PDB-7q42: Crystal structure of RCC1-Like domain 2 of ubiquitin ligase HERC2...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7q42

タイトル

Crystal structure of RCC1-Like domain 2 of ubiquitin ligase HERC2 in complex with DXDKDED motif of chromatin reader BAZ2B

要素

Bromodomain adjacent to zinc finger domain protein 2B
E3 ubiquitin-protein ligase HERC2

キーワード

PROTEIN BINDING / 7-bladed beta-propeller E3 ubiquitin-protein ligase HERC2 RCC1-like Domain2 RLD2 BAZ2B chromatin reader DXDKDED motif

機能・相同性

機能・相同性情報

SUMO binding / HECT-type E3 ubiquitin transferase / negative regulation of Notch signaling pathway / SUMOylation of DNA damage response and repair proteins / centriole / guanyl-nucleotide exchange factor activity / intracellular protein transport / Nonhomologous End-Joining (NHEJ) / G2/M DNA damage checkpoint / neuron differentiation ...
類似検索 - 分子機能

HERC2, APC10 domain / HERC2, zinc finger, ZZ-type / : / Beta-propeller repeat TECPR / Beta propeller repeats in Physarum polycephalum tectonins, Limulus lectin L-6 and animal hypothetical proteins. / Mib-herc2 / Mib/herc2 domain superfamily / Mib_herc2 / MIB/HERC2 domain profile. / CPH domain ...HERC2, APC10 domain / HERC2, zinc finger, ZZ-type / : / Beta-propeller repeat TECPR / Beta propeller repeats in Physarum polycephalum tectonins, Limulus lectin L-6 and animal hypothetical proteins. / Mib-herc2 / Mib/herc2 domain superfamily / Mib_herc2 / MIB/HERC2 domain profile. / CPH domain / Mouse development and cellular proliferation protein Cullin-7 / Regulator of chromosome condensation (RCC1) signature 2. / Regulator of chromosome condensation (RCC1) repeat / Regulator of chromosome condensation, RCC1 / Regulator of chromosome condensation (RCC1) repeat profile. / APC10/DOC domain / Anaphase-promoting complex, subunit 10 (APC10) / DOC domain profile. / Anaphase-promoting complex, subunit 10 (APC10) / Regulator of chromosome condensation 1/beta-lactamase-inhibitor protein II / Cytochrome b5 family, heme-binding domain profile. / Cytochrome b5-like heme/steroid binding domain / Cytochrome b5-like heme/steroid binding domain superfamily / Cytochrome b5-like Heme/Steroid binding domain / Cytochrome b5-like Heme/Steroid binding domain / HECT domain / HECT, E3 ligase catalytic domain / HECT-domain (ubiquitin-transferase) / HECT domain profile. / Domain Homologous to E6-AP Carboxyl Terminus with / BAZ2A/BAZ2B, bromodomain / Zinc finger ZZ-type signature. / DDT domain / DDT domain / WHIM2 domain / Williams-Beuren syndrome DDT (WSD), D-TOX E motif / DDT domain profile. / domain in different transcription and chromosome remodeling factors / Zinc-binding domain, present in Dystrophin, CREB-binding protein. / Zinc finger, ZZ type / Zinc finger, ZZ-type / Zinc finger, ZZ-type superfamily / Zinc finger ZZ-type profile. / Methyl-CpG binding domain / Methyl-CpG DNA binding / Methyl-CpG binding domain / Methyl-CpG-binding domain (MBD) profile. / DNA-binding domain superfamily / PHD-finger / Zinc finger PHD-type profile. / Zinc finger, PHD-finger / Zinc finger, PHD-type / PHD zinc finger / Galactose-binding-like domain superfamily / Zinc finger, FYVE/PHD-type / Bromodomain, conserved site / Bromodomain signature. / Bromodomain / Bromodomain profile. / bromo domain / Bromodomain / Bromodomain-like superfamily / Ribosomal protein L2, domain 2 / Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type
類似検索 - ドメイン・相同性

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.95002486823 Å

データ登録者

Demenge, A. / Howard, E. / Cousido-Siah, A. / Mitschler, A. / Podjarny, A. / McEwen, A.G. / Trave, G.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of RCC1-Like domain 2 of ubiquitin ligase HERC2 in complex with DXDKDED motif of chromatin reader BAZ2B
著者: Demenge, A. / Howard, E. / Cousido-Siah, A. / Mitschler, A. / Podjarny, A. / McEwen, A.G. / Trave, G.

