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- PDB-7q64: Cryo-em structure of the Nup98 fibril polymorph 1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7q64
タイトルCryo-em structure of the Nup98 fibril polymorph 1
要素Nuclear pore complex protein Nup98
キーワードPROTEIN FIBRIL / Nuclear pore complex protein Nup98 functional amyloid fibril PROTEIN FIBRIL
機能・相同性
機能・相同性情報


nuclear pore organization / nuclear pore outer ring / nuclear pore complex assembly / telomere tethering at nuclear periphery / post-transcriptional tethering of RNA polymerase II gene DNA at nuclear periphery / nuclear pore cytoplasmic filaments / Nuclear Pore Complex (NPC) Disassembly / nuclear inclusion body / nuclear pore nuclear basket / Transport of Ribonucleoproteins into the Host Nucleus ...nuclear pore organization / nuclear pore outer ring / nuclear pore complex assembly / telomere tethering at nuclear periphery / post-transcriptional tethering of RNA polymerase II gene DNA at nuclear periphery / nuclear pore cytoplasmic filaments / Nuclear Pore Complex (NPC) Disassembly / nuclear inclusion body / nuclear pore nuclear basket / Transport of Ribonucleoproteins into the Host Nucleus / Regulation of Glucokinase by Glucokinase Regulatory Protein / Defective TPR may confer susceptibility towards thyroid papillary carcinoma (TPC) / Transport of the SLBP independent Mature mRNA / Transport of the SLBP Dependant Mature mRNA / NS1 Mediated Effects on Host Pathways / SUMOylation of SUMOylation proteins / Transport of Mature mRNA Derived from an Intronless Transcript / structural constituent of nuclear pore / Rev-mediated nuclear export of HIV RNA / SUMOylation of RNA binding proteins / Nuclear import of Rev protein / RNA export from nucleus / NEP/NS2 Interacts with the Cellular Export Machinery / tRNA processing in the nucleus / Transport of Mature mRNA derived from an Intron-Containing Transcript / Postmitotic nuclear pore complex (NPC) reformation / positive regulation of mRNA splicing, via spliceosome / nucleocytoplasmic transport / Viral Messenger RNA Synthesis / nuclear localization sequence binding / SUMOylation of ubiquitinylation proteins / Vpr-mediated nuclear import of PICs / SUMOylation of DNA replication proteins / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; セリンエンドペプチターゼ / Regulation of HSF1-mediated heat shock response / mRNA transport / nuclear pore / Amplification of signal from unattached kinetochores via a MAD2 inhibitory signal / SUMOylation of DNA damage response and repair proteins / Mitotic Prometaphase / EML4 and NUDC in mitotic spindle formation / Resolution of Sister Chromatid Cohesion / serine-type peptidase activity / SUMOylation of chromatin organization proteins / nuclear periphery / HCMV Late Events / promoter-specific chromatin binding / RHO GTPases Activate Formins / molecular condensate scaffold activity / Transcriptional regulation by small RNAs / ISG15 antiviral mechanism / HCMV Early Events / protein import into nucleus / Separation of Sister Chromatids / nuclear envelope / snRNP Assembly / nuclear membrane / transcription coactivator activity / nuclear body / ribonucleoprotein complex / mRNA binding / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / proteolysis / RNA binding / nucleoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Nup98, Gle2-binding sequence / Nuclear pore complex protein NUP96, C-terminal domain / Nuclear protein 96 / Nuclear pore complex protein Nup98-Nup96-like, autopeptidase S59 domain / Nuclear pore complex protein Nup98-Nup96-like, autopeptidase S59 domain superfamily / Nucleoporin peptidase S59-like / Nucleoporin autopeptidase / NUP C-terminal domain profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
Nuclear pore complex protein Nup98-Nup96
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法電子顕微鏡法 / らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.76 Å
データ登録者Ibanez de Opakua, A. / Geraets, J.A. / Frieg, B. / Dienemann, C. / Savastano, A. / Rankovic, M. / Cima-Omori, M.-S. / Schroeder, G.F. / Zweckstetter, M.
資金援助 ドイツ, 2件
組織認可番号国
European Research Council (ERC)787679 ドイツ
German Research Foundation (DFG)656281 ドイツ
引用ジャーナル: Nat Chem / 年: 2022
タイトル: Molecular interactions of FG nucleoporin repeats at high resolution.
著者: Alain Ibáñez de Opakua / James A Geraets / Benedikt Frieg / Christian Dienemann / Adriana Savastano / Marija Rankovic / Maria-Sol Cima-Omori / Gunnar F Schröder / Markus Zweckstetter /
要旨: Proteins that contain repeat phenylalanine-glycine (FG) residues phase separate into oncogenic transcription factor condensates in malignant leukaemias, form the permeability barrier of the nuclear ...Proteins that contain repeat phenylalanine-glycine (FG) residues phase separate into oncogenic transcription factor condensates in malignant leukaemias, form the permeability barrier of the nuclear pore complex and mislocalize in neurodegenerative diseases. Insights into the molecular interactions of FG-repeat nucleoporins have, however, remained largely elusive. Using a combination of NMR spectroscopy and cryoelectron microscopy, we have identified uniformly spaced segments of transient β-structure and a stable preformed α-helix recognized by messenger RNA export factors in the FG-repeat domain of human nucleoporin 98 (Nup98). In addition, we have determined at high resolution the molecular organization of reversible FG-FG interactions in amyloid fibrils formed by a highly aggregation-prone segment in Nup98. We have further demonstrated that amyloid-like aggregates of the FG-repeat domain of Nup98 have low stability and are reversible. Our results provide critical insights into the molecular interactions underlying the self-association and phase separation of FG-repeat nucleoporins in physiological and pathological cell activities.
履歴
登録2021年11月5日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年10月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年11月16日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22024年7月17日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / em_admin / Item: _em_admin.last_update

