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Yorodumi- PDB-7q44: Crystal structure of RCC1-Like domain 2 of ubiquitin ligase HERC2... -
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Open data
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Basic information
| Entry | Database: PDB / ID: 7q44 | ||||||
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| Title | Crystal structure of RCC1-Like domain 2 of ubiquitin ligase HERC2 in complex with DXDKDED motif of deubiquitinase USP35 | ||||||
Components |
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Keywords | PROTEIN BINDING / 7-bladed beta-propeller HERC2 RCC1-like Domain 2 RLD2 ubiquitin ligase USP35 deubiquitinase DXDKDED motif | ||||||
| Function / homology | Function and homology informationSUMO binding / HECT-type E3 ubiquitin transferase / negative regulation of Notch signaling pathway / protein deubiquitination / SUMOylation of DNA damage response and repair proteins / centriole / guanyl-nucleotide exchange factor activity / intracellular protein transport / Nonhomologous End-Joining (NHEJ) / G2/M DNA damage checkpoint ...SUMO binding / HECT-type E3 ubiquitin transferase / negative regulation of Notch signaling pathway / protein deubiquitination / SUMOylation of DNA damage response and repair proteins / centriole / guanyl-nucleotide exchange factor activity / intracellular protein transport / Nonhomologous End-Joining (NHEJ) / G2/M DNA damage checkpoint / regulation of protein stability / neuron differentiation / ubiquitin protein ligase activity / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / Recruitment and ATM-mediated phosphorylation of repair and signaling proteins at DNA double strand breaks / Processing of DNA double-strand break ends / spermatogenesis / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / ubiquitinyl hydrolase 1 / cysteine-type deubiquitinase activity / protein ubiquitination / DNA repair / DNA damage response / ubiquitin protein ligase binding / mitochondrion / proteolysis / zinc ion binding / nucleoplasm / nucleus / membrane / plasma membrane / cytoplasm / cytosol Similarity search - Function | ||||||
| Biological species | Homo sapiens (human) | ||||||
| Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.20007772782 Å | ||||||
Authors | Demenge, A. / Howard, E. / Cousido-Siah, A. / Mitschler, A. / Podjarny, A. / McEwen, A.G. / Trave, G. | ||||||
| Funding support | 1items
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Citation | Journal: To Be PublishedTitle: Crystal structure of RCC1-Like domain 2 of ubiquitin ligase HERC2 in complex with DXDKDED motif of deubiquitinase USP35 Authors: Demenge, A. / Howard, E. / Cousido-Siah, A. / Mitschler, A. / Podjarny, A. / McEwen, A.G. / Trave, G. | ||||||
| History |
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Structure visualization
| Structure viewer | Molecule: Molmil Jmol/JSmol |
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Downloads & links
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Download
| PDBx/mmCIF format | 7q44.cif.gz | 501.6 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
|---|---|---|---|---|
| PDB format | pdb7q44.ent.gz | 364.3 KB | Display | PDB format |
| PDBx/mmJSON format | 7q44.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
| Others | Other downloads |
-Validation report
| Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q4/7q44 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q4/7q44 | HTTPS FTP |
|---|
-Related structure data
| Related structure data | ![]() 3kciS S: Starting model for refinement |
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| Similar structure data | Similarity search - Function & homology F&H Search |
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Links
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Assembly
| Deposited unit | ![]()
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| 1 | ![]()
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| 2 | ![]()
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| 3 | ![]()
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| Unit cell |
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Components
| #1: Protein | Mass: 42770.566 Da / Num. of mol.: 3 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Gene: HERC2 / Production host: ![]() References: UniProt: O95714, HECT-type E3 ubiquitin transferase #2: Protein/peptide | Mass: 1554.461 Da / Num. of mol.: 3 / Source method: obtained synthetically Details: n-terminally biotinylated peptide via 1,13-diamino-4,7,10-trioxatridecan-succinamic acid Source: (synth.) Homo sapiens (human) / References: UniProt: Q9P2H5, ubiquitinyl hydrolase 1#3: Chemical | #4: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | N | |
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-Experimental details
-Experiment
| Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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Sample preparation
| Crystal | Density Matthews: 2.96 Å3/Da / Density % sol: 58.49 % |
|---|---|
| Crystal grow | Temperature: 293.15 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 8 / Details: 20% PEG 3350 0.18M tris amonium citrate |
-Data collection
| Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
|---|---|
| Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SLS / Beamline: X06DA / Wavelength: 1.000029 Å |
| Detector | Type: DECTRIS PILATUS 2M-F / Detector: PIXEL / Date: Dec 10, 2020 |
| Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
| Radiation wavelength | Wavelength: 1.000029 Å / Relative weight: 1 |
| Reflection | Resolution: 2.2→49.516 Å / Num. obs: 74354 / % possible obs: 99.9 % / Redundancy: 26.7427710681 % / Biso Wilson estimate: 32.0006866889 Å2 / CC1/2: 0.994 / Net I/σ(I): 8.65 |
| Reflection shell | Resolution: 2.2→2.26 Å / Num. unique obs: 5417 / CC1/2: 0.444 |
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Processing
| Software |
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| Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENTStarting model: 3KCI Resolution: 2.20007772782→49.5160649028 Å / SU ML: 0.272364994255 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34635839883 / Phase error: 22.4754614035 Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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| Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Displacement parameters | Biso mean: 37.187308999 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.20007772782→49.5160649028 Å
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| Refine LS restraints |
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| LS refinement shell |
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| Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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| Refinement TLS group |
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Movie
Controller
About Yorodumi



Homo sapiens (human)
X-RAY DIFFRACTION
Citation
PDBj











