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- PDB-7q47: Endolysin from bacteriophage Enc34, catalytic domain -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7q47
タイトルEndolysin from bacteriophage Enc34, catalytic domain
要素Endolysin
キーワードHYDROLASE / beta-N-acetylglucosaminidase / peptidoglycan / bacteriophage
機能・相同性membrane => GO:0016020 / Endolysin
機能・相同性情報
生物種Enterobacter phage Enc34 (ファージ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Cernooka, E. / Rumnieks, J. / Kazaks, A. / Tars, K.
資金援助 Latvia, 2件
組織認可番号国
Other privateSIA Mikrotikls scholarship for exact and medical sciences Latvia
Other governmentESF project 8.2.2.0/20/I/006 Latvia
引用ジャーナル: Sci Rep / 年: 2022
タイトル: Diversity of the lysozyme fold: structure of the catalytic domain from an unusual endolysin encoded by phage Enc34.
著者: Cernooka, E. / Rumnieks, J. / Zrelovs, N. / Tars, K. / Kazaks, A.
履歴
登録2021年10月29日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年11月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02022年2月9日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Non-polymer description / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: atom_site / atom_type ...atom_site / atom_type / chem_comp / entity / pdbx_contact_author / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_validate_torsion / refine / refine_hist / refine_ls_restr / refine_ls_restr_ncs / refine_ls_shell / software / struct_asym / struct_conn / struct_ncs_dom / struct_ncs_dom_lim
Item: _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight ..._chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _pdbx_validate_torsion.phi / _pdbx_validate_torsion.psi / _refine.B_iso_max / _refine.B_iso_mean / _refine.B_iso_min / _refine.correlation_coeff_Fo_to_Fc / _refine.correlation_coeff_Fo_to_Fc_free / _refine.ls_R_factor_R_free / _refine.ls_R_factor_R_work / _refine.ls_R_factor_obs / _refine.overall_SU_B / _refine.overall_SU_ML / _refine.pdbx_diffrn_id / _refine.pdbx_overall_ESU_R / _refine.pdbx_overall_ESU_R_Free / _refine_hist.number_atoms_solvent / _refine_hist.number_atoms_total / _refine_hist.pdbx_B_iso_mean_ligand / _refine_hist.pdbx_B_iso_mean_solvent / _refine_hist.pdbx_number_atoms_ligand / _refine_hist.pdbx_number_atoms_protein / _refine_ls_restr.dev_ideal / _refine_ls_restr.number / _refine_ls_shell.R_factor_R_free / _refine_ls_shell.R_factor_R_work / _software.classification / _software.name / _software.version / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id
解説: Model completeness
詳細: Several improvements have neen made compared to the original model: - missing OXT atom added to chain A; - an alternative conformation modeled for residue Met123B; - an alternative ...詳細: Several improvements have neen made compared to the original model: - missing OXT atom added to chain A; - an alternative conformation modeled for residue Met123B; - an alternative conformation for Glu118 in both protein chains replaced with a chloride ion to better explain the observed electron density; - minor adjustments to side chain conformations for Arg36A, Lys84A, Arg140A; - more water molecules modeled; - NCS restraints used in refinement.
Provider: author / タイプ: Coordinate replacement
改定 2.12022年6月1日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 2.22024年5月1日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Endolysin
B: Endolysin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,5066
ポリマ－38,3892
非ポリマー1174
水4,756264
1
A: Endolysin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,2302
ポリマ－19,1941
非ポリマー351
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Endolysin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,2764
ポリマ－19,1941
非ポリマー813
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)65.304, 128.993, 36.279
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: SER / Beg label comp-ID: SER / End auth comp-ID: LYS / End label comp-ID: LYS / Refine code: _ / Auth seq-ID: 4 - 168 / Label seq-ID: 5 - 169

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB

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要素

#1: タンパク質 Endolysin


分子量: 19194.439 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Enterobacter phage Enc34 (ファージ)
発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: H6WYJ5
#2: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: Na
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 264 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.99 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.2 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.2
詳細: 0.1 M phosphate/citrate, 0.2 M sodium chloride, 20% w/v PEG 8000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: MAX IV / ビームライン: BioMAX / 波長: 0.9763 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年7月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9763 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.6→45.89 Å / Num. obs: 41411 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 12.156 % / Biso Wilson estimate: 30.667 Å2 / CC1/2: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.168 / Rrim(I) all: 0.175 / Χ2: 0.903 / Net I/σ(I): 9.9 / Num. measured all: 503383
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
1.6-1.711.3941.5252.0377078676667650.7681.597100
1.7-1.811.9621.0793.1564035535353530.8831.127100
1.8-1.912.4430.7684.8353593430743070.9450.801100
1.9-212.6220.5616.8644076349234920.9690.585100
2-2.212.6430.3689.9966048522452240.9850.383100
2.2-2.512.4740.24313.0463355508050790.990.253100
2.5-312.3620.15716.8857102462046190.9930.163100
3-412.0760.11620.3744767370837070.9950.121100
4-511.7080.10621.8715900135813580.9940.11100
5-45.8911.5650.08921.9417429151115070.9950.09399.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0267精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
Cootモデル構築
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: Enc34 ORF39-SeMet

解像度: 1.6→45.89 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.966 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.95 / SU B: 2.052 / SU ML: 0.069 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.093 / ESU R Free: 0.092 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2091 2071 5 %RANDOM
Rwork0.1774 ---
obs0.179 39341 99.98 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 78.8 Å2 / Biso mean: 24.451 Å2 / Biso min: 11.81 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.21 Å2-0 Å20 Å2
2--0.78 Å2-0 Å2
3----0.99 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.6→45.89 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2591 0 4 264 2859
Biso mean--29 33.59 -
残基数----324
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0132667
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0172490
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5191.6573623
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.4221.5895714
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.1045325
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.02421.696171
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.75615445
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg13.4891528
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0750.2348
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.023111
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02661
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 4957 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Rms dev position: 0.14 Å / Weight position: 0.05

Dom-IDAuth asym-ID
1A
2B
LS精密化 シェル解像度: 1.6→1.642 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.286 151 -
Rwork0.3 2866 -
all-3017 -
obs--99.97 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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