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- PDB-7q4x: Crystal Structure of Equine Serum Albumin in Complex with Cefaclor -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7q4x
タイトルCrystal Structure of Equine Serum Albumin in Complex with Cefaclor
要素Albumin
キーワードTRANSPORT PROTEIN / antibiotic transport / cefaclor binding / complex
機能・相同性
機能・相同性情報


lipid binding / extracellular space / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Serum Albumin; Chain A, Domain 1 - #10 / Serum albumin/Alpha-fetoprotein/Afamin / ALB/AFP/VDB / Serum albumin, N-terminal / Serum albumin, conserved site / Serum albumin-like / Serum albumin family / Albumin domain signature. / Albumin domain profile. / serum albumin ...Serum Albumin; Chain A, Domain 1 - #10 / Serum albumin/Alpha-fetoprotein/Afamin / ALB/AFP/VDB / Serum albumin, N-terminal / Serum albumin, conserved site / Serum albumin-like / Serum albumin family / Albumin domain signature. / Albumin domain profile. / serum albumin / Serum Albumin; Chain A, Domain 1 / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Cefaclor / ACETATE ION / FORMIC ACID / (2S)-2-hydroxybutanedioic acid / MALONATE ION / Albumin
類似検索 - 構成要素
生物種Equus caballus (ウマ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.12 Å
データ登録者Duszynski, K. / Sekula, B. / Bujacz, A.
資金援助 ポーランド, 1件
組織認可番号国
Polish National Science Centre2013/11/B/ST5/02271 ポーランド
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Binding of beta-lactam antibiotics by equine, caprine and ovine serum albumins
著者: Sekula, B. / Duszynski, K. / Talaj, J. / Bujacz, A.
履歴
登録2021年11月2日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年5月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年2月7日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.22024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Albumin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)67,09218
ポリマ－65,2721
非ポリマー1,82017
水2,504139
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3110 Å2
ΔGint12 kcal/mol
Surface area26190 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)94.750, 94.750, 142.620
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number169
Space group name H-MP61

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Albumin


分子量: 65271.520 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Equus caballus (ウマ) / 組織: Blood / 参照: UniProt: F7BAY6

-
非ポリマー , 6種, 156分子

#2: 化合物 ChemComp-8XI / Cefaclor / (6R,7R)-7-[[(2R)-2-azanyl-2-phenyl-ethanoyl]amino]-3-chloranyl-8-oxidanylidene-5-thia-1-azabicyclo[4.2.0]oct-2-ene-2-carboxylic acid / セファクロル


分子量: 367.807 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C15H14ClN3O4S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物
ChemComp-MLI / MALONATE ION / マロナ-ト


分子量: 102.046 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H2O4
#4: 化合物 ChemComp-LMR / (2S)-2-hydroxybutanedioic acid / L-Malate / L-りんご酸


分子量: 134.087 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H6O5
#5: 化合物
ChemComp-FMT / FORMIC ACID / ギ酸


分子量: 46.025 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH2O2
#6: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 139 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.84 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.65 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5
詳細: Native ESA crystals grown in 2.0 M ammonium sulfate and 0.1 M acetate buffer at pH 5.0 soaked with cefaclor

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.9184 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年11月29日 / 詳細: Sagittally bended Si111-crystal
放射モノクロメーター: Double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9184 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.12→47.38 Å / Num. obs: 41089 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 13.81 % / Biso Wilson estimate: 37.79 Å2 / CC1/2: 1 / Net I/σ(I): 22.27
反射 シェル解像度: 2.12→2.49 Å / 冗長度: 13.97 % / Mean I/σ(I) obs: 1.47 / Num. unique obs: 6556 / CC1/2: 0.597 / % possible all: 99

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0103精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
XDS2データ削減
Coot0.8.1モデル構築
XDSデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4ZBQ

