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- PDB-7q5y: Structure of NADH:ubichinon oxidoreductase (complex I) of the hyp... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7q5y
タイトルStructure of NADH:ubichinon oxidoreductase (complex I) of the hyperthermophilic eubacterium Aquifex aeolicus
要素
  • (NADH-quinone oxidoreductase subunit ...) x 5
  • NADH dehydrogenase I chain G
キーワードOXIDOREDUCTASE / complex I
機能・相同性
機能・相同性情報


トランスロカーゼ; ヒドロンの輸送の触媒; 酸化還元酵素反応を伴う / NADH dehydrogenase (quinone) (non-electrogenic) activity / NADH dehydrogenase complex / molybdenum ion binding / anaerobic respiration / electron transport coupled proton transport / respiratory chain complex I / NADH dehydrogenase (ubiquinone) activity / quinone binding / ATP synthesis coupled electron transport ...トランスロカーゼ; ヒドロンの輸送の触媒; 酸化還元酵素反応を伴う / NADH dehydrogenase (quinone) (non-electrogenic) activity / NADH dehydrogenase complex / molybdenum ion binding / anaerobic respiration / electron transport coupled proton transport / respiratory chain complex I / NADH dehydrogenase (ubiquinone) activity / quinone binding / ATP synthesis coupled electron transport / aerobic respiration / respiratory electron transport chain / 2 iron, 2 sulfur cluster binding / NAD binding / FMN binding / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / electron transfer activity / oxidoreductase activity / iron ion binding / metal ion binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
NADH-quinone oxidoreductase subunit CD / Ubiquitin-like (UB roll) - #740 / NADH:ubiquinone oxidoreductase Nqo5 subunit / Alpha-Beta Plaits - #3270 / Soluble ligand binding domain / NADH-ubiquinone oxidoreductase 51kDa subunit, iron-sulphur binding domain / Ubiquitin-like (UB roll) - #600 / SLBB domain / Molybdopterin oxidoreductase Fe4S4 domain / Cytochrome-c3 Hydrogenase; chain B ...NADH-quinone oxidoreductase subunit CD / Ubiquitin-like (UB roll) - #740 / NADH:ubiquinone oxidoreductase Nqo5 subunit / Alpha-Beta Plaits - #3270 / Soluble ligand binding domain / NADH-ubiquinone oxidoreductase 51kDa subunit, iron-sulphur binding domain / Ubiquitin-like (UB roll) - #600 / SLBB domain / Molybdopterin oxidoreductase Fe4S4 domain / Cytochrome-c3 Hydrogenase; chain B / Cytochrome-c3 Hydrogenase, chain B / Molybdopterin oxidoreductase Fe4S4 domain / de novo design (two linked rop proteins) / : / NADH-quinone oxidoreductase subunit 3, ferredoxin-like domain / Respiratory-chain NADH dehydrogenase 20 Kd subunit signature. / NADH-ubiquinone oxidoreductase, 20 Kd subunit / NADH-quinone oxidoreductase, chain I / NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit D/H / NADH-quinone oxidoreductase, subunit D / Respiratory-chain NADH dehydrogenase, 49 Kd subunit / Respiratory-chain NADH dehydrogenase 75 Kd subunit signature 1. / NADH:ubiquinone oxidoreductase, 30kDa subunit / NADH:ubiquinone oxidoreductase, 30kDa subunit superfamily / Respiratory-chain NADH dehydrogenase, 30 Kd subunit / NADH:ubiquinone oxidoreductase, 75kDa subunit, conserved site / NADH-ubiquinone oxidoreductase-G iron-sulfur binding region / NADH-ubiquinone oxidoreductase-G iron-sulfur binding region / Respiratory-chain NADH dehydrogenase 51 Kd subunit signature 1. / 2Fe-2S iron-sulfur cluster binding domain / Respiratory-chain NADH dehydrogenase 24 Kd subunit signature. / NuoE domain / NADH:ubiquinone oxidoreductase, subunit G, iron-sulphur binding / His(Cys)3-ligated-type [4Fe-4S] domain profile. / NADH-quinone oxidoreductase subunit E-like / NADH:ubiquinone oxidoreductase, 51kDa subunit, conserved site / Respiratory-chain NADH dehydrogenase 51 Kd subunit signature 2. / NADH-quinone oxidoreductase subunit E, N-terminal / NADH-ubiquinone oxidoreductase 51kDa subunit, iron-sulphur binding domain / NADH-ubiquinone oxidoreductase 51kDa subunit, iron-sulphur binding domain superfamily / NADH-ubiquinone oxidoreductase-F iron-sulfur binding region / NADH-ubiquinone oxidoreductase-F iron-sulfur binding region / Thioredoxin-like [2Fe-2S] ferredoxin / NADH-ubiquinone oxidoreductase 51kDa subunit, FMN-binding domain / NADH-ubiquinone oxidoreductase 51kDa subunit, FMN-binding domain superfamily / Nuo51 FMN-binding domain / Molybdopterin oxidoreductase, 4Fe-4S domain / Prokaryotic molybdopterin oxidoreductases 4Fe-4S domain profile. / NADH:ubiquinone oxidoreductase-like, 20kDa subunit / NADH ubiquinone oxidoreductase, 20 Kd subunit / [NiFe]-hydrogenase, large subunit / 4Fe-4S dicluster domain / Beta Polymerase; domain 2 / 2Fe-2S ferredoxin-type iron-sulfur