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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7q6p | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of bacterial Prolyl Peptidyl Isomerase with 5,5'-difluoroleucines | ||||||
要素 | Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase B | ||||||
キーワード | ISOMERASE / prolyl peptidyl isomerase / difluoroleucine | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 chaperone-mediated protein folding / peptidylprolyl isomerase / peptidyl-prolyl cis-trans isomerase activity / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Escherichia coli (大腸菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.82 Å | ||||||
データ登録者 | Tars, K. / Jaudzems, K. / Recacha, R. | ||||||
資金援助 | 1件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Crystal Structure of bacterial Prolyl Peptidyl Isomerase with 5,5'-difluoroleucines 著者: Tars, K. / Jaudzems, K. / Recacha, R. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7q6p.cif.gz | 278 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7q6p.ent.gz | 227.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7q6p.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7q6p_validation.pdf.gz | 469.9 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7q6p_full_validation.pdf.gz | 477.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | 7q6p_validation.xml.gz | 30.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7q6p_validation.cif.gz | 44.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q6/7q6p ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q6/7q6p | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 2nulS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 19183.238 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Escherichia coli (strain K12) (大腸菌) 株: K12 / 遺伝子: ppiB, b0525, JW0514 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P23869, peptidylprolyl isomerase #2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.76 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.45 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 詳細: 100 mM Tris (pH 8.5), 0.2 M sodium acetate, 30% (w/v) polyethylene glycol 3400 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: MAX II / ビームライン: I911-3 / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2015年12月8日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.82→61 Å / Num. obs: 72608 / % possible obs: 98.8 % / 冗長度: 3.2 % / Rmerge(I) obs: 0.125 / Net I/σ(I): 5.8 |
反射 シェル | 解像度: 1.82→1.92 Å / 冗長度: 2.8 % / Rmerge(I) obs: 0.668 / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / Num. unique obs: 26704 / % possible all: 98.8 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 2NUL 解像度: 1.82→57.4 Å / SU ML: 0.29 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 28.38 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 73.77 Å2 / Biso mean: 25.7983 Å2 / Biso min: 9.21 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.82→57.4 Å
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 26
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精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: 17.956 Å / Origin y: 38.664 Å / Origin z: 15.2629 Å
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精密化 TLSグループ |
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