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Nuclear pore complex protein Nup98
a: Nuclear pore complex protein Nup98
b: Nuclear pore complex protein Nup98
c: Nuclear pore complex protein Nup98
d: Nuclear pore complex protein Nup98
B: Nuclear pore complex protein Nup98
C: Nuclear pore complex protein Nup98
D: Nuclear pore complex protein Nup98
E: Nuclear pore complex protein Nup98
F: Nuclear pore complex protein Nup98
G: Nuclear pore complex protein Nup98
H: Nuclear pore complex protein Nup98
I: Nuclear pore complex protein Nup98
J: Nuclear pore complex protein Nup98
K: Nuclear pore complex protein Nup98
L: Nuclear pore complex protein Nup98
M: Nuclear pore complex protein Nup98
N: Nuclear pore complex protein Nup98
O: Nuclear pore complex protein Nup98
P: Nuclear pore complex protein Nup98
Q: Nuclear pore complex protein Nup98
R: Nuclear pore complex protein Nup98
S: Nuclear pore complex protein Nup98
T: Nuclear pore complex protein Nup98
U: Nuclear pore complex protein Nup98
V: Nuclear pore complex protein Nup98
W: Nuclear pore complex protein Nup98
X: Nuclear pore complex protein Nup98
Y: Nuclear pore complex protein Nup98
Z: Nuclear pore complex protein Nup98


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)120,15630
ポリマ－120,15630
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: microscopy
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
d_1ens_1(chain "A" and resid 86 through 121)
d_2ens_1chain "B"
d_3ens_1(chain "D" and resid 86 through 121)
d_4ens_1chain "E"
d_5ens_1(chain "G" and resid 86 through 121)
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d_7ens_1(chain "J" and resid 86 through 121)
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d_9ens_1(chain "M" and resid 86 through 121)
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d_11ens_1(chain "P" and resid 86 through 121)
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d_13ens_1(chain "S" and resid 86 through 121)
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d_15ens_1(chain "V" and resid 86 through 121)
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d_17ens_1(chain "Y" and resid 86 through 121)
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d_6ens_2chain "R"
d_7ens_2chain "U"
d_8ens_2chain "X"
d_9ens_2chain "a"
d_10ens_2chain "d"

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg label comp-IDEnd label comp-IDLabel asym-IDLabel seq-ID
d_11ens_1GLYGLYA2 - 37
d_21ens_1GLYGLYF1 - 36
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d_161ens_1GLYGLYW1 - 36
d_171ens_1GLYGLYY2 - 37
d_181ens_1GLYGLYZ1 - 36
d_191ens_1GLYGLYC2 - 37
d_201ens_1GLYGLYD1 - 36
d_11ens_2ALAGLYG1 - 34
d_21ens_2ALAGLYJ1 - 34
d_31ens_2ALAGLYM1 - 34
d_41ens_2ALAGLYP1 - 34
d_51ens_2ALAGLYS1 - 34
d_61ens_2ALAGLYV1 - 34
d_71ens_2ALAGLYY1 - 34
d_81ens_2ALAGLYX1 - 34
d_91ens_2ALAGLYB1 - 34
d_101ens_2ALAGLYE1 - 34

