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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7q73 | ||||||
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Title | Structure of Pla1 apo | ||||||
![]() | Poly(A) polymerase pla1 | ||||||
![]() | TRANSFERASE / PolyA polymerase | ||||||
Function / homology | ![]() nuclear exosome focus / nuclear-transcribed mRNA catabolic process, meiosis-specific transcripts / Mei2 nuclear dot complex / co-transcriptional mRNA 3'-end processing, cleavage and polyadenylation pathway / mRNA cleavage and polyadenylation specificity factor complex / polynucleotide adenylyltransferase / poly(A) RNA polymerase activity / RNA binding / nucleoplasm / ATP binding ...nuclear exosome focus / nuclear-transcribed mRNA catabolic process, meiosis-specific transcripts / Mei2 nuclear dot complex / co-transcriptional mRNA 3'-end processing, cleavage and polyadenylation pathway / mRNA cleavage and polyadenylation specificity factor complex / polynucleotide adenylyltransferase / poly(A) RNA polymerase activity / RNA binding / nucleoplasm / ATP binding / nucleus / metal ion binding / cytosol Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Soni, K. / Wild, K. / Sinning, I. | ||||||
![]() | ![]() Title: Mechanistic insights into RNA surveillance by the canonical poly(A) polymerase Pla1 of the MTREC complex. Authors: Soni, K. / Sivadas, A. / Horvath, A. / Dobrev, N. / Hayashi, R. / Kiss, L. / Simon, B. / Wild, K. / Sinning, I. / Fischer, T. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
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PDB format | ![]() | 98.8 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 437.8 KB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 442.1 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 25 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 38 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 7q72C ![]() 7q74C ![]() 2hhpS S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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Similar structure data | Similarity search - Function & homology ![]() |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Components
#1: Protein | Mass: 65380.855 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() Strain: 972 / ATCC 24843 / Gene: pla1, SPBC646.04 / Production host: ![]() ![]() References: UniProt: Q10295, polynucleotide adenylyltransferase |
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#2: Chemical | ChemComp-GOL / |
#3: Water | ChemComp-HOH / |
Has ligand of interest | N |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.42 Å3/Da / Density % sol: 49.18 % |
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Crystal grow | Temperature: 277 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 7.5 / Details: 0.2 M lithium citrate, 20% PEG 3350 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M-F / Detector: PIXEL / Date: Mar 25, 2019 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Monochromator: M / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9762 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.9→77.679 Å / Num. obs: 49224 / % possible obs: 99.5 % / Redundancy: 6.772 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.112 / Rrim(I) all: 0.122 / Χ2: 1.047 / Net I/σ(I): 11.64 / Num. measured all: 333356 / Scaling rejects: 14 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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-Phasing
Phasing | Method: ![]() |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 2HHP Resolution: 1.9→77.679 Å / SU ML: 0.22 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / Phase error: 22.51 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 106.74 Å2 / Biso mean: 32.6838 Å2 / Biso min: 13.79 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 1.9→77.679 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0
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