PDB-7q5c: Crystal structure of OmpG in space group 96

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7q5c

タイトル

Crystal structure of OmpG in space group 96

要素

Outer membrane porin G

キーワード

MEMBRANE PROTEIN (膜タンパク質) / OmpG / Channel /

Membrane (生体膜) /

Oligosaccharide (オリゴ糖)

機能・相同性

機能・相同性情報

oligosaccharide transporting porin activity / carbohydrate transmembrane transport / maltose transporting porin activity /

porin activity / pore complex / monoatomic ion transport / cell outer membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.717 Å

データ登録者

Nguyen, T.T.M. / Khan, A.R. / Barringer, R. / McManus, J.J. / Race, P.R.

資金援助

European Union, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Experimental phase diagrams to optimise OmpG
著者: Nguyen, T.T.M. / Khan, A.R. / Barringer, R. / McManus, J.J. / Race, P.R.

履歴

登録	2021年11月3日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2022年11月16日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月31日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7q5c.cif.gz	110.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7q5c.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7q5c.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q5/7q5c ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q5/7q5c	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2iwvS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

XXX: Outer membrane porin G

ヘテロ分子

33.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	71.343, 71.343, 200.464
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	96
Space group name H-M	P4₃2₁2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	XXX-515- HOH

#1: タンパク質

Outer membrane porin G / Outer membrane protein G / OmpG

分子量: 32936.527 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: Residues showing unresolvable side chains (i.e. with low confidence regarding fit to electron density) have been represented as Alanines in lieu of the bona fide residues.
由来: (組換発現)

Escherichia coli (strain K12) (大腸菌)
株: K12 / 遺伝子: ompG, b1319, JW1312 / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P76045

#2: 化合物

ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル /

ポリエチレングリコール

分子量: 194.226 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₈O₅ / コメント: 沈殿剤*YM

#3: 糖

ChemComp-BOG / octyl beta-D-glucopyranoside / Beta-Octylglucoside / octyl beta-D-glucoside / octyl D-glucoside / octyl glucoside / オクチルβ-D-グルコピラノシド /

Octyl glucoside

タイプ: D-saccharide / 分子量: 292.369 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₄H₂₈O₆ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: 可溶化剤*YM

#4: 化合物

ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン

分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: Na

#5: 水

ChemComp-HOH / water /

水

分子量: 18.015 Da / 分子数: 17 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

研究の焦点であるリガンドがあるか

Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 4.41 Å³/Da / 溶媒含有率: 72.08 %
結晶化	温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 5.6 詳細: 30-60 mM Sodium Citrate, 50-70mM NaCl, 12-14 % (w/v) PEG-3350, 60-65 mM n-octyl-beta-d-glucoside, 6-12 mg/mL protein Temp details: 20/21 celsius

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 2 / 波長: 0.97918 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年3月31日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.717→67.304 Å / Num. obs: 14670 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 2 % / R_rim(I) all: 0.0247 / Net I/σ(I): 16.9
反射シェル	解像度: 2.717→2.788 Å / Num. unique obs: 980 / R_rim(I) all: 0.83

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0258	精密化
Coot		モデル構築
xia2		データ削減
XDS		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 2iwv

2iwv

解像度: 2.717→67.304 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.829 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.884 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.518 / ESU R Free: 0.37
詳細: Hydrogens have been used in their riding positions for refinement.

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.328	1453	9.905 %
R_work	0.274	13217	-
all	0.278	-	-
obs	-	14670	99.633 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 77.184 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-3.734 Å²	-0 Å²	-0 Å²
2-	-	-3.734 Å²	0 Å²
3-	-	-	7.469 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.717→67.304 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2056	0	61	17	2134

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.009	0.013	2178
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.036	0.017	1831
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.858	1.664	2953
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	2.503	1.613	4234
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	9.862	5	250
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	36.74	22.647	136
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	19.056	15	285
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	25.072	15	12
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.075	0.2	262
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.009	0.02	2473
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.011	0.02	531
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.197	0.2	354
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.23	0.2	1677
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.189	0.2	918
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.085	0.2	980
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.158	0.2	54
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.095	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.205	0.2	5
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.164	0.2	33
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.207	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	7.503	8.206	1012
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	7.499	8.206	1011
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	10.614	12.287	1258
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	10.612	12.286	1259
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	8.159	8.663	1166
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	8.156	8.664	1166
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	11.435	12.859	1695
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	11.433	12.859	1696
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	14.11	88.642	2248
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	14.107	88.655	2245

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.717-2.788	0.368	89	0.397	925	X-RAY DIFFRACTION	95.7507
2.788-2.864	0.356	98	0.358	931	X-RAY DIFFRACTION	99.806
2.864-2.947	0.402	97	0.322	904	X-RAY DIFFRACTION	100
2.947-3.038	0.434	90	0.31	882	X-RAY DIFFRACTION	100
3.038-3.137	0.345	97	0.283	864	X-RAY DIFFRACTION	100
3.137-3.248	0.314	109	0.261	821	X-RAY DIFFRACTION	100
3.248-3.37	0.299	77	0.236	814	X-RAY DIFFRACTION	100
3.37-3.508	0.294	100	0.216	742	X-RAY DIFFRACTION	100
3.508-3.664	0.3	82	0.235	744	X-RAY DIFFRACTION	99.8791
3.664-3.842	0.372	69	0.238	729	X-RAY DIFFRACTION	100
3.842-4.05	0.347	78	0.257	682	X-RAY DIFFRACTION	100
4.05-4.296	0.279	57	0.24	660	X-RAY DIFFRACTION	100
4.296-4.592	0.27	81	0.202	613	X-RAY DIFFRACTION	100
4.592-4.96	0.286	61	0.218	565	X-RAY DIFFRACTION	100
4.96-5.433	0.304	61	0.236	537	X-RAY DIFFRACTION	100
5.433-6.074	0.344	55	0.277	490	X-RAY DIFFRACTION	100
6.074-7.012	0.352	49	0.219	438	X-RAY DIFFRACTION	99.7951
7.012-8.586	0.313	40	0.256	383	X-RAY DIFFRACTION	100
8.586-12.131	0.414	34	0.282	307	X-RAY DIFFRACTION	99.7076
12.131-67.304	0.366	29	0.548	186	X-RAY DIFFRACTION	100

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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