履歴

登録	2021年10月29日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2022年11月16日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月31日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7q42.cif.gz	501.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7q42.ent.gz	362.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7q42.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	7q42_validation.pdf.gz	484.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7q42_full_validation.pdf.gz	491.8 KB	表示
XML形式データ	7q42_validation.xml.gz	48.6 KB	表示
CIF形式データ	7q42_validation.cif.gz	72.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q4/7q42 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q4/7q42	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	3kciS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

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PDBのページ

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wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#122 - 2010年2月
エンハンセオソーム (Enhanceosome)
類似性 (6)
#142 - 2011年10月
PDBの先駆者たち (PDB Pioneers)
類似性 (5)
#205 - 2017年1月
核膜孔複合体 (Nuclear Pore Complex)
類似性 (1)
#55 - 2004年7月
DNAリガーゼ (DNA Ligase)
類似性 (2)
#84 - 2006年12月
トランスポザーゼ (Transposase)
類似性 (1)
#241 - 2020年1月
20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules)
類似性 (1)

登録構造単位

A: E3 ubiquitin-protein ligase HERC2

C: E3 ubiquitin-protein ligase HERC2

E: E3 ubiquitin-protein ligase HERC2

D: Bromodomain adjacent to zinc finger domain protein 2B

B: Bromodomain adjacent to zinc finger domain protein 2B

F: Bromodomain adjacent to zinc finger domain protein 2B

ヘテロ分子

134 kDa, 6 ポリマー
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1

A: E3 ubiquitin-protein ligase HERC2

B: Bromodomain adjacent to zinc finger domain protein 2B

登録者が定義した集合体
44.5 kDa, 2 ポリマー
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2

C: E3 ubiquitin-protein ligase HERC2

D: Bromodomain adjacent to zinc finger domain protein 2B

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
44.7 kDa, 2 ポリマー
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3

E: E3 ubiquitin-protein ligase HERC2

F: Bromodomain adjacent to zinc finger domain protein 2B

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
44.9 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	107.980, 107.980, 241.560
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	96
Space group name H-M	P4₃2₁2
Space group name Hall	P4nw2abw
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -y+1/2,x+1/2,z+3/4 #3: y+1/2,-x+1/2,z+1/4 #4: x+1/2,-y+1/2,-z+1/4 #5: -x+1/2,y+1/2,-z+3/4 #6: -x,-y,z+1/2 #7: y,x,-z #8: -y,-x,-z+1/2

#1: タンパク質	E3 ubiquitin-protein ligase HERC2 / HECT domain and RCC1-like domain-containing protein 2 / HECT-type E3 ubiquitin transferase HERC2 分子量: 42770.566 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HERC2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O95714, HECT-type E3 ubiquitin transferase
#2: タンパク質・ペプチド	Bromodomain adjacent to zinc finger domain protein 2B / hWALp4 分子量: 1729.513 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成詳細: n-terminally biotinylated peptide via 1,13-diamino-4,7,10-trioxatridecan-succinamic acid 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9UIF8
#3: 化合物	ChemComp-CIT / CITRIC ACID / クエン酸分子量: 192.124 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₈O₇
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 851 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.93 Å³/Da / 溶媒含有率: 57.99 %
結晶化	温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 詳細: hanging drop 20% PEG 3350 0.18M tris amonium citrate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.978564 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年10月9日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.978564 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.95→49.29 Å / Num. obs: 104649 / % possible obs: 99.92 % / 冗長度: 27.0621601735 % / B_iso Wilson estimate: 29.4271306625 Å² / CC_1/2: 0.998 / Net I/σ(I): 10.93
反射シェル	解像度: 1.95→2 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.03 / Num. unique obs: 7616 / CC_1/2: 0.61

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.12_2829	精密化
PHENIX	1.12_2829	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3KCI

3kci

解像度: 1.95002486823→49.289620536 Å / SU ML: 0.197426353888 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.3364811143 / 位相誤差: 19.8875984756
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.206296338153	5167	4.94345687989 %
R_work	0.167870694125	99355	-
obs	0.16974605582	104522	99.9168331597 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 33.9076128539 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.95002486823→49.289620536 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	8433	0	39	851	9323

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0106779819887	8638
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.13413948459	11665
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0830037424578	1293
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0067414969257	1513
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	20.023313672	3092

