PDB-7q4x: Crystal Structure of Equine Serum Albumin in Complex with Cefaclor

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7q4x

タイトル

Crystal Structure of Equine Serum Albumin in Complex with Cefaclor

要素

Albumin

キーワード

TRANSPORT PROTEIN / antibiotic transport / cefaclor binding / complex

機能・相同性

機能・相同性情報

lipid binding / extracellular space / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Equus caballus (ウマ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.12 Å

データ登録者

Duszynski, K. / Sekula, B. / Bujacz, A.

資金援助

ポーランド, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Binding of beta-lactam antibiotics by equine, caprine and ovine serum albumins
著者: Sekula, B. / Duszynski, K. / Talaj, J. / Bujacz, A.

履歴

登録	2021年11月2日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2023年5月17日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年2月7日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7q4x.cif.gz	248.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7q4x.ent.gz	201.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7q4x.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7q4x_validation.pdf.gz	1.2 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7q4x_full_validation.pdf.gz	1.2 MB	表示
XML形式データ	7q4x_validation.xml.gz	25.5 KB	表示
CIF形式データ	7q4x_validation.cif.gz	35.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q4/7q4x ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q4/7q4x	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4zbqS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#258 - 2021年6月糖質コルチコイド受容体とデキサメタゾン (Glucocorticoid Receptor and Dexamethasone) 類似性 (9) #37 - 2003年1月血清アルブミン (Serum Albumin) 類似性 (9) #186 - 2015年6月終末糖化産物受容体 (Receptor for Advanced Glycation End Products) 類似性 (9) #155 - 2012年11月ビタミンD受容体 (Vitamin D Receptor) 類似性 (8) #190 - 2015年10月 2つの要素で構成される検知・応答系 (Two-component Systems) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#258 - 2021年6月
糖質コルチコイド受容体とデキサメタゾン (Glucocorticoid Receptor and Dexamethasone)
類似性 (9)
#37 - 2003年1月
血清アルブミン (Serum Albumin)
類似性 (9)
#186 - 2015年6月
終末糖化産物受容体 (Receptor for Advanced Glycation End Products)
類似性 (9)
#155 - 2012年11月
ビタミンD受容体 (Vitamin D Receptor)
類似性 (8)
#190 - 2015年10月
2つの要素で構成される検知・応答系 (Two-component Systems)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Albumin

ヘテロ分子

67.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	94.750, 94.750, 142.620
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	169
Space group name H-M	P6₁

-
タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質	Albumin 分子量: 65271.520 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Equus caballus (ウマ) / 組織: Blood / 参照: UniProt: F7BAY6

-
非ポリマー , 6種, 156分子

#2: 化合物	ChemComp-8XI / Cefaclor / (6R,7R)-7-[[(2R)-2-azanyl-2-phenyl-ethanoyl]amino]-3-chloranyl-8-oxidanylidene-5-thia-1-azabicyclo[4.2.0]oct-2-ene-2-carboxylic acid / セファクロル分子量: 367.807 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₅H₁₄ClN₃O₄S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-MLI / MALONATE ION / マロナ-ト分子量: 102.046 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₂O₄
#4: 化合物	ChemComp-LMR / (2S)-2-hydroxybutanedioic acid / L-Malate / L-りんご酸分子量: 134.087 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₆O₅
#5: 化合物	ChemComp-FMT / FORMIC ACID / ギ酸分子量: 46.025 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH₂O₂
#6: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン分子量: 59.044 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂
#7: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 139 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.84 Å³/Da / 溶媒含有率: 56.65 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5 詳細: Native ESA crystals grown in 2.0 M ammonium sulfate and 0.1 M acetate buffer at pH 5.0 soaked with cefaclor

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.9184 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年11月29日 / 詳細: Sagittally bended Si111-crystal
放射	モノクロメーター: Double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9184 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.12→47.38 Å / Num. obs: 41089 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 13.81 % / B_iso Wilson estimate: 37.79 Å² / CC_1/2: 1 / Net I/σ(I): 22.27
反射シェル	解像度: 2.12→2.49 Å / 冗長度: 13.97 % / Mean I/σ(I) obs: 1.47 / Num. unique obs: 6556 / CC_1/2: 0.597 / % possible all: 99

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0103	精密化
PDB_EXTRACT	3.27	データ抽出
XDS	2	データ削減
Coot	0.8.1	モデル構築
XDS		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4ZBQ

4zbq

解像度: 2.12→47.38 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.969 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.938 / SU B: 15.181 / SU ML: 0.182 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.201 / ESU R Free: 0.19 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT U VALUES : WITH TLS ADDED

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2494	2052	5 %	RANDOM
R_work	0.1866	-	-	-
obs	0.1897	38982	99.88 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 132.47 Å² / B_iso mean: 57.168 Å² / B_iso min: 29.06 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.46 Å²	0.23 Å²	0 Å²
2-	-	0.46 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-1.48 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.12→47.38 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4568	0	121	139	4828
B_iso mean	-	-	74.6	53.13	-
残基数	-	-	-	-	580