4zbq


解像度: 2.12→47.38 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.969 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.938 / SU B: 15.181 / SU ML: 0.182 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.201 / ESU R Free: 0.19 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2494 2052 5 %RANDOM
Rwork0.1866 ---
obs0.1897 38982 99.88 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 132.47 Å2 / Biso mean: 57.168 Å2 / Biso min: 29.06 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.46 Å20.23 Å20 Å2
2--0.46 Å2-0 Å2
3----1.48 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.12→47.38 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4568 0 121 139 4828
Biso mean--74.6 53.13 -
残基数----580
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0250.0194824
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.5251.9656509
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.7435585
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.38624.93213
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.12215866
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.1781521
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1590.2708
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0140.0213641
LS精密化 シェル解像度: 2.12→2.175 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.356 151 -
Rwork0.331 2868 -
all-3019 -
obs--99.74 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
15.0098-0.9710.54451.22080.32691.19560.14390.17280.1139-0.37620.11930.1056-0.1629-0.163-0.26320.2603-0.1001-0.03050.13990.12290.141841.691542.265370.8029
28.4692-2.0627-4.01872.1720.46983.45710.35370.7061-0.0692-0.6439-0.0773-0.45260.28310.12-0.27640.5861-0.1153-0.07270.3675-0.10240.334650.606828.95657.632
35.95860.38-3.00082.5969-0.76483.0420.08050.2108-0.5083-0.7022-0.1375-0.52720.16950.49170.0570.3684-0.08840.04650.3976-0.04630.236354.854121.287363.6932
41.18681.15451.17791.6990.72711.47680.0578-0.00020.22640.0963-0.16130.36460.05810.11940.10350.1508-0.0039-0.0660.1164-0.02090.137641.122319.819484.5748
51.41091.76730.70253.3098-0.06671.3077-0.0630.2396-0.16590.00420.1687-0.2984-0.09180.425-0.10570.0747-0.0414-0.04780.3403-0.13380.125355.650120.723284.5115
65.24090.71680.03080.1563-0.00840.00570.0996-0.39520.16120.144-0.1034-0.0151-0.01690.02550.00380.3314-0.0466-0.09030.17780.00020.031537.37135.131498.0146
72.3017-1.06070.03471.24990.60712.9972-0.1329-0.0736-0.14560.06970.11720.22360.0176-0.27480.01570.16920.0205-0.05590.1006-0.00160.104930.43962.536190.5514
81.2129-0.3435-2.49720.16990.36637.867-0.14590.0499-0.24370.0304-0.08530.09040.13350.0610.23110.2006-0.00480.01510.0966-0.00340.114636.0832-5.140578.0893
92.1912-2.17520.43952.5645-0.32130.2202-0.05870.09480.19940.0248-0.0661-0.11980.0378-0.08660.12480.2412-0.0192-0.00610.1487-0.05870.069933.3112.973457.6171
100.2557-0.12720.34520.74640.28760.81890.0015-0.03020.0261-0.11390.061-0.09560.02140.0249-0.06250.201-0.0061-0.0520.14160.00220.071938.61268.643465.8989
111.3848-1.5853-0.07912.0019-0.69755.4680.09080.0894-0.0698-0.1114-0.08970.18290.3848-0.5552-0.00110.1533-0.0758-0.00070.1676-0.0710.206523.97567.230167.9655
121.502-0.0132-1.2691.0085-1.37243.01060.15450.05450.0928-0.1593-0.1068-0.02530.00210.018-0.04770.3040.08180.00730.1145-0.02130.016733.30797.073544.7349
133.07231.949-1.34861.5546-1.5892.3491-0.00820.0727-0.0843-0.16550.0201-0.03890.2742-0.051-0.01190.30040.10280.01170.0756-0.00790.042135.0268-0.941938.6535
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A4 - 109
2X-RAY DIFFRACTION2A110 - 150
3X-RAY DIFFRACTION3A151 - 201
4X-RAY DIFFRACTION4A202 - 253
5X-RAY DIFFRACTION5A254 - 298
6X-RAY DIFFRACTION6A299 - 339
7X-RAY DIFFRACTION7A340 - 369
8X-RAY DIFFRACTION8A370 - 401
9X-RAY DIFFRACTION9A402 - 420
10X-RAY DIFFRACTION10A421 - 471
11X-RAY DIFFRACTION11A472 - 500
12X-RAY DIFFRACTION12A501 - 540
13X-RAY DIFFRACTION13A541 - 583

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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