PDB-7q6p: Crystal Structure of bacterial Prolyl Peptidyl Isomerase with 5,5...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7q6p

タイトル

Crystal Structure of bacterial Prolyl Peptidyl Isomerase with 5,5'-difluoroleucines

要素

Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase B

キーワード

ISOMERASE / prolyl peptidyl isomerase / difluoroleucine

機能・相同性

機能・相同性情報

: / peptidyl-prolyl cis-trans isomerase activity / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat P3 isomerase activity / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat P6 isomerase activity / peptidylprolyl isomerase / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.82 Å

データ登録者

Tars, K. / Jaudzems, K. / Recacha, R.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal Structure of bacterial Prolyl Peptidyl Isomerase with 5,5'-difluoroleucines
著者: Tars, K. / Jaudzems, K. / Recacha, R.

履歴

登録	2021年11月9日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2022年11月16日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月31日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7q6p.cif.gz	278 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7q6p.ent.gz	227.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7q6p.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q6/7q6p ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q6/7q6p	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2nulS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#163 - 2013年7月 HIVカプシド (HIV Capsid) 類似性 (8) #245 - 2020年5月スプライソソーム (Spliceosomes) 類似性 (8)

登録構造単位

A: Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase B

B: Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase B

C: Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase B

D: Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase B

ヘテロ分子

77 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase B

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
19.3 kDa, 1 ポリマー
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2

B: Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase B

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
19.3 kDa, 1 ポリマー
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3

C: Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase B

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
19.3 kDa, 1 ポリマー
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4

D: Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase B

登録者が定義した集合体
19.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	79.061, 83.460, 122.840
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase B / PPIase B / Rotamase B 分子量: 19183.238 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Escherichia coli (strain K12) (大腸菌) 株: K12 / 遺伝子: ppiB, b0525, JW0514 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P23869, peptidylprolyl isomerase
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 489 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.76 Å³/Da / 溶媒含有率: 55.45 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 100 mM Tris (pH 8.5), 0.2 M sodium acetate, 30% (w/v) polyethylene glycol 3400

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: MAX II / ビームライン: I911-3 / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2015年12月8日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.82→61 Å / Num. obs: 72608 / % possible obs: 98.8 % / 冗長度: 3.2 % / R_merge(I) obs: 0.125 / Net I/σ(I): 5.8
反射シェル	解像度: 1.82→1.92 Å / 冗長度: 2.8 % / R_merge(I) obs: 0.668 / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / Num. unique obs: 26704 / % possible all: 98.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.19.2_4158	精密化
PDB_EXTRACT	3.27	データ抽出
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 2NUL

2nul

解像度: 1.82→57.4 Å / SU ML: 0.29 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 28.38 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2786	3596	4.96 %
R_work	0.2393	68943	-
obs	0.2413	72539	98.52 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 73.77 Å² / B_iso mean: 25.7983 Å² / B_iso min: 9.21 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.82→57.4 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5040	0	15	489	5544
B_iso mean	-	-	36.24	28.26	-
残基数	-	-	-	-	641

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 26

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.82-1.84	0.4176	115	0.3659	2426	2541	91
1.84-1.87	0.3895	159	0.3437	2473	2632	94
1.87-1.89	0.3448	146	0.3349	2521	2667	95
1.89-1.92	0.3946	122	0.309	2615	2737	97
1.92-1.95	0.3211	130	0.2859	2654	2784	100
1.95-1.99	0.3089	129	0.2786	2680	2809	100
1.99-2.02	0.3245	137	0.2816	2639	2776	100
2.02-2.06	0.3338	137	0.2719	2686	2823	100
2.06-2.1	0.3432	147	0.2505	2637	2784	100
2.1-2.14	0.2846	131	0.2487	2664	2795	100
2.14-2.19	0.2699	141	0.2422	2671	2812	100
2.19-2.24	0.2687	124	0.2391	2666	2790	100
2.24-2.29	0.2773	101	0.2308	2702	2803	100
2.29-2.35	0.309	152	0.2377	2672	2824	100
2.35-2.42	0.3125	149	0.24	2644	2793	100
2.42-2.5	0.3102	121	0.2356	2701	2822	99
2.5-2.59	0.2667	146	0.2395	2667	2813	100
2.59-2.69	0.2821	148	0.2416	2665	2813	99
2.69-2.82	0.3027	157	0.2424	2675	2832	100
2.82-2.97	0.2827	109	0.2444	2703	2812	99
2.97-3.15	0.2814	151	0.2424	2679	2830	99
3.15-3.39	0.2705	163	0.2293	2654	2817	99
3.39-3.74	0.235	168	0.2102	2661	2829	99
3.74-4.28	0.2349	134	0.205	2702	2836	98
4.28-5.39	0.2404	148	0.1951	2694	2842	97
5.39-57.4	0.2298	131	0.2383	2792	2923	95

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: 17.956 Å / Origin y: 38.664 Å / Origin z: 15.2629 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.1289 Å²	-0.0334 Å²	-0.0009 Å²	-	0.1333 Å²	-0.0082 Å²	-	-	0.0775 Å²
L	0.4284 °²	-0.0085 °²	-0.0097 °²	-	0.7829 °²	-0.1676 °²	-	-	0.2806 °²
S	-0.0027 Å °	-0.0649 Å °	0.0257 Å °	0.0703 Å °	0.0238 Å °	-0.0722 Å °	-0.0603 Å °	0.0186 Å °	-0.0221 Å °

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	all	A	1 - 169
2	X-RAY DIFFRACTION	1	all	B	1 - 168
3	X-RAY DIFFRACTION	1	all	C	1 - 170
4	X-RAY DIFFRACTION	1	all	D	1 - 162
5	X-RAY DIFFRACTION	1	all	G	1 - 3
6	X-RAY DIFFRACTION	1	all	S	1 - 610

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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