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- PDB-7q5v: HIF PROLYL HYDROXYLASE 2 (PHD2/EGLN1) IN COMPLEX WITH N-OXALYLGLY... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7q5v
タイトルHIF PROLYL HYDROXYLASE 2 (PHD2/EGLN1) IN COMPLEX WITH N-OXALYLGLYCINE (NOG) AND HIF-2 ALPHA CODD (523-542)
要素
  • Egl nine homolog 1
  • Endothelial PAS domain-containing protein 1
キーワードOXIDOREDUCTASE / PHD2 / HIF-2Alpha / Complex / Hypoxia
機能・相同性
機能・相同性情報


myoblast fate commitment / peptidyl-proline 4-dioxygenase activity / hypoxia-inducible factor-proline dioxygenase activity / hypoxia-inducible factor-proline dioxygenase / negative regulation of hypoxia-inducible factor-1alpha signaling pathway / peptidyl-proline dioxygenase activity / Cellular response to hypoxia / Transcriptional regulation of pluripotent stem cells / regulation of protein neddylation / regulation protein catabolic process at postsynapse ...myoblast fate commitment / peptidyl-proline 4-dioxygenase activity / hypoxia-inducible factor-proline dioxygenase activity / hypoxia-inducible factor-proline dioxygenase / negative regulation of hypoxia-inducible factor-1alpha signaling pathway / peptidyl-proline dioxygenase activity / Cellular response to hypoxia / Transcriptional regulation of pluripotent stem cells / regulation of protein neddylation / regulation protein catabolic process at postsynapse / PTK6 Expression / intracellular oxygen homeostasis / labyrinthine layer development / regulation of modification of postsynaptic structure / norepinephrine metabolic process / 2-oxoglutarate-dependent dioxygenase activity / heart trabecula formation / cardiac muscle tissue morphogenesis / surfactant homeostasis / L-ascorbic acid binding / epithelial cell maturation / Regulation of gene expression by Hypoxia-inducible Factor / response to nitric oxide / ventricular septum morphogenesis / regulation of neuron apoptotic process / enzyme inhibitor activity / blood vessel remodeling / regulation of angiogenesis / embryonic placenta development / Pexophagy / visual perception / regulation of heart rate / lung development / erythrocyte differentiation / mitochondrion organization / RNA polymerase II transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / Oxygen-dependent proline hydroxylation of Hypoxia-inducible Factor Alpha / mRNA transcription by RNA polymerase II / ferrous iron binding / multicellular organismal-level iron ion homeostasis / transcription coactivator binding / Neddylation / positive regulation of cold-induced thermogenesis / response to oxidative stress / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / angiogenesis / cellular response to hypoxia / transcription regulator complex / RNA polymerase II-specific DNA-binding transcription factor binding / intracellular iron ion homeostasis / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / response to hypoxia / postsynaptic density / nuclear speck / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / protein heterodimerization activity / intracellular membrane-bounded organelle / regulation of transcription by RNA polymerase II / chromatin / glutamatergic synapse / enzyme binding / signal transduction / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / zinc ion binding / nucleoplasm / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / HIF-1 alpha, transactivation domain, C-terminal / HIF-1 alpha C terminal transactivation domain / Hypoxia-inducible factor 1-alpha bHLH domain / Hypoxia-inducible factor, alpha subunit-like / Hypoxia-inducible factor-1 / Nuclear translocator / Prolyl 4-hydroxylase alpha subunit, Fe(2+) 2OG dioxygenase domain / 2OG-Fe(II) oxygenase superfamily / Prolyl 4-hydroxylase, alpha subunit ...: / HIF-1 alpha, transactivation domain, C-terminal / HIF-1 alpha C terminal transactivation domain / Hypoxia-inducible factor 1-alpha bHLH domain / Hypoxia-inducible factor, alpha subunit-like / Hypoxia-inducible factor-1 / Nuclear translocator / Prolyl 4-hydroxylase alpha subunit, Fe(2+) 2OG dioxygenase domain / 2OG-Fe(II) oxygenase superfamily / Prolyl 4-hydroxylase, alpha subunit / Prolyl 4-hydroxylase alpha subunit homologues. / MYND finger / Zinc finger MYND-type signature. / Zinc finger, MYND-type / Zinc finger MYND-type profile. / Oxoglutarate/iron-dependent dioxygenase / Fe(2+) 2-oxoglutarate dioxygenase domain profile. / PAC motif / Motif C-terminal to PAS motifs (likely to contribute to PAS structural domain) / PAS domain / helix loop helix domain / Myc-type, basic helix-loop-helix (bHLH) domain / Myc-type, basic helix-loop-helix (bHLH) domain profile. / Helix-loop-helix DNA-binding domain superfamily / PAS fold / PAS fold / PAS domain / PAS repeat profile. / PAS domain / PAS domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
FORMIC ACID / : / N-OXALYLGLYCINE / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Endothelial PAS domain-containing protein 1 / Egl nine homolog 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.17 Å
データ登録者Figg Jr, W.D. / McDonough, M.A. / Chowdhury, R. / Nakashima, Y. / Schofield, C.J.
資金援助 英国, 2件
組織認可番号国
Wellcome Trust106244/Z/14/Z 英国
Cancer Research UK 英国
引用ジャーナル: Proteins / 年: 2023
タイトル: Structural basis for binding of the renal carcinoma target hypoxia-inducible factor 2 alpha to prolyl hydroxylase domain 2.
著者: Figg Jr., W.D. / Fiorini, G. / Chowdhury, R. / Nakashima, Y. / Tumber, A. / McDonough, M.A. / Schofield, C.J.
履歴
登録2021年11月4日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年11月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年7月26日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年10月18日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.32024年1月31日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model
改定 1.42024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Egl nine homolog 1
B: Endothelial PAS domain-containing protein 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,20515
ポリマ－28,3462
非ポリマー85913
水4,720262
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: mass spectrometry
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4820 Å2
ΔGint-46 kcal/mol
Surface area11310 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)130.914, 38.322, 42.880
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

