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- PDB-7q71: The crystallographic structure of the Ligand Binding domain of th... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7q71
タイトルThe crystallographic structure of the Ligand Binding domain of the NR7 nuclear receptor from the amphioxus Branchiostoma lanceolatum
要素Nuclear hormone receptor 7
キーワードTRANSCRIPTION / Nuclear Receptor / Ligand Binding Domain / Amphioxus / Heterodimerization
機能・相同性
機能・相同性情報


nuclear receptor activity / sequence-specific DNA binding / zinc ion binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
Thyroid hormone receptor / Nuclear hormone receptor / Nuclear hormones receptors DNA-binding region signature. / Zinc finger, nuclear hormone receptor-type / Zinc finger, C4 type (two domains) / Nuclear hormone receptors DNA-binding domain profile. / c4 zinc finger in nuclear hormone receptors / Nuclear hormone receptor, ligand-binding domain / Nuclear hormone receptor-like domain superfamily / Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor ...Thyroid hormone receptor / Nuclear hormone receptor / Nuclear hormones receptors DNA-binding region signature. / Zinc finger, nuclear hormone receptor-type / Zinc finger, C4 type (two domains) / Nuclear hormone receptors DNA-binding domain profile. / c4 zinc finger in nuclear hormone receptors / Nuclear hormone receptor, ligand-binding domain / Nuclear hormone receptor-like domain superfamily / Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor / Nuclear receptor (NR) ligand-binding (LBD) domain profile. / Ligand binding domain of hormone receptors / Zinc finger, NHR/GATA-type
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHATE ION / Nuclear hormone receptor 7
類似検索 - 構成要素
生物種Branchiostoma lanceolatum (無脊椎動物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Billas, I.M.L. / McEwen, A.G. / Hazemann, I. / Moras, D. / Laudet, V.
資金援助 フランス, 4件
組織認可番号国
French National Research AgencyANR-2010-BLAN-1234-01 フランス
French National Research AgencyFRISBI ANR-10-INSB-05-01 フランス
French National Research AgencyANR-10-LABX-0030-INRT フランス
French National Research AgencyANR-10-IDEX-0002-02 フランス
引用ジャーナル: Bmc Biol. / 年: 2022
タイトル: A novel nuclear receptor subfamily enlightens the origin of heterodimerization.
著者: Beinsteiner, B. / Markov, G.V. / Bourguet, M. / McEwen, A.G. / Erb, S. / Patel, A.K.M. / El Khaloufi El Khaddar, F.Z. / Lecroisey, C. / Holzer, G. / Essabri, K. / Hazemann, I. / Hamiche, A. / ...著者: Beinsteiner, B. / Markov, G.V. / Bourguet, M. / McEwen, A.G. / Erb, S. / Patel, A.K.M. / El Khaloufi El Khaddar, F.Z. / Lecroisey, C. / Holzer, G. / Essabri, K. / Hazemann, I. / Hamiche, A. / Cianferani, S. / Moras, D. / Laudet, V. / Billas, I.M.L.
履歴
登録2021年11月9日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年9月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年10月12日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Nuclear hormone receptor 7
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,8354
ポリマ－26,6691
非ポリマー1663
水1,26170
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: mass spectrometry
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area330 Å2
ΔGint-15 kcal/mol
Surface area11770 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)46.290, 46.290, 163.017
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number153
Space group name H-MP3212

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要素

#1: タンパク質 Nuclear hormone receptor 7


分子量: 26668.941 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Ligand-binding domain
由来: (組換発現) Branchiostoma lanceolatum (無脊椎動物)
発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A6B9UN24
#2: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: Cl
#3: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 70 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.9 Å3/Da / 溶媒含有率: 35.3 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 1.3 M Li2SO4, 0.1 M HEPES pH 7.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.97625 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年7月8日
放射モノクロメーター: Channel cut silicon monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97625 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→40.75 Å / Num. obs: 13203 / % possible obs: 94.5 % / 冗長度: 6.4 % / Biso Wilson estimate: 47.73 Å2 / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.037 / Rpim(I) all: 0.015 / Rrim(I) all: 0.04 / Net I/σ(I): 22 / Num. measured all: 85112
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
2-2.056.70.96665859820.6820.3951.0461.9100
8.95-40.755.40.02102218810.0090.02268.999.8

