PDB-7q45: Crystal structure of RCC1-Like domain 2 of ubiquitin ligase HERC2...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7q45

タイトル

Crystal structure of RCC1-Like domain 2 of ubiquitin ligase HERC2 in complex with DXDKDED motif of Myelin transcription factor 1

要素

E3 ubiquitin-protein ligase HERC2
Myelin transcription factor 1

キーワード

PROTEIN BINDING (タンパク質) / 7-bladed beta-propeller E3 ubiquitin-protein ligase HERC2 RCC1-like Domain 2 RLD2 MYT1 Myelin transcription factor 1 DXDKDED motif

機能・相同性

機能・相同性情報

SUMO binding / HECT-type E3 ubiquitin transferase / SUMOylation of DNA damage response and repair proteins /

中心小体 / guanyl-nucleotide exchange factor activity / Nonhomologous End-Joining (NHEJ) /

intracellular protein transport / G2/M DNA damage checkpoint /

ubiquitin protein ligase activity / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation ...
類似検索 - 分子機能

Myelin transcription factor 1 / Myelin transcription factor 1 /

HERC2, APC10 domain /

HERC2, zinc finger, ZZ-type / Beta-propeller repeat TECPR / Mib-herc2 / Mib/herc2 domain superfamily / Mib_herc2 / MIB/HERC2 domain profile. / Beta propeller repeats in Physarum polycephalum tectonins, Limulus lectin L-6 and animal hypothetical proteins. ...
類似検索 - ドメイン・相同性

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.09999588083 Å

データ登録者

Demenge, A. / Howard, E. / Cousido-Siah, A. / Mitschler, A. / Podjarny, A. / McEwen, A.G. / Trave, G.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of RCC1-Like domain 2 of ubiquitin ligase HERC2 in complex with DXDKDED motif of Myelin transcription factor 1
著者: Demenge, A. / Howard, E. / Cousido-Siah, A. / Mitschler, A. / Podjarny, A. / McEwen, A.G. / Trave, G.

履歴

登録	2021年10月29日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2022年11月16日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月31日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7q45.cif.gz	506.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7q45.ent.gz	368.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7q45.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q4/7q45 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q4/7q45	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	3kciS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
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登録構造単位

A: E3 ubiquitin-protein ligase HERC2

C: E3 ubiquitin-protein ligase HERC2

E: E3 ubiquitin-protein ligase HERC2

B: Myelin transcription factor 1

D: Myelin transcription factor 1

F: Myelin transcription factor 1

ヘテロ分子

134 kDa, 6 ポリマー
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1

A: E3 ubiquitin-protein ligase HERC2

B: Myelin transcription factor 1

登録者が定義した集合体
44.5 kDa, 2 ポリマー
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2

C: E3 ubiquitin-protein ligase HERC2

D: Myelin transcription factor 1

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
44.7 kDa, 2 ポリマー
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3

E: E3 ubiquitin-protein ligase HERC2

F: Myelin transcription factor 1

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
44.9 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	108.390, 108.390, 242.310
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	96
Space group name H-M	P4₃2₁2
Space group name Hall	P4nw2abw
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -y+1/2,x+1/2,z+3/4 #3: y+1/2,-x+1/2,z+1/4 #4: x+1/2,-y+1/2,-z+1/4 #5: -x+1/2,y+1/2,-z+3/4 #6: -x,-y,z+1/2 #7: y,x,-z #8: -y,-x,-z+1/2

#1: タンパク質	E3 ubiquitin-protein ligase HERC2 / HECT domain and RCC1-like domain-containing protein 2 / HECT-type E3 ubiquitin transferase HERC2 分子量: 42770.566 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HERC2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O95714, HECT-type E3 ubiquitin transferase
#2: タンパク質・ペプチド	Myelin transcription factor 1 / MyT1 / Myelin transcription factor I / MyTI / PLPB1 / Proteolipid protein-binding protein 分子量: 1708.721 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成詳細: n-terminally biotinylated peptide via 1,13-diamino-4,7,10-trioxatridecan-succinamic acid 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q01538
#3: 化合物	ChemComp-CIT / CITRIC ACID / クエン酸 / クエン酸分子量: 192.124 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 式: C₆H₈O₇
#4: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 840 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.96 Å³/Da / 溶媒含有率: 58.43 %
結晶化	温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 8 詳細: hanging drop 20% PEG 3350 0.18M tris amonium citrate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 0.999985 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 2M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年9月18日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.999985 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.1→48.473 Å / Num. obs: 84379 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 26.794735657 % / B_iso Wilson estimate: 30.3915849439 Å² / CC_1/2: 0.995 / Net I/σ(I): 9.67
反射シェル	解像度: 2.1→2.15 Å / Num. unique obs: 6077 / CC_1/2: 0.456

