
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.2031.69323128
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.58151177
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg30.06220.4500
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.84151407
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_other_3_deg16.304151
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.7531566
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0740.21267
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.0211746
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0030.022538
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1950.21948
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_other0.1760.29096
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1680.24911
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbtor_other0.0780.24652
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1430.2344
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_other0.0860.21
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_refined0.0980.26
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1570.264
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_refined0.0620.22
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.8734.7394705
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.8714.7384704
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it4.3727.1055877
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other4.3727.1055878
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.5155.3285998
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other3.5145.3295999
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it5.5947.7548761
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other5.5947.7558762
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_it7.35853.19412043
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_other7.35853.20112044
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.25-2.3080.3073630.3066412X-RAY DIFFRACTION100
2.308-2.3720.2933140.2836265X-RAY DIFFRACTION100
2.372-2.440.3333410.2726111X-RAY DIFFRACTION100
2.44-2.5160.2772960.2485946X-RAY DIFFRACTION100
2.516-2.5980.2583430.2265697X-RAY DIFFRACTION100
2.598-2.6890.2452840.2075571X-RAY DIFFRACTION100
2.689-2.7910.2242730.1855391X-RAY DIFFRACTION100
2.791-2.9050.1722670.1585199X-RAY DIFFRACTION100
2.905-3.0340.1952510.154983X-RAY DIFFRACTION100
3.034-3.1820.2052360.1554761X-RAY DIFFRACTION100
3.182-3.3540.1722210.1484567X-RAY DIFFRACTION100
3.354-3.5570.182120.1394308X-RAY DIFFRACTION100
3.557-3.8030.1592010.1314080X-RAY DIFFRACTION100
3.803-4.1070.1581960.1283789X-RAY DIFFRACTION100
4.107-4.4990.1481950.1263484X-RAY DIFFRACTION100
4.499-5.030.1651720.133190X-RAY DIFFRACTION100
5.03-5.8070.1821510.1472810X-RAY DIFFRACTION100
5.807-7.110.1941340.1442414X-RAY DIFFRACTION100
7.11-10.0480.138930.1261911X-RAY DIFFRACTION100
10.048-23.7020.705590.504991X-RAY DIFFRACTION88.7574

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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