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER精密化
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1XIU

1xiu


解像度: 2→38.93 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.957 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.947 / SU R Cruickshank DPI: 0.241 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.246 / SU Rfree Blow DPI: 0.185 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.185
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.235 609 4.63 %RANDOM
Rwork0.192 ---
obs0.194 13152 94.5 %-
原子変位パラメータBiso max: 171.14 Å2 / Biso mean: 69.19 Å2 / Biso min: 31.81 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.6707 Å20 Å20 Å2
2---1.6707 Å20 Å2
3---3.3414 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.27 Å
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2→38.93 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1846 0 7 70 1923
Biso mean--100.55 58.55 -
残基数----232
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d694SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes333HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it1960HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd0SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion243SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact2336SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d1960HARMONIC20.01
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg2666HARMONIC21.02
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.7
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion18.74
LS精密化 シェル解像度: 2→2.02 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 30
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3032 29 6.61 %
Rwork0.2266 410 -
all0.2316 439 -
obs--99.3 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.2326-0.92280.20433.9297-2.51091.17560.1442-0.0051-0.0523-0.0912-0.156-0.03760.1595-0.08170.01170.11250.28610.0422-0.1125-0.0768-0.1681-6.1599-29.544314.3743
24.8208-2.37450.24583.1787-1.66671.95920.0778-0.30520.0658-0.0357-0.2912-0.03630.41310.01010.2134-0.13490.0946-0.0102-0.0560.0076-0.1302-12.3237-12.04226.044
3-0.49-0.2167-2.563.0556-1.38681.57550.01330.0030.1125-0.074-0.0235-0.1151-0.1014-0.03720.0102-0.10440.09330.07520.0094-0.06650.304-22.88976.887630.2517
48.75630.4487-2.14875.4386-2.09915.23420.17250.12510.1068-0.1872-0.6554-0.56680.13120.70420.4829-0.14210.10770.03510.08450.1620.0411-1.4202-6.301818.9966
53.1183-0.8305-0.75141.5508-0.89772.84760.10320.23610.216-0.2217-0.1747-0.10030.0539-0.20230.0715-0.10490.11010.0109-0.067-0.0033-0.12-18.4302-7.288717.9494
67.4052-0.78923.97571.5951-1.06536.6639-0.01630.61960.5124-0.3418-0.02990.1854-0.00740.07920.04620.24370.08160.03330.2020.062-0.1987-23.971-4.364911.1058
72.0140.68211.11713.69680.46674.98930.11140.63840.0801-0.45010.0027-0.58220.24110.6709-0.11420.02040.33920.1555-0.02040.0347-0.2404-3.7999-15.86286.7526
8-1.16440.8911-3.66643.89810.52957.77290.06940.16740.2219-0.193-0.08050.0630.37750.04870.01110.21690.2258-0.1421-0.2169-0.0195-0.304-13.5566-18.81852.2113
90.5468-0.670.26681.84120.02160.10340.01170.02010.0164-0.0098-0.0198-0.0111-0.0242-0.00680.00810.20570.0114-0.04930.0758-0.09890.1158-13.32725.546211.4783
101.12341.29440.44511.9651.49720.84010.003-0.0473-0.14630.00280.0167-0.0869-0.12720.0126-0.0198-0.1539-0.07340.03630.0680.0808-0.02241.68961.791921.9871
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|158 - A|167 }A158 - 167
2X-RAY DIFFRACTION2{ A|168 - A|189 }A168 - 189
3X-RAY DIFFRACTION3{ A|190 - A|202 }A190 - 202
4X-RAY DIFFRACTION4{ A|203 - A|232 }A203 - 232
5X-RAY DIFFRACTION5{ A|233 - A|270 }A233 - 270
6X-RAY DIFFRACTION6{ A|271 - A|294 }A271 - 294
7X-RAY DIFFRACTION7{ A|295 - A|340 }A295 - 340
8X-RAY DIFFRACTION8{ A|341 - A|360 }A341 - 360
9X-RAY DIFFRACTION9{ A|361 - A|378 }A361 - 378
10X-RAY DIFFRACTION10{ A|379 - A|389 }A379 - 389

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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