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.12_2829	精密化
PHENIX	1.12_2829	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3kci

3kci

解像度: 2.09999588083→48.4734816162 Å / SU ML: 0.2737683186 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34348031376 / 位相誤差: 21.8201218509
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.22436902922	4242	5.03089457892 %
R_work	0.184268613443	80077	-
obs	0.186274376691	84319	99.3039689083 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 35.8498423392 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.09999588083→48.4734816162 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	8423	0	39	840	9302

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.00406365384325	8628
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.788392478161	11653
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0605568486461	1294
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.00389398864439	1510
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	19.378098221	3086

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.1-2.1239	0.31413167867	128	0.280058016658	2616	X-RAY DIFFRACTION	98.4924623116
2.1239-2.1488	0.351780375418	153	0.277165345219	2588	X-RAY DIFFRACTION	98.7391930836
2.1488-2.1751	0.307863673778	150	0.27925595638	2579	X-RAY DIFFRACTION	98.7337192475
2.1751-2.2026	0.313334297462	126	0.264724662964	2617	X-RAY DIFFRACTION	98.7045699892
2.2026-2.2316	0.302880363235	136	0.261461699333	2618	X-RAY DIFFRACTION	98.9224137931
2.2316-2.2621	0.321789334641	142	0.261200245141	2620	X-RAY DIFFRACTION	98.7839771102
2.2621-2.2945	0.340724254567	150	0.245790406171	2595	X-RAY DIFFRACTION	98.9902632528
2.2945-2.3287	0.275799920312	133	0.239026471284	2634	X-RAY DIFFRACTION	98.8567345481
2.3287-2.3651	0.270275835357	147	0.235851101145	2637	X-RAY DIFFRACTION	99.0747330961
2.3651-2.4039	0.291794841078	144	0.225873542726	2641	X-RAY DIFFRACTION	99.039829303
2.4039-2.4453	0.250998925551	169	0.225098788843	2576	X-RAY DIFFRACTION	98.9902632528
2.4453-2.4898	0.274679377899	137	0.213804981724	2635	X-RAY DIFFRACTION	99.1771019678
2.4898-2.5377	0.261460762098	154	0.217557794371	2657	X-RAY DIFFRACTION	99.2234380515
2.5377-2.5895	0.265320354159	112	0.212995653311	2656	X-RAY DIFFRACTION	99.2114695341
2.5895-2.6458	0.290941508446	156	0.215941852356	2630	X-RAY DIFFRACTION	99.2518703242
2.6458-2.7073	0.25878448422	132	0.210921709525	2658	X-RAY DIFFRACTION	99.3236027056
2.7073-2.775	0.241354348243	144	0.201451415338	2647	X-RAY DIFFRACTION	99.3592025632
2.775-2.85	0.230342857326	126	0.197271178325	2670	X-RAY DIFFRACTION	99.2193044713
2.85-2.9339	0.213078405315	134	0.187884888765	2668	X-RAY DIFFRACTION	99.5381882771
2.9339-3.0286	0.261220735191	150	0.180067089596	2672	X-RAY DIFFRACTION	99.5063469676
3.0286-3.1368	0.224363002818	146	0.185525208228	2650	X-RAY DIFFRACTION	99.679144385
3.1368-3.2623	0.219726764676	126	0.177089075744	2731	X-RAY DIFFRACTION	99.6164574616
3.2623-3.4108	0.242408229386	138	0.180321735708	2683	X-RAY DIFFRACTION	99.5764207554
3.4108-3.5906	0.174721860055	134	0.156103666207	2676	X-RAY DIFFRACTION	99.7161107168
3.5906-3.8154	0.172871044807	151	0.14283155283	2708	X-RAY DIFFRACTION	99.8254189944
3.8154-4.1099	0.154849234291	134	0.131681829269	2730	X-RAY DIFFRACTION	99.8257232485
4.1099-4.5232	0.19291265776	150	0.135349263803	2744	X-RAY DIFFRACTION	99.9654576857
4.5232-5.1771	0.164521573811	132	0.145489031164	2777	X-RAY DIFFRACTION	100
5.1771-6.5201	0.18850691933	148	0.164513968923	2799	X-RAY DIFFRACTION	99.9321804001
6.5201-48.4734816162	0.207701254869	160	0.18902098329	2965	X-RAY DIFFRACTION	99.7446536866

