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Yorodumi- PDB-7q43: Crystal structure of RCC1-Like domain 2 of ubiquitin ligase HERC2... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7q43 | ||||||
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Title | Crystal structure of RCC1-Like domain 2 of ubiquitin ligase HERC2 in complex with DXDKDED motif of dedicator of cytokinesis protein 10 | ||||||
Components |
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Keywords | PROTEIN BINDING / 7-bladed beta-propeller E3 ubiquitin-protein ligase HERC2 RCC1-like Domain 2 RLD2 ubiquitin ligase dedicator of cytokinesis protein 10 Dock 10 DXDKDED motif | ||||||
Function / homology | Function and homology information marginal zone B cell differentiation / SUMO binding / HECT-type E3 ubiquitin transferase / dendritic spine morphogenesis / small GTPase-mediated signal transduction / B cell homeostasis / CDC42 GTPase cycle / RAC2 GTPase cycle / RAC3 GTPase cycle / SUMOylation of DNA damage response and repair proteins ...marginal zone B cell differentiation / SUMO binding / HECT-type E3 ubiquitin transferase / dendritic spine morphogenesis / small GTPase-mediated signal transduction / B cell homeostasis / CDC42 GTPase cycle / RAC2 GTPase cycle / RAC3 GTPase cycle / SUMOylation of DNA damage response and repair proteins / RAC1 GTPase cycle / regulation of cell migration / centriole / positive regulation of GTPase activity / guanyl-nucleotide exchange factor activity / Nonhomologous End-Joining (NHEJ) / intracellular protein transport / G2/M DNA damage checkpoint / small GTPase binding / ubiquitin protein ligase activity / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / Recruitment and ATM-mediated phosphorylation of repair and signaling proteins at DNA double strand breaks / Factors involved in megakaryocyte development and platelet production / Processing of DNA double-strand break ends / spermatogenesis / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / dendritic spine / protein ubiquitination / DNA repair / DNA damage response / glutamatergic synapse / ubiquitin protein ligase binding / extracellular exosome / zinc ion binding / nucleoplasm / membrane / nucleus / plasma membrane / cytosol / cytoplasm Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Homo sapiens (human) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.4000234708 Å | ||||||
Authors | Demenge, A. / Howard, E. / Cousido-Siah, A. / Mitschler, A. / Podjarny, A. / McEwen, A.G. / Trave, G. | ||||||
Funding support | 1items
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Citation | Journal: To Be Published Title: Crystal structure of RCC1-Like domain 2 of ubiquitin ligase HERC2 in complex with DXDKDED motif of dedicator of cytokinesis protein 10 Authors: Demenge, A. / Howard, E. / Cousido-Siah, A. / Mitschler, A. / Podjarny, A. / McEwen, A.G. / Trave, G. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 7q43.cif.gz | 495.6 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb7q43.ent.gz | 361.2 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 7q43.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 7q43_validation.pdf.gz | 490.1 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 7q43_full_validation.pdf.gz | 500.1 KB | Display | |
Data in XML | 7q43_validation.xml.gz | 45.6 KB | Display | |
Data in CIF | 7q43_validation.cif.gz | 65.8 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q4/7q43 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q4/7q43 | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 3kciS S: Starting model for refinement |
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Similar structure data | Similarity search - Function & homologyF&H Search |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 42770.566 Da / Num. of mol.: 3 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Gene: HERC2 / Production host: Escherichia coli (E. coli) References: UniProt: O95714, HECT-type E3 ubiquitin transferase #2: Protein/peptide | Mass: 2832.874 Da / Num. of mol.: 3 / Source method: obtained synthetically Details: n-terminally biotinylated peptide via 1,13-diamino-4,7,10-trioxatridecan-succinamic acid Source: (synth.) Homo sapiens (human) / References: UniProt: Q96BY6 #3: Chemical | ChemComp-CIT / | #4: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | N | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.01 Å3/Da / Density % sol: 59.15 % |
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Crystal grow | Temperature: 293.15 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 8 Details: hanging drop 20% PEG 3350 0.18M tris amonium citrate |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SLS / Beamline: X06DA / Wavelength: 0.999997 Å |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 2M-F / Detector: PIXEL / Date: Jun 23, 2020 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.999997 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.4→49.665 Å / Num. obs: 57945 / % possible obs: 99.7 % / Redundancy: 37.6713780309 % / Biso Wilson estimate: 33.6856059616 Å2 / CC1/2: 0.983 / Net I/σ(I): 5.77 |
Reflection shell | Resolution: 2.4→2.46 Å / Num. unique obs: 4230 / CC1/2: 0.41 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 3KCI Resolution: 2.4000234708→49.6652591346 Å / SU ML: 0.336717390306 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34350427896 / Phase error: 25.8287899636 Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 38.167441888 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.4000234708→49.6652591346 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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