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- PDB-7q73: Structure of Pla1 apo -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7q73
タイトルStructure of Pla1 apo
要素Poly(A) polymerase pla1
キーワードTRANSFERASE / PolyA polymerase
機能・相同性
機能・相同性情報


cleavage body / nuclear exosome focus / nuclear mRNA surveillance of meiosis-specific transcripts / Mei2 nuclear dot complex / co-transcriptional mRNA 3'-end processing, cleavage and polyadenylation pathway / mRNA cleavage and polyadenylation specificity factor complex / polynucleotide adenylyltransferase / poly(A) RNA polymerase activity / RNA binding / nucleoplasm ...cleavage body / nuclear exosome focus / nuclear mRNA surveillance of meiosis-specific transcripts / Mei2 nuclear dot complex / co-transcriptional mRNA 3'-end processing, cleavage and polyadenylation pathway / mRNA cleavage and polyadenylation specificity factor complex / polynucleotide adenylyltransferase / poly(A) RNA polymerase activity / RNA binding / nucleoplasm / ATP binding / metal ion binding / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
Poly(A) polymerase / Poly(A) polymerase, RNA-binding domain / Poly(A) polymerase, central domain / : / Poly(A) polymerase predicted RNA binding domain / Poly(A) polymerase central domain / Poly(A) polymerase nucleotidyltransferase domain / Nucleotidyltransferase, class I-like, C-terminal / Nucleotidyltransferase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Poly(A) polymerase pla1
類似検索 - 構成要素
生物種Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Soni, K. / Wild, K. / Sinning, I.
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2023
タイトル: Mechanistic insights into RNA surveillance by the canonical poly(A) polymerase Pla1 of the MTREC complex.
著者: Soni, K. / Sivadas, A. / Horvath, A. / Dobrev, N. / Hayashi, R. / Kiss, L. / Simon, B. / Wild, K. / Sinning, I. / Fischer, T.
履歴
登録2021年11月9日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年12月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年4月5日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年2月7日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Poly(A) polymerase pla1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)65,4732
ポリマ－65,3811
非ポリマー921
水9,494527
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area240 Å2
ΔGint-0 kcal/mol
Surface area24880 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)122.060, 66.750, 88.120
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 118.170, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 Poly(A) polymerase pla1 / PAP / Polynucleotide adenylyltransferase


分子量: 65380.855 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Schizosaccharomyces pombe (strain 972 / ATCC 24843) (分裂酵母)
株: 972 / ATCC 24843 / 遺伝子: pla1, SPBC646.04 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q10295, polynucleotide adenylyltransferase
#2: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 527 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.42 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.18 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 0.2 M lithium citrate, 20% PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, EMBL c/o DESY / ビームライン: P13 (MX1) / 波長: 0.9762 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年3月25日
放射モノクロメーター: M / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9762 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→77.679 Å / Num. obs: 49224 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 6.772 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.112 / Rrim(I) all: 0.122 / Χ2: 1.047 / Net I/σ(I): 11.64 / Num. measured all: 333356 / Scaling rejects: 14
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
1.9-1.956.6971.2321.5823976363235800.6521.33698.6
1.95-27.0170.9952.0824840355435400.7611.07599.6
2-2.066.9650.8432.4823842343834230.8170.91299.6
2.06-2.126.8790.6643.1122860334233230.8790.71999.4
2.12-2.196.7460.4934.1121761324032260.9260.53599.6
2.19-2.276.4460.4164.7420138313531240.9420.45399.6
2.27-2.366.5450.3216.0219949305730480.9660.34999.7
2.36-2.457.0720.2757.2420558291829070.9780.29899.6
2.45-2.567.0350.2338.3619706280728010.980.25299.8
2.56-2.697.0060.1999.5918726268226730.9850.21599.7
2.69-2.836.8480.1512.1617354253825340.9910.16299.8
2.83-36.3530.11614.815412243424260.9940.12799.7
3-3.217.0550.09219.2316014227722700.9950.09999.7
3.21-3.476.9670.07423.3814825213421280.9970.0899.7
3.47-3.86.7920.06227.3713190195119420.9970.06799.5
3.8-4.256.2580.0530.9310946176117490.9980.05499.3
4.25-4.916.4150.04433.910084157815720.9980.04899.6
4.91-6.016.7970.04533.359020133413270.9990.04899.5
6.01-8.56.1860.04233.616458105410440.9980.04699.1
8.5-77.6796.2980.03141.9236975975870.9990.03498.3

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.12精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2HHP

2hhp


解像度: 1.9→77.679 Å / SU ML: 0.22 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 22.51 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1923 2462 5 %
Rwork0.169 46761 -
obs0.1702 49223 99.74 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 106.74 Å2 / Biso mean: 32.6838 Å2 / Biso min: 13.79 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.9→77.679 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4117 0 14 527 4658
Biso mean--42.07 39.69 -
残基数----513
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0034300
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.555858
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.044659
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004752
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.4582635
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
1.9-1.93660.37281350.3397255498
1.9366-1.97610.30861360.2742585100
1.9761-2.01910.25051350.25012577100
2.0191-2.0660.27641370.22822587100
2.066-2.11770.24081340.20952558100
2.1177-2.1750.24131370.19992607100
2.175-2.2390.24091360.18982578100
2.239-2.31120.23031360.17922586100
2.3112-2.39390.18941370.17222602100
2.3939-2.48970.23171360.17222585100
2.4897-2.6030.21711370.17162590100
2.603-2.74030.2041360.17612584100
2.7403-2.9120.21071380.17462635100
2.912-3.13680.20431370.16332594100
3.1368-3.45250.19141370.15842616100
3.4525-3.9520.15121380.14532610100
3.952-4.9790.13441380.13052629100
4.979-77.6790.15991420.15812684100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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