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.01442787263	-2.3138012781	0.0800457431046	5.08468381792	0.427846550013	1.74615077723	0.155906306681	0.305785822609	-0.0751507925524	-0.391593670016	-0.0688694865565	0.49906537437	-0.0667420192432	-0.471568240001	-0.0883046702876	0.217999868149	0.0371519236292	-0.00761069081999	0.486852848008	0.0716026127456	0.253122862693	-25.9006606821	-36.0564343024	-44.9562308829
2	3.63112617411	-0.647033162244	0.17277578265	3.04281299521	0.631496255393	3.19994228903	-0.0817865641027	-0.0560027770524	0.338018173845	0.144281415186	0.234210527261	0.280846700497	-0.596560671499	-0.629971455194	-0.160823681326	0.385349206761	0.201932986374	0.0846163839187	0.438082859074	0.072837506457	0.287225581409	-25.8037117615	-24.218268052	-27.0813767565
3	3.3193467645	-1.09788939857	-0.526539018087	3.2506748696	0.280709579029	2.92086160871	-0.0235142206286	-0.183593491675	0.318157943477	0.254904397261	0.143320861958	-0.0889136361406	-0.391244148815	0.0622973172545	-0.120387813587	0.23084725046	0.0380673248555	-0.00196131591271	0.211511089939	0.00959007494035	0.173805013775	-6.43538445455	-31.1053305273	-27.2517482301
4	3.2965855325	1.83651639079	-1.25586952797	5.58304035844	-1.35340295702	4.75542717769	0.116467474834	0.292735573079	0.0470331330402	-0.229263530116	0.00297269334146	-0.200723105195	-0.0281280609502	0.204956130698	-0.121781739385	0.183704934287	0.0728501750852	0.0181365321903	0.272438217366	0.0218738051387	0.161264024164	-7.6267137657	-40.4356847957	-44.7683401325
5	3.21465689355	1.02507451991	-1.61734917601	2.7255179707	-1.31196938657	2.7252413787	-0.134889560368	0.459209984013	-0.114588352864	-0.55600976891	-0.0453512177217	0.0398233254622	0.268662087371	-0.24823801142	0.191036301811	0.277141738456	-0.00603097032812	-0.0125455727544	0.299744167248	-0.0534276598281	0.159177136288	-21.1023750461	-63.3806057646	-7.87514353523
6	5.18936850041	-0.471129855031	-0.0577384216589	2.09396647447	-1.36744056525	5.50082233218	-0.00614027272692	0.124206189807	0.0736220918533	-0.0426465894417	0.045445085873	0.449622245773	0.165833902345	-0.483868436739	-0.023360184682	0.186001003547	-0.0484365566869	-0.00409290652539	0.232907522038	-0.0572531311168	0.264332847613	-33.6594387461	-62.3204624523	6.19901104552
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精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 2958 through 3063 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 3064 through 3144 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 3145 through 3250 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 3251 through 3326 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'C' and (resid 2959 through 3037 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'C' and (resid 3038 through 3106 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'C' and (resid 3107 through 3169 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'C' and (resid 3170 through 3250 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'C' and (resid 3251 through 3326 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'E' and (resid 2959 through 3063 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'E' and (resid 3064 through 3169 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'E' and (resid 3170 through 3326 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 249 through 257 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'D' and (resid 248 through 257 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'F' and (resid 249 through 255 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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