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タンパク質 / タンパク質・ペプチド , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Egl nine homolog 1 / Hypoxia-inducible factor prolyl hydroxylase 2 / HPH-2 / Prolyl hydroxylase domain-containing ...Hypoxia-inducible factor prolyl hydroxylase 2 / HPH-2 / Prolyl hydroxylase domain-containing protein 2 / PHD2 / SM-20


分子量: 26036.582 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: EGLN1, C1orf12, PNAS-118, PNAS-137 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: Q9GZT9, hypoxia-inducible factor-proline dioxygenase
#2: タンパク質・ペプチド Endothelial PAS domain-containing protein 1 / EPAS-1 / Basic-helix-loop-helix-PAS protein MOP2 / Class E basic helix-loop-helix protein 73 / ...EPAS-1 / Basic-helix-loop-helix-PAS protein MOP2 / Class E basic helix-loop-helix protein 73 / bHLHe73 / HIF-1-alpha-like factor / HLF / Hypoxia-inducible factor 2-alpha / HIF-2-alpha / HIF2-alpha / Member of PAS protein 2 / PAS domain-containing protein 2


分子量: 2309.544 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q99814

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非ポリマー , 8種, 275分子

#3: 化合物 ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#4: 化合物 ChemComp-OGA / N-OXALYLGLYCINE / N-オキサリルグリシン


分子量: 147.086 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H5NO5 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: 阻害剤*YM
#5: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#6: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#7: 化合物 ChemComp-FMT / FORMIC ACID / ギ酸


分子量: 46.025 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH2O2
#8: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#9: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#10: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 262 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.9 Å3/Da / 溶媒含有率: 35.17 % / 解説: Rod
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: Sample: 1.0 mM PHD2, 1.2 mM MnCl2, 2.0 mM NOG, 2 mM 3C, 2-4 mM HIF-2alpha-CODD; Reservoir: 0.31 M Magnesium formate (range: 0.25-0.39 M), 16.6% w/v polyethylene glycol 3350 (range: 18-22%); ...詳細: Sample: 1.0 mM PHD2, 1.2 mM MnCl2, 2.0 mM NOG, 2 mM 3C, 2-4 mM HIF-2alpha-CODD; Reservoir: 0.31 M Magnesium formate (range: 0.25-0.39 M), 16.6% w/v polyethylene glycol 3350 (range: 18-22%); Sitting drop (200 nl): protein-to-well ratio, 1:1; Cryo-protectant: 15% v/v dilution of reservoir with glycerol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I24 / 波長: 0.96861 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年2月9日
放射モノクロメーター: M / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.96861 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.17→43.64 Å / Num. obs: 73796 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 23.9 % / Biso Wilson estimate: 13.75 Å2 / CC1/2: 0.999 / CC star: 1 / Rmerge(I) obs: 0.1467 / Rpim(I) all: 0.03 / Rrim(I) all: 0.15 / Net I/σ(I): 11.1
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique obsCC1/2CC starRpim(I) allRrim(I) all% possible all
1.17-1.1915.43.8711.135400.390.7491.0464.26997.1
3.17-43.6723.637.340040.0140.07100

