PDB-7q41: Crystal structure of RCC1-Like domain 2 of ubiquitin ligase HERC2...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7q41

タイトル

Crystal structure of RCC1-Like domain 2 of ubiquitin ligase HERC2 in complex with DXDKDED motif of ubiquitin-protein ligase E3A (E6AP)

要素

E3 ubiquitin-protein ligase HERC2
Ubiquitin-protein ligase E3A (E6AP) peptide

キーワード

PROTEIN BINDING / 7-bladed beta-propeller E3 ubiquitin-protein ligase HERC2 RCC1-like Domain 2 RLD2 ubiquitin ligase ubiquitin-protein ligase E3A UBE3A E6AP DXDKDED motif

機能・相同性

機能・相同性情報

SUMO binding / HECT-type E3 ubiquitin transferase / negative regulation of Notch signaling pathway / SUMOylation of DNA damage response and repair proteins / centriole / guanyl-nucleotide exchange factor activity / intracellular protein transport / Nonhomologous End-Joining (NHEJ) / G2/M DNA damage checkpoint / neuron differentiation ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3.01478056714 Å

データ登録者

Demenge, A. / Howard, E. / Cousido-Siah, A. / Mitschler, A. / Podjarny, A. / McEwen, A.G. / Trave, G.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of RCC1-Like domain 2 of ubiquitin ligase HERC2 in complex with DXDKDED motif of ubiquitin-protein ligase E3A (E6AP)
著者: Demenge, A. / Howard, E. / Cousido-Siah, A. / Mitschler, A. / Podjarny, A. / McEwen, A.G. / Trave, G.

履歴

登録	2021年10月29日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2022年11月16日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月31日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7q41.cif.gz	519 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7q41.ent.gz	358.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7q41.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	7q41_validation.pdf.gz	482.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7q41_full_validation.pdf.gz	492.8 KB	表示
XML形式データ	7q41_validation.xml.gz	39.5 KB	表示
CIF形式データ	7q41_validation.cif.gz	55.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q4/7q41 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q4/7q41	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	3kciS S: 精密化の開始モデル
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リンク

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登録構造単位

B: Ubiquitin-protein ligase E3A (E6AP) peptide

D: Ubiquitin-protein ligase E3A (E6AP) peptide

A: E3 ubiquitin-protein ligase HERC2

C: E3 ubiquitin-protein ligase HERC2

E: E3 ubiquitin-protein ligase HERC2

F: Ubiquitin-protein ligase E3A (E6AP) peptide

ヘテロ分子

134 kDa, 6 ポリマー
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1

B: Ubiquitin-protein ligase E3A (E6AP) peptide

A: E3 ubiquitin-protein ligase HERC2

登録者が定義した集合体
44.5 kDa, 2 ポリマー
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2

D: Ubiquitin-protein ligase E3A (E6AP) peptide

C: E3 ubiquitin-protein ligase HERC2

登録者が定義した集合体
44.5 kDa, 2 ポリマー
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3

E: E3 ubiquitin-protein ligase HERC2

F: Ubiquitin-protein ligase E3A (E6AP) peptide

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
44.9 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	108.952, 108.952, 243.160
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	96
Space group name H-M	P4₃2₁2
Space group name Hall	P4nw2abw
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -y+1/2,x+1/2,z+3/4 #3: y+1/2,-x+1/2,z+1/4 #4: x+1/2,-y+1/2,-z+1/4 #5: -x+1/2,y+1/2,-z+3/4 #6: -x,-y,z+1/2 #7: y,x,-z #8: -y,-x,-z+1/2

#1: タンパク質・ペプチド	Ubiquitin-protein ligase E3A (E6AP) peptide 分子量: 1724.774 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成詳細: n-terminally biotinylated peptide via 1,13-diamino-4,7,10-trioxatridecan-succinamic acid 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)
#2: タンパク質	E3 ubiquitin-protein ligase HERC2 / HECT domain and RCC1-like domain-containing protein 2 / HECT-type E3 ubiquitin transferase HERC2 分子量: 42770.566 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HERC2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O95714, HECT-type E3 ubiquitin transferase
#3: 化合物	ChemComp-CIT / CITRIC ACID / クエン酸分子量: 192.124 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₈O₇
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 52 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.75 Å³/Da / 溶媒含有率: 55.28 %
結晶化	温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 詳細: 293.1500 hanging drop 20% PEG 3350 0.18M tris amonium citrate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 0.999882 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年11月28日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.999882 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3.01→48.725 Å / Num. obs: 54825 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 5.91558595531 % / B_iso Wilson estimate: 58.2859737188 Å² / CC_1/2: 0.968 / Net I/σ(I): 5.81
反射シェル	解像度: 3.01→3.2 Å / Num. unique obs: 8710 / CC_1/2: 0.401