binding domain profile. / 2Fe-2S ferredoxin-type iron-sulfur binding domain / 2Fe-2S ferredoxin-like superfamily / 4Fe-4S ferredoxin, iron-sulphur binding, conserved site / 4Fe-4S ferredoxin-type iron-sulfur binding region signature. / 4Fe-4S ferredoxin-type iron-sulfur binding domain profile. / 4Fe-4S ferredoxin-type, iron-sulphur binding domain / Ubiquitin-like (UB roll) / Thioredoxin-like superfamily / Alpha-Beta Plaits / Roll / Up-down Bundle / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / IRON/SULFUR CLUSTER / NADH dehydrogenase I chain G / NADH-quinone oxidoreductase subunit F / NADH-quinone oxidoreductase subunit E / NADH-quinone oxidoreductase subunit B / NADH-quinone oxidoreductase subunit C/D 2 / NADH-quinone oxidoreductase subunit I
類似検索 - 構成要素
生物種Aquifex aeolicus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Warkentin, E. / Ermler, U. / Peng, G.
資金援助 ドイツ, 1件
組織認可番号国
Max Planck Society ドイツ
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structure of NADH:ubichinon oxidoreductase (complex I) of the hyperthermophilic eubacterium Aquifex aeolicus
著者: Warkentin, E. / Ermler, U. / Peng, G.
履歴
登録2021年11月5日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年11月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年6月19日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: NADH dehydrogenase I chain G
B: NADH-quinone oxidoreductase subunit C/D 2
C: NADH-quinone oxidoreductase subunit F
D: NADH-quinone oxidoreductase subunit I
E: NADH-quinone oxidoreductase subunit E
F: NADH-quinone oxidoreductase subunit B
G: NADH dehydrogenase I chain G
H: NADH-quinone oxidoreductase subunit C/D 2
I: NADH-quinone oxidoreductase subunit F
J: NADH-quinone oxidoreductase subunit I
K: NADH-quinone oxidoreductase subunit E
L: NADH-quinone oxidoreductase subunit B
M: NADH dehydrogenase I chain G
N: NADH-quinone oxidoreductase subunit C/D 2
O: NADH-quinone oxidoreductase subunit F
P: NADH-quinone oxidoreductase subunit I
Q: NADH-quinone oxidoreductase subunit E
R: NADH-quinone oxidoreductase subunit B
S: NADH dehydrogenase I chain G
T: NADH-quinone oxidoreductase subunit C/D 2
U: NADH-quinone oxidoreductase subunit F
V: NADH-quinone oxidoreductase subunit I
W: NADH-quinone oxidoreductase subunit E
X: NADH-quinone oxidoreductase subunit B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,015,90568
ポリマ－1,001,42124
非ポリマー14,48444
水6,503361
1
A: NADH dehydrogenase I chain G
B: NADH-quinone oxidoreductase subunit C/D 2
C: NADH-quinone oxidoreductase subunit F
D: NADH-quinone oxidoreductase subunit I
E: NADH-quinone oxidoreductase subunit E
F: NADH-quinone oxidoreductase subunit B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)253,97617
ポリマ－250,3556
非ポリマー3,62111
水905
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area27230 Å2
ΔGint-349 kcal/mol
Surface area75100 Å2
手法PISA
2
G: NADH dehydrogenase I chain G
H: NADH-quinone oxidoreductase subunit C/D 2
I: NADH-quinone oxidoreductase subunit F
J: NADH-quinone oxidoreductase subunit I
K: NADH-quinone oxidoreductase subunit E
L: NADH-quinone oxidoreductase subunit B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)253,97617
ポリマ－250,3556
非ポリマー3,62111
水905
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area27320 Å2
ΔGint-344 kcal/mol
Surface area75620 Å2
手法PISA
3
M: NADH dehydrogenase I chain G
N: NADH-quinone oxidoreductase subunit C/D 2
O: NADH-quinone oxidoreductase subunit F
P: NADH-quinone oxidoreductase subunit I
Q: NADH-quinone oxidoreductase subunit E
R: NADH-quinone oxidoreductase subunit B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)253,97617
ポリマ－250,3556
非ポリマー3,62111
水905
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area27480 Å2
ΔGint-347 kcal/mol
Surface area75380 Å2
手法PISA
4
S: NADH dehydrogenase I chain G
T: NADH-quinone oxidoreductase subunit C/D 2
U: NADH-quinone oxidoreductase subunit F
V: NADH-quinone oxidoreductase subunit I
W: NADH-quinone oxidoreductase subunit E
X: NADH-quinone oxidoreductase subunit B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)253,97617
ポリマ－250,3556
非ポリマー3,62111
水905
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area27410 Å2
ΔGint-352 kcal/mol
Surface area75190 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)132.880, 240.240, 230.920
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 95.566, 90.000
Int Tables number3
Space group name H-MP121
Space group name HallP2y
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID
11
21
31
41
12
22
32
42
13
23
33
43
14
24
34
44
15
25
35
45
16
26
36
46