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.95002486823-1.9722	0.314561290638	177	0.277580506056	3251	X-RAY DIFFRACTION	99.0179087233
1.9722-1.9954	0.330830410495	178	0.258823958849	3254	X-RAY DIFFRACTION	99.4494349464
1.9954-2.0197	0.296677187624	152	0.23490660648	3247	X-RAY DIFFRACTION	99.8237885463
2.0197-2.0453	0.260491513104	143	0.224232373158	3318	X-RAY DIFFRACTION	99.9711149624
2.0453-2.0722	0.23888439662	177	0.208503453561	3238	X-RAY DIFFRACTION	99.941469125
2.0722-2.1006	0.248866390009	167	0.206042082267	3281	X-RAY DIFFRACTION	99.9710060887
2.1006-2.1306	0.224394732203	172	0.207266162411	3255	X-RAY DIFFRACTION	99.9416739574
2.1306-2.1624	0.243469438384	173	0.202385268346	3274	X-RAY DIFFRACTION	99.9420121774
2.1624-2.1962	0.254306429539	169	0.199650640888	3248	X-RAY DIFFRACTION	99.9707431246
2.1962-2.2322	0.219039641039	163	0.192396227587	3300	X-RAY DIFFRACTION	99.9711316397
2.2322-2.2707	0.235808068542	158	0.190514815301	3251	X-RAY DIFFRACTION	99.8828010548
2.2707-2.312	0.236265716634	153	0.189170523478	3315	X-RAY DIFFRACTION	100
2.312-2.3564	0.216579517393	212	0.179780329028	3247	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3564-2.4045	0.222662628117	160	0.180088973796	3338	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4045-2.4568	0.210392683614	166	0.176546682374	3263	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4568-2.514	0.225344299153	174	0.173841423846	3282	X-RAY DIFFRACTION	99.9710731848
2.514-2.5768	0.208796908735	191	0.170919071803	3259	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5768-2.6465	0.221672683904	179	0.175920696762	3313	X-RAY DIFFRACTION	99.9713713141
2.6465-2.7244	0.232586082537	176	0.174017826854	3279	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7244-2.8123	0.222726293948	184	0.175008715983	3277	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8123-2.9128	0.225635173015	171	0.172215118681	3328	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9128-3.0294	0.209827837239	175	0.171061977053	3297	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0294-3.1673	0.185983163121	149	0.165075240449	3362	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1673-3.3342	0.18144936992	180	0.165159567963	3334	X-RAY DIFFRACTION	99.9715504979
3.3342-3.5431	0.201784424508	172	0.158943198195	3342	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5431-3.8165	0.172516256358	178	0.14147644682	3351	X-RAY DIFFRACTION	100
3.8165-4.2004	0.152347639476	171	0.125582322315	3370	X-RAY DIFFRACTION	100
4.2004-4.8078	0.164445867937	168	0.131370287596	3426	X-RAY DIFFRACTION	100
4.8078-6.0556	0.182724421479	173	0.152821875375	3435	X-RAY DIFFRACTION	100
6.0556-49.289620536	0.236196197213	206	0.183652902848	3620	X-RAY DIFFRACTION	99.7133176961

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.459876582271	-0.152557985407	-0.020705841771	0.214782383761	0.157879273794	0.35263890155	0.124748202701	0.214048708857	-0.0490932971022	-0.147252496593	-0.250535643957	0.0374901925667	0.0373270829671	-0.161662677214	5.00329831556E-8	0.229767469598	0.0836405871861	0.00757036910754	0.285455833446	-0.00803126442459	0.133393052541	-21.2510955594	-40.5841427688	-49.804185506
2	0.444975869155	-0.45390185925	-0.00242355951012	0.704553823391	0.243876820793	0.537257002385	0.0215358124157	0.0726633042849	-0.0389597243465	-0.0452289267268	-0.107080918058	0.0960380260266	-0.0755044996593	-0.155373526301	5.95517702452E-9	0.13256763432	0.0578343747817	-0.00263624359469	0.230153384502	0.0101445760964	0.139174733318	-29.3094701278	-30.4246466223	-38.5030860433
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3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 3083 through 3106 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 3107 through 3169 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 3170 through 3250 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 3251 through 3282 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 3283 through 3326 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'C' and (resid 2959 through 3000 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'C' and (resid 3001 through 3037 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'C' and (resid 3038 through 3106 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'C' and (resid 3107 through 3169 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'C' and (resid 3170 through 3250 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'C' and (resid 3251 through 3302 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'C' and (resid 3303 through 3326 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'E' and (resid 2959 through 3037 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'E' and (resid 3038 through 3082 )
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'E' and (resid 3083 through 3144 )
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'E' and (resid 3145 through 3250 )
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'E' and (resid 3251 through 3302 )
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'E' and (resid 3303 through 3326 )
21	X-RAY DIFFRACTION	21	chain 'D' and (resid 649 through 658 )
22	X-RAY DIFFRACTION	22	chain 'B' and (resid 649 through 658 )
23	X-RAY DIFFRACTION	23	chain 'F' and (resid 650 through 656 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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