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.12_2829	精密化
PHENIX	1.12_2829	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3KCI

3kci

解像度: 3.01478056714→48.7248156569 Å / SU ML: 0.427298477345 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34693515008 / 位相誤差: 25.685611377
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.255047390534	2747	5.01460387003 %
R_work	0.198473603185	52033	-
obs	0.201297269544	54780	99.3200979059 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 58.9796357813 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.01478056714→48.7248156569 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	8406	0	26	52	8484

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.00939813958403	8599
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.09392565119	11611
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0651248179727	1289
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.00547378181583	1504
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	7.31880543032	6205

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
3.0148-3.0668	0.344436961799	133	0.342168071942	2448	X-RAY DIFFRACTION	94.12837345
3.0668-3.1225	0.363380759137	134	0.324301060052	2634	X-RAY DIFFRACTION	99.3182633656
3.1225-3.1826	0.318809298981	139	0.299461892952	2573	X-RAY DIFFRACTION	99.4499449945
3.1826-3.2475	0.358885138738	136	0.278210693567	2595	X-RAY DIFFRACTION	99.2729916394
3.2475-3.3181	0.297685975549	137	0.283100584986	2601	X-RAY DIFFRACTION	99.4912790698
3.3181-3.3953	0.360613235883	138	0.271843470106	2628	X-RAY DIFFRACTION	99.4248741912
3.3953-3.4802	0.345245966828	135	0.261199895291	2617	X-RAY DIFFRACTION	99.3143269578
3.4802-3.5742	0.357455544446	137	0.23776250562	2599	X-RAY DIFFRACTION	99.5633187773
3.5742-3.6794	0.283419433504	139	0.227963838537	2594	X-RAY DIFFRACTION	99.4541484716
3.6794-3.7981	0.24147149731	143	0.215507276627	2589	X-RAY DIFFRACTION	99.5626822157
3.7981-3.9338	0.27203965277	133	0.211698161162	2614	X-RAY DIFFRACTION	99.4209192906
3.9338-4.0912	0.244051418761	138	0.176934185061	2629	X-RAY DIFFRACTION	99.7836278399
4.0912-4.2773	0.223635193588	139	0.158696350352	2618	X-RAY DIFFRACTION	99.782844734
4.2773-4.5027	0.199786020299	145	0.15353628599	2597	X-RAY DIFFRACTION	99.636627907
4.5027-4.7845	0.18763860011	137	0.142189751647	2622	X-RAY DIFFRACTION	99.7469269704
4.7845-5.1536	0.212000918086	133	0.137641394481	2607	X-RAY DIFFRACTION	99.7815003642
5.1536-5.6715	0.215730517203	139	0.146108448749	2638	X-RAY DIFFRACTION	99.8561668465
5.6715-6.4905	0.22265510024	132	0.164823235716	2609	X-RAY DIFFRACTION	99.9635302699
6.4905-8.1711	0.203921229552	141	0.161148115058	2612	X-RAY DIFFRACTION	99.9274047187
8.1711-48.7248156569	0.240498690557	139	0.185155072395	2609	X-RAY DIFFRACTION	99.5652173913