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
111chain 'A'A4 - 629
121chain 'A'A717
231chain 'G'G4 - 629
241chain 'G'G717
351chain 'M'M4 - 629
361chain 'M'M717
471chain 'S'S4 - 629
481chain 'S'S717
192chain 'B'B1 - 585
2102chain 'H'H1 - 585
3112chain 'N'N1 - 585
4122chain 'T'T1 - 585
1133chain 'C'C1 - 419
1143chain 'C'C500
2153chain 'I'I1 - 419
2163chain 'I'I500
3173chain 'O'O1 - 419
3183chain 'O'O500
4193chain 'U'U1 - 419
4203chain 'U'U500
1214chain 'D'D5 - 200
2224chain 'J'J5 - 200
3234chain 'P'P5 - 200
4244chain 'V'V5 - 200
1255chain 'E'E6 - 160
1265chain 'E'E720
2275chain 'K'K6 - 160
2285chain 'K'K720
3295chain 'Q'Q6 - 160
3305chain 'Q'Q720
4315chain 'W'W6 - 160
4325chain 'W'W720
1336chain 'F'F20 - 154
2346chain 'L'L20 - 154
3356chain 'R'R20 - 154
4366chain 'X'X20 - 154

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5
6

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 4分子 AGMS

#1: タンパク質
NADH dehydrogenase I chain G


分子量: 72875.633 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Aquifex aeolicus (strain VF5) (バクテリア)
株: VF5 / 参照: UniProt: O66748

-
NADH-quinone oxidoreductase subunit ... , 5種, 20分子 BHNTCIOUDJPVEKQWFLRX

#2: タンパク質
NADH-quinone oxidoreductase subunit C/D 2 / NADH dehydrogenase I subunit C/D 2 / NDH-1 subunit C/D 2