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation5.44 Å42.88 Å
Translation5.44 Å42.88 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.1_4122精密化
xia20.5.769データ削減
DIALS1.12.5データスケーリング
PHASER2.8.2位相決定
Coot0.9.6モデル構築
MolProbity4.5.1モデル構築
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3HQR

3hqr


解像度: 1.17→42.88 Å / SU ML: 0.14 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 18.04 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1792 3747 5.09 %
Rwork0.157 69907 -
obs0.158 73654 99.72 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 97.29 Å2 / Biso mean: 23.6567 Å2 / Biso min: 6.54 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.17→42.88 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1909 0 94 277 2280
Biso mean--56.04 32.83 -
残基数----243
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 27

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.17-1.180.3071300.31092435256596
1.18-1.20.31881290.30912542267198
1.2-1.220.30681190.286925502669100
1.22-1.230.29731540.285125632717100
1.23-1.250.24391450.266925562701100
1.25-1.270.26861320.250225562688100
1.27-1.290.23791250.246825502675100
1.29-1.320.24821640.223225342698100
1.32-1.340.24741450.217825852730100
1.34-1.360.23241460.208125482694100
1.36-1.390.20791270.202625742701100
1.39-1.420.2041460.196825842730100
1.42-1.460.21331440.18625122656100
1.46-1.490.20971410.189725952736100
1.49-1.530.20751210.183826302751100
1.53-1.580.18081270.166825612688100
1.58-1.630.18741440.156725792723100
1.63-1.690.18691260.159126052731100
1.69-1.750.21211570.154825692726100
1.75-1.830.19111490.14526012750100
1.83-1.930.15141530.146125932746100
1.93-2.050.16261410.141326102751100
2.05-2.210.15351530.136626192772100
2.21-2.430.14361210.13326412762100
2.43-2.790.15931380.135726492787100
2.79-3.510.15881340.132227162850100
3.51-42.880.1611360.139528502986100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
16.95794.2682-3.58677.802-1.63482.1313-0.3015-0.91010.28930.96640.0480.0382-0.32890.17310.30170.25480.102-0.01880.2824-0.0680.22129.552526.725916.9036
21.322-0.58930.2152.0044-0.35171.2035-0.0582-0.1439-0.11420.15080.1007-0.03550.0707-0.0323-0.04130.07860.0064-0.0220.11770.00260.106418.86456.419413.9396
32.429-0.5775-0.02651.1761-0.13470.7089-0.0545-0.05330.0240.0540.06220.0349-0.0456-0.0844-0.00470.09080.0102-0.01440.0899-0.0070.091213.250311.46489.359
43.4010.66090.10182.1372-1.08694.3044-0.0164-0.05070.17490.11560.0057-0.2111-0.26140.1677-0.00610.0911-0.0066-0.03180.0649-0.03250.172530.056215.534612.1641
52.3613-0.76270.46121.556-0.59822.4077-0.0174-0.060.10640.0150.017-0.1769-0.11080.0799-0.00840.0841-0.0152-0.01750.0618-0.00940.113424.671514.11019.0196
64.52891.20573.84691.32970.94935.3005-0.05810.2062-0.1334-0.13640.08510.0380.0775-0.0439-0.05170.0855-0.01070.00650.0978-0.00980.096410.2435.03981.9494
74.92751.6357-2.58035.1947-4.57194.85190.00941.2414-0.013-1.42830.1017-0.41940.62010.7370.04460.3357-00.06160.3481-0.03360.195124.10912.9201-7.2898
85.75940.0934-2.20140.90940.03451.0438-0.33390.1698-0.87630.11370.01810.2580.1621-0.21190.30430.1179-0.0120.0260.1491-0.01630.21846.8311.72376.0215
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 185 through 197 )A185 - 197
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 198 through 266 )A198 - 266
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 267 through 329 )A267 - 329
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 330 through 353 )A330 - 353
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 354 through 381 )A354 - 381
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 382 through 407 )A382 - 407
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 523 through 529 )B523 - 529
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 530 through 542 )B530 - 542

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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