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.34640292961	-1.67988558796	-2.88350764015	1.00328981655	1.3789096064	2.91908875482	-0.0274126665018	0.561449164112	-1.02401817209	0.28774920587	0.217060980707	-0.421744070346	-0.665194378987	0.483890631048	-0.01102728858	0.960257185237	-0.435965086755	0.110493355314	1.03966870506	-0.210866674883	0.917322084205	19.5235472319	50.6878904685	-31.0771127519
2	5.85819609602	0.945366845773	-2.64140867641	5.22637568606	-6.2074846786	8.25252831575	0.451927019865	0.726983775368	-0.329408737561	1.40844165045	0.868332530465	-1.06674850325	-4.76696550912	-2.70510844946	-1.45661006542	1.53552735704	0.64629504375	0.113113248755	1.06582063815	-0.0400633680147	1.35553534858	7.65959455947	67.6694975032	6.00049717181
3	2.98662710392	-2.16406453652	-0.0222646228187	6.00354439974	0.671109672541	4.38008740805	0.427388037466	0.767350371761	0.032442976597	-0.466670957188	-0.103016385986	-0.762801075181	0.227538426243	0.805899641161	-0.229557335866	0.390650103883	0.0988266821422	0.0588449953931	0.860577352583	-0.116636049737	0.508933406328	25.7397912898	39.8320696225	-46.6047478563
4	1.56888011668	-1.96254313592	-1.16462922034	6.97018935307	1.21161310105	0.883364134478	0.301966056157	0.598928007272	0.118553544563	0.182926115406	-0.132312437694	-0.987825567303	0.36366447793	0.622673220821	-0.222718365114	0.403226710665	0.243016530528	-0.168695014532	0.942165249403	-0.224560123726	0.644638921545	28.9894647292	27.6922810708	-35.6264222714
5	8.66091092504	0.231210150592	-0.693367768446	9.43540924869	0.0124230931062	4.82129077887	0.192564137525	0.447026267354	-0.834746037387	0.67301027131	0.0679320840661	-1.08978462452	0.75842228495	0.916806026453	-0.262498099378	0.568133926848	0.301428564882	-0.113516932475	0.654263354588	-0.138187250005	0.634673099053	29.8336352939	23.3385325857	-31.402691443
6	5.79785754015	-1.42757807688	0.554168930433	3.81193219862	-1.12730198631	2.30394096982	-0.061211647597	-0.357365305696	-0.605809615484	0.655909668695	0.465404160912	0.146965694611	1.03977316042	0.519020327013	-0.401980702862	0.80781626626	0.288848529572	-0.15447313026	0.480203213012	-0.0959057461652	0.421774325557	18.1467526584	24.8938736921	-23.920246649
7	2.96345214504	-0.710838690878	0.949458523289	7.19249785127	1.06776712877	2.51534076011	0.135576573328	0.100907256899	-0.199702328798	0.380139389864	0.00133635191175	0.177220729001	0.185334056377	-0.182096901092	-0.204232083266	0.353530909158	0.0785297387819	0.0400586200363	0.419121212428	0.00695535997693	0.341556598562	4.68570671109	33.5951217614	-27.6389820814
8	3.90569126231	2.87046439668	1.26807232142	3.91562888853	1.24441991669	5.38743212298	0.0297259562848	0.300600905229	0.146801998972	-0.314339097693	-0.00940427991679	0.485072589545	-0.258062110902	-0.431709623554	0.0256949040807	0.329705196337	0.160305486217	-0.0183537245496	0.58187281436	-0.0354798901658	0.373757323418	5.68256320557	42.3665564476	-42.5055695055
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13	2.06592376105	0.108612516078	0.411568273807	0.763014210867	0.386190148201	7.14776247915	0.125434362772	0.149780972104	-0.108323046787	0.191824724297	-0.153557036405	0.0497188780217	0.425016623995	-0.435853573543	0.0105595042479	0.402813225507	-0.0442688783256	0.04417747982	0.284251935261	-0.0008145369171	0.328239541295	9.49824201435	49.6857559277	1.77486704964
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16	3.69417328034	-0.724732860965	0.664697249965	2.91444388278	0.481116945557	4.45897650897	0.00491709084009	-0.236794604576	0.347336004797	0.443682289133	-0.0255076841823	0.131709308575	-0.0627948823805	-0.00777002879929	-0.0225016342746	0.259365095411	-0.00758932603379	0.0561238515699	0.316279204218	-0.0170071472185	0.364491531514	-11.736258149	59.3432470269	-16.0524410199
17	6.229789579	4.29122088194	0.0598041170039	8.37602076897	-1.0967750862	0.239221376416	0.807885760241	-0.510911109834	0.685654856752	-0.960543768551	0.226684587474	-0.762952646401	-2.22379258997	1.48366040436	-0.852307705199	2.06331614264	-0.142028372934	0.839331406788	1.51570816053	0.203153526346	1.96086546555	-17.8872330882	41.3265716544	-14.6820389378

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'B' and (resid 186 through 194 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'D' and (resid 187 through 193 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 2958 through 3037 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 3038 through 3082 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 3083 through 3106 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 3107 through 3169 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 3170 through 3250 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 3251 through 3302 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 3303 through 3326 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'C' and (resid 2959 through 3037 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'C' and (resid 3038 through 3106 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'C' and (resid 3107 through 3212 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'C' and (resid 3213 through 3326 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'E' and (resid 2959 through 3082 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'E' and (resid 3083 through 3169 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'E' and (resid 3170 through 3326 )
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'F' and (resid 187 through 193 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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