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.025	0.019	4824
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	2.525	1.965	6509
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.743	5	585
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	37.386	24.93	213
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	18.122	15	866
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	20.178	15	21
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.159	0.2	708
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.014	0.021	3641

LS精密化シェル

解像度: 2.12→2.175 Å / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.356	151	-
R_work	0.331	2868	-
all	-	3019	-
obs	-	-	99.74 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	5.0098	-0.971	0.5445	1.2208	0.3269	1.1956	0.1439	0.1728	0.1139	-0.3762	0.1193	0.1056	-0.1629	-0.163	-0.2632	0.2603	-0.1001	-0.0305	0.1399	0.1229	0.1418	41.6915	42.2653	70.8029
2	8.4692	-2.0627	-4.0187	2.172	0.4698	3.4571	0.3537	0.7061	-0.0692	-0.6439	-0.0773	-0.4526	0.2831	0.12	-0.2764	0.5861	-0.1153	-0.0727	0.3675	-0.1024	0.3346	50.6068	28.956	57.632
3	5.9586	0.38	-3.0008	2.5969	-0.7648	3.042	0.0805	0.2108	-0.5083	-0.7022	-0.1375	-0.5272	0.1695	0.4917	0.057	0.3684	-0.0884	0.0465	0.3976	-0.0463	0.2363	54.8541	21.2873	63.6932
4	1.1868	1.1545	1.1779	1.699	0.7271	1.4768	0.0578	-0.0002	0.2264	0.0963	-0.1613	0.3646	0.0581	0.1194	0.1035	0.1508	-0.0039	-0.066	0.1164	-0.0209	0.1376	41.1223	19.8194	84.5748
5	1.4109	1.7673	0.7025	3.3098	-0.0667	1.3077	-0.063	0.2396	-0.1659	0.0042	0.1687	-0.2984	-0.0918	0.425	-0.1057	0.0747	-0.0414	-0.0478	0.3403	-0.1338	0.1253	55.6501	20.7232	84.5115
6	5.2409	0.7168	0.0308	0.1563	-0.0084	0.0057	0.0996	-0.3952	0.1612	0.144	-0.1034	-0.0151	-0.0169	0.0255	0.0038	0.3314	-0.0466	-0.0903	0.1778	0.0002	0.0315	37.3713	5.1314	98.0146
7	2.3017	-1.0607	0.0347	1.2499	0.6071	2.9972	-0.1329	-0.0736	-0.1456	0.0697	0.1172	0.2236	0.0176	-0.2748	0.0157	0.1692	0.0205	-0.0559	0.1006	-0.0016	0.1049	30.4396	2.5361	90.5514
8	1.2129	-0.3435	-2.4972	0.1699	0.3663	7.867	-0.1459	0.0499	-0.2437	0.0304	-0.0853	0.0904	0.1335	0.061	0.2311	0.2006	-0.0048	0.0151	0.0966	-0.0034	0.1146	36.0832	-5.1405	78.0893
9	2.1912	-2.1752	0.4395	2.5645	-0.3213	0.2202	-0.0587	0.0948	0.1994	0.0248	-0.0661	-0.1198	0.0378	-0.0866	0.1248	0.2412	-0.0192	-0.0061	0.1487	-0.0587	0.0699	33.311	2.9734	57.6171
10	0.2557	-0.1272	0.3452	0.7464	0.2876	0.8189	0.0015	-0.0302	0.0261	-0.1139	0.061	-0.0956	0.0214	0.0249	-0.0625	0.201	-0.0061	-0.052	0.1416	0.0022	0.0719	38.6126	8.6434	65.8989
11	1.3848	-1.5853	-0.0791	2.0019	-0.6975	5.468	0.0908	0.0894	-0.0698	-0.1114	-0.0897	0.1829	0.3848	-0.5552	-0.0011	0.1533	-0.0758	-0.0007	0.1676	-0.071	0.2065	23.9756	7.2301	67.9655
12	1.502	-0.0132	-1.269	1.0085	-1.3724	3.0106	0.1545	0.0545	0.0928	-0.1593	-0.1068	-0.0253	0.0021	0.018	-0.0477	0.304	0.0818	0.0073	0.1145	-0.0213	0.0167	33.3079	7.0735	44.7349
13	3.0723	1.949	-1.3486	1.5546	-1.589	2.3491	-0.0082	0.0727	-0.0843	-0.1655	0.0201	-0.0389	0.2742	-0.051	-0.0119	0.3004	0.1028	0.0117	0.0756	-0.0079	0.0421	35.0268	-0.9419	38.6535

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	4 - 109
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	110 - 150
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	151 - 201
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	202 - 253
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	254 - 298
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	299 - 339
7	X-RAY DIFFRACTION	7	A	340 - 369
8	X-RAY DIFFRACTION	8	A	370 - 401
9	X-RAY DIFFRACTION	9	A	402 - 420
10	X-RAY DIFFRACTION	10	A	421 - 471
11	X-RAY DIFFRACTION	11	A	472 - 500
12	X-RAY DIFFRACTION	12	A	501 - 540
13	X-RAY DIFFRACTION	13	A	541 - 583

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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