分子量: 67991.797 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Aquifex aeolicus (strain VF5) (バクテリア)
株: VF5
参照: UniProt: O67335, トランスロカーゼ; ヒドロンの輸送の触媒; 酸化還元酵素反応を伴う
#3: タンパク質
NADH-quinone oxidoreductase subunit F / NADH dehydrogenase I subunit F / NDH-1 subunit F


分子量: 47566.301 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Aquifex aeolicus (strain VF5) (バクテリア)
株: VF5
参照: UniProt: O66841, トランスロカーゼ; ヒドロンの輸送の触媒; 酸化還元酵素反応を伴う
#4: タンパク質
NADH-quinone oxidoreductase subunit I / NADH dehydrogenase I subunit I / NDH-1 subunit I


分子量: 23446.473 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Aquifex aeolicus (strain VF5) (バクテリア)
株: VF5
参照: UniProt: O67337, トランスロカーゼ; ヒドロンの輸送の触媒; 酸化還元酵素反応を伴う
#5: タンパク質
NADH-quinone oxidoreductase subunit E / NADH dehydrogenase I subunit E / NDH-1 subunit E


分子量: 18573.619 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Aquifex aeolicus (strain VF5) (バクテリア)
株: VF5
参照: UniProt: O66842, トランスロカーゼ; ヒドロンの輸送の触媒; 酸化還元酵素反応を伴う
#6: タンパク質
NADH-quinone oxidoreductase subunit B / NADH dehydrogenase I subunit B / NDH-1 subunit B


分子量: 19901.324 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Aquifex aeolicus (strain VF5) (バクテリア)
株: VF5
参照: UniProt: O67334, トランスロカーゼ; ヒドロンの輸送の触媒; 酸化還元酵素反応を伴う

-
非ポリマー , 4種, 405分子

#7: 化合物...
ChemComp-SF4 / IRON/SULFUR CLUSTER


分子量: 351.640 Da / 分子数: 32 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe4S4
#8: 化合物
ChemComp-FES / FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER


分子量: 175.820 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe2S2
#9: 化合物
ChemComp-FMN / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / RIBOFLAVIN MONOPHOSPHATE / FMN


分子量: 456.344 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H21N4O9P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#10: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 361 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.66 Å3/Da / 溶媒含有率: 66.42 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5
詳細: 0.1 M sodium acetate (pH 5.0), 40% methylpentanediol (MPD), 0.05% decyl-beta-D-maltoside

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 0.99998 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2010年5月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.99998 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→50 Å / Num. obs: 393067 / % possible obs: 98.1 % / 冗長度: 2.7 % / Biso Wilson estimate: 64.94 Å2 / Rrim(I) all: 0.128 / Net I/σ(I): 8.03
反射 シェル解像度: 2.7→2.75 Å / 冗長度: 2.7 % / Num. unique obs: 20959 / Rrim(I) all: 1.689 / % possible all: 98