NCSアンサンブル:
ID
ens_1
ens_2

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要素

#1: タンパク質・ペプチド ...
Nuclear pore complex protein Nup98


分子量: 4005.211 Da / 分子数: 30 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NUP98, ADAR2 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P52948

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: FILAMENT / ３次元再構成法: らせん対称体再構成法

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試料調製

構成要素名称: The nuclear pore complex protein Nup98 fibril polymorph 1
タイプ: COMPLEX
詳細: The Nup98 polymorph 1 fibril is formed by three protofilaments, consisting of Nup98 monomers.
Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT
分子量実験値: NO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(組換発現)生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
緩衝液pH: 7
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 293 K

-
電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 81000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 2000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 700 nm / Cs: 2.7 mm
撮影平均露光時間: 2.557 sec. / 電子線照射量: 41 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 実像数: 4180

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
phenix.real_space_refine1.19.2_4158精密化
PHENIX1.19.2_4158精密化
EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
12RELION3.1３次元再構成
13PHENIXモデル精密化
14Cootモデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
らせん対称回転角度/サブユニット: -3.09 ° / 軸方向距離/サブユニット: 4.65 Å / らせん対称軸の対称性: C1
粒子像の選択選択した粒子像数: 356482
3次元再構成解像度: 2.76 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 71697 / 対称性のタイプ: HELICAL
精密化交差検証法: NONE
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
原子変位パラメータBiso mean: 28.65 Å2
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.01417960
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d1.343610760
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.08911190
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.00591460
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d10.19892510
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-IDRefine-IDタイプRms dev position (Å)
ens_1d_2AELECTRON MICROSCOPYNCS constraints1.11008214431
ens_1d_3AELECTRON MICROSCOPYNCS constraints0.197269271833
ens_1d_4AELECTRON MICROSCOPYNCS constraints1.11005824362
ens_1d_5AELECTRON MICROSCOPYNCS constraints0.197217463967
ens_1d_6AELECTRON MICROSCOPYNCS constraints1.11007631936
ens_1d_7AELECTRON MICROSCOPYNCS constraints0.197225981256
ens_1d_8AELECTRON MICROSCOPYNCS constraints1.1100536066
ens_1d_9AELECTRON MICROSCOPYNCS constraints0.197220899053
ens_1d_10AELECTRON MICROSCOPYNCS constraints1.11006378353
ens_1d_11AELECTRON MICROSCOPYNCS constraints0.197224582031
ens_1d_12AELECTRON MICROSCOPYNCS constraints1.11006659516
ens_1d_13AELECTRON MICROSCOPYNCS constraints0.197256295386
ens_1d_14AELECTRON MICROSCOPYNCS constraints1.11005195854
ens_1d_15AELECTRON MICROSCOPYNCS constraints0.197211784802
ens_1d_16AELECTRON MICROSCOPYNCS constraints1.1100771498
ens_1d_17AELECTRON MICROSCOPYNCS constraints0.197251735376
ens_1d_18AELECTRON MICROSCOPYNCS constraints1.11008703117
ens_1d_19AELECTRON MICROSCOPYNCS constraints0.276154931977
ens_1d_20AELECTRON MICROSCOPYNCS constraints1.11007545787
ens_2d_2GELECTRON MICROSCOPYNCS constraints0.000668844920366
ens_2d_3GELECTRON MICROSCOPYNCS constraints0.000628100882646
ens_2d_4GELECTRON MICROSCOPYNCS constraints0.00069517054433
ens_2d_5GELECTRON MICROSCOPYNCS constraints0.00062034365446
ens_2d_6GELECTRON MICROSCOPYNCS constraints0.00047590335746
ens_2d_7GELECTRON MICROSCOPYNCS constraints0.000598797711097
ens_2d_8GELECTRON MICROSCOPYNCS constraints0.000618122041302
ens_2d_9GELECTRON MICROSCOPYNCS constraints0.000629753209705
ens_2d_10GELECTRON MICROSCOPYNCS constraints0.000641090283248

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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