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.16_3549精密化
PHENIX1.16_3549精密化
XDSデータ削減
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
XDSデータスケーリング
SHARPv2006/3位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.7→29.95 Å / SU ML: 0.3537 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 23.6686
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2087 19447 5.02 %
Rwork0.1694 367799 -
obs0.1714 387246 98.44 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 89.51 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.7→29.95 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数68252 0 412 361 69025
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.008770603
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.298895668
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.072710320
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.008520616
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.803942204
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.7-2.730.3556170.319712189X-RAY DIFFRACTION98.12
2.73-2.760.33856760.305212253X-RAY DIFFRACTION98.58
2.76-2.80.33926520.312210X-RAY DIFFRACTION98.85
2.8-2.830.33086440.288512368X-RAY DIFFRACTION98.85
2.83-2.870.30835990.273712324X-RAY DIFFRACTION99.06
2.87-2.910.31686490.271912280X-RAY DIFFRACTION99.14
2.91-2.950.31396940.268312329X-RAY DIFFRACTION99.13
2.95-2.990.29316610.25512303X-RAY DIFFRACTION99.17
2.99-3.040.28696120.24912380X-RAY DIFFRACTION99.11
3.04-3.090.29955920.239212382X-RAY DIFFRACTION99.22
3.09-3.140.28786220.236512299X-RAY DIFFRACTION99.11
3.14-3.20.27536600.221412354X-RAY DIFFRACTION99.25
3.2-3.260.26186380.208812380X-RAY DIFFRACTION99.28
3.26-3.330.24886360.204812335X-RAY DIFFRACTION99.2
3.33-3.40.23226250.193212395X-RAY DIFFRACTION99.29
3.4-3.480.23226810.185312270X-RAY DIFFRACTION99.28
3.48-3.570.2196510.176212379X-RAY DIFFRACTION99.35
3.57-3.660.2166710.168312369X-RAY DIFFRACTION99.31
3.66-3.770.20626350.160412326X-RAY DIFFRACTION99.18
3.77-3.890.1966880.151712312X-RAY DIFFRACTION99.16
3.89-4.030.18436640.146912362X-RAY DIFFRACTION99
4.03-4.190.17596520.141212291X-RAY DIFFRACTION98.94
4.19-4.380.17346670.133412295X-RAY DIFFRACTION98.75
4.38-4.610.17146590.130812290X-RAY DIFFRACTION98.56
4.61-4.90.17726410.133912296X-RAY DIFFRACTION98.3
4.9-5.280.18236840.140712124X-RAY DIFFRACTION97.77
5.28-5.80.18696570.151312145X-RAY DIFFRACTION97.5
5.8-6.640.18396730.147412115X-RAY DIFFRACTION96.88
6.64-8.330.17236580.140412012X-RAY DIFFRACTION95.77
8.33-29.950.15665890.12911432X-RAY DIFFRACTION90.42
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.4026027548740.0666180823773-0.101496080080.62294878641-0.02619253021020.7801558586190.07805890184580.02953948410140.243316511610.0218796063756-0.01919902362960.141216624477-0.493268520114-0.133213486276-0.02902795441980.5824300493690.1051739562140.06174848183960.4834438846250.03822571620630.466958378452142.208665589237.009855897220.938076379
20.9411007716140.360201089145-0.2473714014830.475035626565-0.06067988546890.716924096261-0.1992486703290.117104893701-0.705718047272-0.09672230459280.00841315016881-0.3492989724520.391676778230.1142813465890.04815718772570.5096028159450.1150426848910.1086920381910.48509122401-0.0979414153620.83209642065199.9532681653143.916566622197.978979308
30.794988221224-0.098047782221-0.2053255399770.3301737681750.02803013171021.15598167928-0.119577132405-0.18331507992-0.2614599147070.05916307617230.09730226168380.01621826166110.5398596694420.1268329208950.007405817371680.6286323931110.04945680067110.009981441794830.6350947959470.1143492646050.42817714043164.5457773631137.984905018145.719883292
40.4127433346830.0472088968316-0.01264032255280.133818579044-0.2276555461930.7427948430020.043441794073-0.01655648358420.235205215075-0.009958838105250.06234232796160.069016100598-0.667480370671-0.22693779713-0.03147125047231.275746622330.2202368634380.1657725499860.698902211843-0.02822920429330.54744034860423.2209237451233.409613328119.428164773
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1(chain 'A' or chain 'B' or chain 'C' or (chain 'D' and ((resid 27 through 201) or (resid 301 through 302))) or chain 'E' or chain 'F' )
2X-RAY DIFFRACTION2((chain 'G' ) or (chain 'H' ) or (chain 'I' ) or (chain 'J' and ((resid 27 through 201) or (resid 301 through 302))) or chain 'K' or chain 'L' )
3X-RAY DIFFRACTION3((chain 'M' ) or (chain 'N' ) or (chain 'O' ) or (chain 'P' and ((resid 27 through 201) or (resid 301 through 302))) or chain 'Q' or chain 'R' )
4X-RAY DIFFRACTION4(chain 'S' or chain 'T' or chain 'U' or (chain 'V' and ((resid 27 through 201) or (resid 301 through 302))) or chain 'W' or chain 'X' )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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